Mamoru logra detener a la pequeña Usagi, quien solo apuntaba con una pistola de juguete. Mientras, otro malvado grupo, Black Moon, liderado por el Príncipe Demande exige localizar el Legendario Cristal de Plata, que podría interrumpir sus planes. Uno de los miembros, Crimson Rubeus, envía a sus sirvientes, las 4 Hermanas Specter, para completar esa misión. Mientras tanto, Mamoru intenta razonar con la pequeña Usagi, a quien llaman "Chibi-Usa". La llevan a la casa de Usagi y ahí Chibi-Usa hipnotiza a la familia de Usagi para dejar que se quede con ellos. Al día siguiente, Luna, decidida a investigar a Chibi-Usa hasta saber quien es, les entrega a las Guardianas nuevas plumas de transformación y comunicadores. Mientras tanto, Rei, ayuda al Club de Investigación de Eventos Sobrenaturales para una feria escolar. Ahí se entera que ha habido incidentes de gente abducida e incinerado espontáneamente. Al día siguiente, en la feria escolar, el puesto de adivinación de Rei es retado por otra adivinadora, Koan Kurozuki, quien supuestamente predice a las personas su terrible futuro y la hora de su muerte. Al investigar, Rei descubre que las monjas de su escuela tienen marcas en sus frentes y una de ellas es quemada viva, haciendo que Usagi y las chicas se transformen, sin saber que Chibi-Usa las está viendo. Las Guardianas son confrontadas por Koan, que se muestra como una de las Hermanas Specter, atrapando a Rei en una llama azul inextinguible. Usagi y Mamoru tratan de salvarla e invocan el Moon Rod de la Reina Serenity, destruyendo a Koan con el "Poder del halo de la princesa". Sin embargo las flamas permanecen intactas y Rei es capturada por Rubeus.

Al ver que Chibi-Usa las está observando, Usagi le cuestiona sobre quien secuestró a Rei, sin embargo es detenida por Luna. Chibi-Usa corre al parque y es encontrada por Luna y Mamoru, quien la lleva a su departamento, ahí la conoce mejor y descubre que es llamada "Pequeña Dama" por su madre, a quien quiere que Sailor Moon rescate. Al día siguiente, Mamoru le dice a Usagi lo que sabe de Chibi-Usa. Mientras, otra de las hermanas Specter, Berthier, reta a Ami a un partido de ajedrez, diciéndole que si ella gana, le entregarán a Chibi-Usa. Usando un péndulo que lee la mente, Berthier toma ventaja por los miedos de Ami de quedarse sola, sin embargo al recibir apoyo de Usagi, Ami recobra su confianza y gana la partida. Después, Ami es capturada por una esfera de agua de Berthier, Usagi usa el Moon Princess Halation para vencer a Berthier, pero Ami también es capturada por Rubeus.

Solo quedan tres Sailor Senshi y las sospechas de que Chibi-Usa es aliada de Black Moon crecen, Usagi se preocupa por Mars y Mercury y Chibiusa trata de animarla dándole un Tuxedo Mask de juguete que la noche anterior le había dado Mamoru, esto provocó los celos de Usagi. En el Crown Center Mamoru, Usagi y las chicas se reúnen y junto con Luna y Artemis buscan una señal que las guíe a Mars y Mercury, en la casa de Usagi Chibi-Usa observa a los Señores Tsukino y recuerda a sus padres, esto provoca que salga corriendo de casa, comienza a llover y Luna P se convierte en paraguas para protegerla, en eso la ve Mamoru y se le acerca, cuando le toca al hombro a Chibi-Usa tiene una visión del futuro en donde ve un ataque. Mientras tanto en Nemesis el príncipe Demand tortura a Mercury y Mars para sacar información del Legendario Cristal de plata, la tercera hermana Specter Petz se prepara para ir por Sailor Jupiter atacando a la Ciudad número 10 con unos droides y capturando a Sailor Jupiter con el poder del trueno.

El episodio inicia en la escena justo después del rapto de Sailor Jupiter, encontrando el pendiente de Petz el cual lo toman para analizar en una placa. Ya en el centro de control Artemix explica que no logran encontrar el origen de los malvados. Minako sospecha que el objetivo fuese la tierra y que quieren matarlas porque se interponen en su camino. Mamo cree que Sailor Mars, Sailor Mercury y Sailor Jupiter están vivas. Minako protesta por haber esperado mucho tiempo con Chibiusa y deducen que es hora de sacarle información sobre la luna negra, y así ver si Chibiusa es aliada o enemiga. Llegan todos a casa a verle y Chibiusa se muestra muy contenta al verles y viene corriendo a recibirles. Pero se aleja aterrorizada al ver el pendiente de Petz en la mano de Mamo. Paralelamente Rubeus, Esmeralda, Zaphire y Principe Diamante confrontan opiniones sobre lo sucedido y como actuar, pero aparece Wiseman diciendo que hay que destruir el Legendario Cristal de Plata que posee Rabbit. Al irse Wiseman y Principe Diamante, Rubeus hace notar su desconfianza hacia Wiseman. De mientras la vidente Calaveras, la última hermana Spectre, planea vengar la muerte de sus hermanas.

Usako, Mamory y Minako preguntan a Chibi-Usa por qué tiene miedo al pendiente de Cristal Negro pero Chibi-Usa solloza y solo logra decir que por culpa de esa piedra le ocurrió algo a su madre. Usako le pregunta que si es enemiga y Chibi-Usa afirma que no, a lo cual Usako se enfada y le dice que colabora muy poco. Más tarde en la escuela Umino hace ver a Usako un video de moda sobre canalización y descubre que es Miss Calaveras intentando lavar el cerebro con información falsa. Mamoru se comunica a través de las 4 piedras de Kunzite, Jadeite, Nephrite, Zoisite, y éstos le revelan que sienten una distorsión en el tiempo y en el espacio de la piedra del cristal del pendiente, le dicen también que crea en su propio poder para proteger a la princesa y que ha iniciado el camino para que la princesa sea reina y él sea rey.

Mientras Usako duerme alguien coge el broche de transformación, Usako piensa que es Chibi-Usa y va a buscarla. Mientras, Minako acude al parque donde Miss Calaveras intenta manipular mentalmente a la gente. Minako se transforma en Sailor Venus y comienza a luchar contra Miss Calaveras, pero ésta usa el poder de sus difuntas hermanas lastimando a Sailor Venus. Usako encuentra a Chibiusa pidiéndole que le dé el broche, Rubeus las ataca y logran escapar del ataque, pero vuelve a intentarlo y es de nuevo un ataque fallido gracias a la aparición de Tuxedo Mask. Rubeus descubre que el golpe le ha herido la cara y decide atacar a Tuxedo Mask pero éste se siente indefenso. Justo antes del ataque de Rubeus Tuxedo Mask recibe un mensaje telepático de una voz explicándole usar su poder y logra frenar a Rubeus con el poder que emane de las manos de Tuxedo Mask. Finalmente Chibiusa le da el broche y Usako se transforma en Sailor Moon, pudiendo finalmente a Miss Calaveras con su diadema y deteniendo el ataque a Sailor Venus, quedando ésta liberada. Finalmente Sailor Moon usa el poder del halo de la luna para destruir a Miss Calaveras. Cuando todo está en orden Sailor Moon pregunta a Chibiusa que para qué quería ella su broche, el Legendario Cristal de Plata, a lo que Chibiusa responde entre sollozos que ella sabía que el legendario Cristal de Plata del pasado solo puede usarse en el pasado, y que teniendo el Legendario Cristal de Plata del pasado y el Legendario Crsital de Plata del futuro era muy peligroso, pero que aún siendo peligroso pensaba que usando los dos quizás podía ayudar, y que por eso vino aquí. Sailor Moon parece confundida con sus palabras, a lo que Chibiusa le pide que salve la Tierra futura del siglo 30.

El futuro Tuxedo Mask aparece como una proyección de su alma. Se revela ante ellos como el Rey Endymion que es el futuro de Mamoru, Neo Queen Serenity es el futuro de Usagi y Chibiusa es su hija. El Rey Endymion también explica lo que sucedió a todos en el futuro, los orígenes de Black Moon, y dónde pueden estar las Sailor Senshi que fueron raptadas. Pluto le da a Usagi una llave para que puedan viajar libremente entre la Tierra del pasado y la del futuro. Usagi y los demás regresen a su tiempo. Sin embargo, Chibiusa hace una visita al futuro por su cuenta, y es atacada por Esmeraude de Black Moon. Mamoru destruye a Esmeraude, pero el líder del clan, el Príncipe Demande, aparece repentinamente y captura Usagi.

Después del secuestro de Usagi, Demand la ha encerrado en el castillo de Black Moon, sin poder transformarse la impotencia la consume, mientras tanto, piensa en su amado Mamoru y la pequeña Chibi-Usa, en la forma de escapar y en las otras sailors que se encuentran secuestradas, Diamante sabe que ellas ya no son de utilidad, por lo tanto, ha decidido eliminarlas. Por otro lado, Chibi-Usa sigue culpándose por el destino de Tokio de Cristal, y en su dolor se extravía en una zona oscura y tenebrosa, lugar donde encuentra a un ser inesperado

Una tormenta aparece de pronto en la puerta del tiempo, la cual derriba a Pluto. Al poco tiempo el Rey sintió lo sucedido y junto a Mamoru van a investigar, y encuentran a Pluto inconsciente, al despertar ella les dice que Chibi-usa desapareció y que dicha tormenta provenía del lugar donde había desaparecido. Mamoru decide ir a buscarla, sin escuchar la advertencia de Pluto: "Quien entre a la dimensión del tiempo sin una llave, jamás podrá volver". Por otro lado, el poder del cristal de plata se desata en las tierras de Nemesis con la ayuda de la neo-reina Serenity, esto permite que Usagi se transforme. El poder del Legendario Cristal de Plata hace que el reactor de Nemesis se derrita. Rubeus trata de escapar para ponerse a salvo, pero Wiseman lo mata. Todas las Sailors escapan y llegan a la puerta del tiempo y del espacio, donde descubren que Mamoru corrió tras Chibiusa

Mientras Usagi y sus amigas tratan de buscar a Mamoru y Chibiusa en la tormenta, un nuevo miembro de Black Moon se presenta ante el Príncipe Demande y Saphir como Black Lady. Después de que Usagi se desmaya en la tormenta, despierta en el siglo 20, pero ella y las demás Sailors vuelven al futuro. Black Lady entra en el palacio de cristal y está a punto de atacar a Usagi, pero Neo Queen Serenity, todavía dentro del Cristal de Plata, envía una poderosa luz que hace que Black Lady sea arrojada fuera del palacio y no pueda entrar. Las 5 Sailor Senshi se preparan para luchar contra Black Lady y Wiseman.

Black Lady somete a Saphir y el Princípe Demande para derrotar de una vez por todas a las Sailor Senshi, y muestra que tiene a Mamoru bajo su control. Mamoru ataca a Usagi, mientras que Black Lady aparece otro Cristal Negro. Wiseman le ordena a Black Lady que aparezca otro más. Demande, que había mantenido su mente lúcida todo el tiempo, se opone a traer otro Cristal Negro porque eso destruiría la Tierra del siglo 30. Demande se ve obligado a matar a su hermano que lo ataca por órdenes de Black Lady, y aparentemente también derrota a Wiseman. Se revela que la verdadera identidad de Wiseman es el planeta Nemesis mismo, que desciende sobre el palacio. Black Lady se las arregla para obtener tanto los Cristales de Plata del pasado y del futuro, pero Demande se los roba y es justo cuando llega Sailor Pluto para ayudar. Demande pretende que ambos Cristales de Plata se toquen entre sí, lo que resultaría en la destrucción total de todo.

Sailor Pluto detiene el tiempo para evitar que Demande haga que los Cristales de Plata del pasado y del futuro se toquen entre sí, sólo desparaliza a sus aliados y a Black Lady. También rompe el control que Black Lady tenía sobre Mamoru. Usagi le quita a Demande, que sigue paralizado, ambos cristales. Pluto recuerda a la Reina Serenity diciéndole que detener el tiempo daría como resultado su propia muerte. En cuanto Sailor Pluto fallece se desbloquea el tiempo. Black Lady al ver la muerte de su amiga, vuelve a ser Chibiusa y se transforma por fin en una Sailor Senshi: Sailor Chibi Moon. El Princípe Demand muere protegiendo a Usagi de Nemesis, que revela ser Death Phantom , una combinación de su espíritu con el planeta Némesis en una sola entidad. Némesis envuelve a la Tierra del futuro, y las Sailor Senshi, Mamoru y el Rey Endymion se preparan para su batalla final contra Death Phantom.

Sailor Moon, Death Phantom, y más tarde, Mamoru desaparecen y van a un lugar desconocido, mientras que las demás Sailors y el Rey Endymion aparencen en Tokio de Crystal. La Neo Reina Serenity despierta de su largo sueño dentro del palacio debido a que Chibiusa acepta su destino como princesa del futuro Reino Lunar y como una Sailor Senshi. Por otro lado, Usagi y Mamoru se abrazan y besan y entonces llega Sailor Chibi Moon para ayudarlos. Usagi y Chibiusa usan el ataque Moon Princess Halation para derrotar a Death Phantom por fin. Una vez que ha sido derrotado, la Neo Reina Serenity otorga a las Sailor Senshi nuevas transformaciones y poderes planetarios. También utiliza sus poderes para restaurar la Tierra del futuro así como a todos sus habitantes. Antes de que Usagi se marche de Tokio de Cristal, se reúne y habla con su futuro ser, la Neo Reina Serenity, cara a cara. Después, en la Tierra del pasado, Chibiusa, Usagi y Mamoru van a la fuente de agua donde se conocieron por primera vez para depedirse de Chibiusa, que debe volver al futuro. Cuando se hubo marchado, Mamoru y Usagi están a punto de besarse pero en ese preciso momento Chibiusa se teletransportara de vuelta al pasado y cae sobre ellos de nuevo. Chibiusa le da a Mamoru una carta de su madre, que dice que Chibiusa ha regresado para que la puedan entrenar y pasar más tiempo con ella.