파이터 다쓰미는 가난한 마을을 위해 돈을 벌고 싶어한다. 알 수 없는 여자로부터 도둑을 맞은 후, 그의 꿈은 산산조각이 나 버린다.

레오네의 추천으로 나이트레이드에 합류한 다쓰미는 아카메로부터 교육을 받는다. 다쓰미는 첫 임무에서 적을 물리치고 무사히 돌아올 수 있을까.

초대 황제의 명으로 만들어진 제구에 대해 알게 된 다쓰미. 아카메와 함께 제구 사용자인 참수꾼 잔쿠와 경합을 벌이게 된다.

다쓰미는 쉴레와 훈련을 하면서 그녀의 과거에 대해 듣게 되고, 이후 레오네와 도성으로 나간 다쓰미는 도성경비대 세류를 마주친다.

레오네와 다쓰미가 도성의 유곽에서 임무를 수행하는 동안 쉴레와 마인은 임무 완료 후 위험한 함정에 빠진다.

슬퍼할 겨를이 없다. 에스데스의 부하들의 계략으로 문관 연쇄 살인 사건의 누명을 쓰게 된 나이트레이드. 레오네는 에스데스의 동향을 살피기 위해 도성으로 향한다.

리버와 불라트, 다쓰미와 냐우의 마지막 대접전은 비극적인 결말을 맞게 된다.

삼수사와의 전투 후 더 강해지기 위해 단련하는 다쓰미. 한편 에스데스는 제구 사용자로 구성된 특수경찰단 예거스를 창단한다.

도민 무예 시합에서 우승하며 예거스의 보결이 된 다쓰미. 에스데스의 눈을 피해 도망치기 위해 기회를 엿본다.

나이트레이드의 아지트를 급습하는 스타일리시 팀. 개조된 인체를 가지고 있는 적을 상대로 동료와 아지트를 지킬 수 있을까.

승리 후 나젠다는 첼시와 스사노오를 새로운 멤버로 소개하고, 나이트레이드는 전력을 늘리고 있는 제국에 맞서 더 강해지기 위해 단련한다.

도성 주변에 나타난 신형 위험종 토벌에 나선 예거스와 제국 병사들. 하지만 그 수가 줄기는커녕 피해가 속출하자 나이트레이드도 괴물 퇴치에 나선다.

갑작스럽게 등장한 제구 사용자에 의해 무인도로 이동하게 된 에스데스와 다쓰미. 무인도에서 거대한 위험종을 함께 상대한 다쓰미는 에스데스의 과거에 대해 알게 된다.

나이트레이드를 잡는 데 전념하는 예거스. 나이트레이드는 대형 종교 집단인 안녕도의 무장봉기 시기에 맞춰 제국을 공격할 계획을 세운다.

여덟 개의 시체를 조종하는 구로메의 공격에 나이트레이드 멤버들은 고전을 면치 못한다. 나이트레이드는 볼스, 구로메 그리고 시체 인형들에 대항해 이길 수 있을까?

점점 치열해지는 나이트레이드와 예거스의 전투. 자신의 제구, 루비칸테를 폭발시켜 볼스와 구로메는 격전지에서 벗어난다. 하지만 끝까지 표적을 놓치지 않는 첼시가 그 뒤를 따르는데.

또 다른 희생 후 추억에 잠기는 다쓰미. 비극의 뿌리를 뽑기 위해 동료들과 교단 본거지인 교로쿠로 향한다.

잠입을 들켜버린 다쓰미와 마인은 마을 멀리 대피하지만, 예거스와 나찰사귀로부터 포격을 받는다. 다쓰미는 마인을 위기에서 구할 수 있을까?

대신의 아들 슈라가 반란군 진압에 나선다. 궁전 내에 혁명군의 협력자를 따라간 다쓰미와 러벅은 곧이어 슈라와 대장군 부도를 맞닥뜨린다.

다쓰미를 공개 처형해 혁명군의 사기를 떨어뜨리려는 대신. 에스데스는 다쓰미에게 다시 한번 기회를 주고, 나이트레이드도 다쓰미를 구하기 위한 계획을 짠다.

죽은 동료들을 위해 슬픔을 이겨내고 앞으로 나아가는 나이트레이드. 혁명군은 제국 도시로 향한다. 한편, 구로메로부터 메세지를 받은 아카메. 두 자매의 목숨을 건 결투가 시작된다.

위험을 느낀 대신은 어린 황제를 부추겨 전설의 제구를 발동시키고, 다쓰미는 황제와의 마지막 싸움을 시작한다.

모두의 바람대로 세상은 평화로워질 수 있을까. 평화로운 세계를 위해 아카메는 에스데스와 죽음의 싸움을 벌인다.