Pernell (Ron Perlman) ist weiterhin überzeugt davon, dass sein Sohn PJ aus dem Koma aufwachen wird, sobald er alle der göttlichen Befehle ausgeführt hat.

Sein Freund Bobo (Andre Royo), der Bürgermeister von San Vicente, muss gegen Zweifel kämpfen, dass seine Stadt nicht die beste für den Brooks-Deal sein könnte.

PJs bester Freund Josh (Hunter Parrish) und seine Frau Jocelyn (Alona Tal) engagieren den Staranwalt Nick Tramble (Jon Tenney) um gegen Pernells Entscheidung zu kämpfen, dass die Maschinen, die PJ am Leben erhalten, weiterlaufen.

Jocelyn (Alona Tal) kehrt in die gemeinsame Wohnung zurück und versucht PJ nahe zu kommen.

Crystal (Dana Delany) trifft sich zu einem Abendessen mit Jocelyns Anwalt Nick (Jon Tennery), der auch ihr ehemaliger Liebhaber ist, um zu erreichen, dass die Klage fallen gelassen wird.

Paul (Julian Morris) und Alicia (Elizabeth McLaughlin) versuchen Aufmerksamkeit für ihre Kirche zu bekommen.

Bobo (Andre Royo) bringt Pernell (Ron Perlman) dazu, sich öffentlich zu entschuldigen und eine psychologische Prüfung zu bestehen.

Crystal (Dana Delany) erkennt, dass Pernell (Ron Perlman) keine medizinische Hilfe annehmen will und sorgt sich um seine immer enger werdende Verbindung zu dem ominösen Reverend Paul (Julian Morris) und seiner Kirche. Sie heuert ihre Freundin und Dealerin April (Erykah Badu) an, in der Gemeinde zu spionieren.

Tessie (Emayatzy Corinealdi) erfährt von ihrem Bruder, dass dem Haus ihrer Mutter die Zwangsräumung bevorsteht. Sie setzt ihre Verbindungen zu Bobo (Andre Royo) ein, um das zu verhindern.

KD (Garret Dillahunt) setzt im Gefängnis alles in Bewegung, um an die nötigen Informationen zu kommen, die Pernell (Ron Perlman) und er brauchen, um an die Hintermänner der Vergewaltigung zu gelangen.

Der Richter selbst wird von Bobo (Andre Royo) dazu gezwungen, ihn auf einen Herren-Ausflug in einen Spa-Club zu begleiten, um zu helfen, den Brooks-Deal fest zu machen. Als Dank lädt der Bürgermeister Tessie (Emayatzy Corinealdi) ein, was Pernell jedoch in eine Gewissenskrise stürzt. In seiner Verzweiflung wendet er sich an Paul (Julian Morris), um ihm zu helfen, seine Gefühle mit den Anforderungen der Kirche in Einklang zu bringen.

KD (Garret Dillahunt) kehrt mit neuen Hinweisen aus dem Gefängnis zurück. Die aktuelle Spur bringt Pernell (Ron Perlman) dazu, Tessie (Emayatzy Corinealdi) auf eine Undercover-Mission zu schicken.

Jocelyn (Alona Tal) wird durch Pernells Pläne für PJ gestört. April (Erykah Badu) versucht über Alicia (Elizabeth McLaughlin) an Informationen über die Kirche zu kommen.

Crystal (Dana Delany) geht in ihrer Unterstützung für Pernell ziemlich weit.

Pernell (Ron Perlman) wähnt sich fast am Ziel und schickt seinen Handlanger KD (Garret Dillahunt) los, um der göttlichen Gerechtigkeit zum Durchbruch zu verhelfen.

Paul (Julian Morris) und Alicia (Elizabeth McLaughlin) studieren für den TV-Prediger Bishop Bruce Congdon (Obba Babatunde) ihre beste Christendarbietung ein. Dabei allerdings kommt ihnen Alicias Geheimnis in die Quere.

Crystal (Dana Delany) entdeckt Hinweise auf eine Affäre ihres Mannes.

Jocelyn (Alona Tal) sucht die Unterstützung der Öffentlichkeit.

Pernell (Ron Perlman) gerät ins Straucheln als er einen tödlichen Fehler begeht. Als im Zweifel hinsichtlich seines göttlichen Auftrags kommen, wendet er sich an eine Psychiaterin und erinnert sich an seinen Zusammenbruch nach PJs Selbstmordversuch.

Crystal (Dana Delany) und Bobo (Andre Royo) müssen sich fragen, ob sie anders hätten mit Pernell umgehen müssen.

KD (Garret Dillahunt) wird von Schuldgefühlen geplagt, Jocelyn (Alona Tal) wird misstrauisch und Alicia (Elizabeth McLaughlin) und Paul (Julian Morris) treffen eine schwere Entscheidung.

Pernell (Ron Perlman) muss gleichzeitig seine Halluzinationen unterdrücken und den Prozess gegen Jocelyn (Alona Tal) durchstehen. Am Ende ereignet sich ein Drama vor Gericht.

Alicia (Elizabeth McLaughlin) hat die Zukunft der Kirche in der Hand, aber auch ihre gemeinsame Zukunft mit Reverend Paul (Julian Morris) steht auf dem Spiel.

KD (Garret Dillahunt) muss sich fragen, ob er auf den richtigen Propheten gehört hat. Dabei erleidet er einen Zusammenbruch.

Pernell (Ron Perlman) findet neue Beweise und glaubt damit endlich die Wahrheit hinter PJs Selbstmordversuch und Jocelyns Vergewaltigung herausgefunden zu haben. Crystal (Dana Delany) fürchtet jedoch, dass diese Sache einen Rückfall für Pernell zur Folge haben könnte und schreitet ein.

Bobo (Andre Royo) erkennt, dass er zu viel für den Brooks-Deal und seine politischen Ziele geopfert hat.

Paul (Julian Morris) und Alicia (Elizabeth McLaughlin) erhalten im ersten Staffelfinale der Serie Hand of God furchtbare Nachrichten, die ihre Zukunft und die der Kirche bedrohen.