帝都で一旗上げようと、タツミは田舎から上京し、軍へ仕官しようとするが、簡単には入隊できずにいた。そんな時、場末の酒場で巨乳のお姉ちゃんと出会い、士官のため、その彼女に全財産を預けることにするが、当然のごとく騙され、一文無しに。街で野宿をしようとしていると、護衛を従えたアリアが、そんな窮状を見兼ねて、家に泊まるよう誘ってくれた。アリアの家で彼女のお付をしながら、仕官を夢見るタツミは、ある夜、殺し屋集団ナイトレイドと剣を交えることになる。

ナイトレイドに連行されてしまったタツミ。殺しの素質を認められ、仲間にならないかと誘われるが、なかなか決心できずにいた。他のメンバーと接し、彼らの思いを知り、悪を退治するために、ナイトレイドの一員に加わる決意をする。そんな時、権力を悪用し、私服を肥やす帝都警備隊のオーガと油屋のガマルに天罰を下すミッションが。タツミは、オーガを抹殺すべく、色街へ向かう。

ナイトレイドのアジトに侵入者あり。殺し屋集団ナイトレイドは敵を何時も簡単に駆逐した。はじめてナイトレイドの凄さを肌で感じ、興奮が冷めないタツミ。そんなタツミの教育係になったマインは、タツミを連れまわし帝都を偵察していた。そんな時、新しい任務が。標的は、悪政を司り、帝都腐敗の元凶とも言えるオネスト大臣の遠縁にあたる、イヲカル。大臣の名を利用し、数々の悪行を働いていた。タツミとマインは彼を抹殺すべく、帝都の闇に紛れていく。

今回の標的は、帝都で噂の連続通り魔、「首斬りザンク」。彼はナイトレイドと同じように帝具使いだった。これまで以上の敵に一層気が引き締まるナイトレイド。タツミが受け持つ区画でザンクの出現を待っていると、まるでタツミを狙うかのようにザンクが現れた。帝具を持たぬタツミは圧倒的に不利。そんな時、月光を背負いアカメがザンクの前に立ち塞がった。

アジトで唯一、役割を持たない天然ボケのシェーレがタツミをトレーニングすることに。シェーレは自らが暗殺稼業に身を置くことになった理由を明かす。まだ帝具を持たないタツミはザンクから奪取した帝具を装着するが、拒絶反応が出て断念。しかし帝具のすさまじい力と反動の大きさを知る。その頃、帝国最強の女将軍は北の異民族の制圧に向かっていた。

帝都に蔓延する薬物の密売組織撲滅に向けて動き出したナイトレイド。タツミとレオーネは夜の色町へ。二人はそこで繰り広げられる惨状に怒りをあらわにする。一方、組織の大元締めであるチブルを追っていたシェーレとマインはその道中、ただならぬ気配を感じた。そこに、二人を待ち構えていた帝都警備隊のセリューが、奇襲を仕掛けてきて…。

帝都に到着したエスデス将軍は皇帝へ、ナイトレイド殲滅を誓う。彼女の活躍に褒美を与えたいという皇帝だが、エスデスからは意外な回答が。一方、シェーレを失い落ち込んでいたタツミだったが、アカメが気丈に振舞っていたことがわかり、いっそう訓練に打ち込む。そんな中、ナイトレイドの名を騙った、善良な文官の連続殺人事件が発生する。

タツミとブラートの前に立ちふさがる三獣士。その中にはかつてブラートの上官であったリヴァの姿が。ブラートVS.リヴァ、タツミVS.ニャウの一騎打ちになる。帝具を持たないタツミはニャウのスピードに翻弄される。水使いのリヴァは海上での戦いを有利に進めつつ、ブラートに、自分がなぜエスデスに仕えることになったかを語り始めた。

三獣士との戦闘で倒れたブラードから帝具・インクルシオを受け継いだタツミは、これまで以上に強くなることを誓う。訓練に励むタツミに対し、目の敵にしていたマインの心境にも変化が……。かたや、帝国のエスデス将軍は三獣士の敗北を受け、兵力を増強すべく、帝具使いだけを集めた特殊警察イェーガーズを結成した。

都民武芸試合で優勝したタツミを連れ去ったエスデス。その理由はなんと一目ぼれだった。そしてエスデスの恋人候補としてイェーガーズの補欠としてとらわれる。山賊のアジトを急襲するイェーガーズの戦いをエスデスと共に見つめたタツミは、メンバーの圧倒的な強さに息をのむ。、同時に、脱出してアジトに戻る機会を探ろうとするが…。

タツミの足取りを追って、ナイトレイドのアジトを発見したDr.スタイリッシュ。奇襲する大量の強化兵とナイトレイドはすぐに交戦状態に。シェーレの帝具・エクスタスを装着したカクサンに怒り燃えるタツミはマインと共闘して立ち向かう。アジト内で壮絶な戦いが繰り広げられる中、空からやってきたのは…。

Dr.スタイリッシュの急襲を受けたナイトレイドは、拠点を捨て山中へと身を隠す。新メンバーを迎えて、修行にいそしみながらも、つかの間の和やかな時間を過ごしていた。新しく加わったチェルシーにからかわれっぱなしのマインは、「ひとあわふかせたい」とタツミとラバックに懇願。インクルシオを使って姿を隠し、入浴中のチェルシーに近付くタツミだったが……。

帝都周辺に新型の危険種が出現し、人々を恐怖に陥れていた。オネスト大臣から捕獲と討伐を命じられたエスデスはイェーガーズを率いて対応にあたる。その様子を密かに見守る怪しい影。一方で、新たなアジトに到着したナイトレイドも新型危険種の退治に乗り出す。タツミとはラバックとともに、山道のパトロールに出かける。

危険種退治のさなかに偶然、再会したタツミとエスデス。思いがけない再会に喜ぶエスデスと、当惑するタツミ。再会の余韻に浸るもつかの間、エスデスは、二人のやり取りを岩陰から見ていた男の気配に気づく。男は姿を現すやいなや、彼が持つ帝具の力を発動させる。タツミとエスデスは突如現れる魔法陣が放つ光に飲みこまれ…消える。

民衆に広く信仰され、勢力を拡大している宗教・安寧道が、腐敗した帝国に対し近々武装蜂起を起こすという。この情報を嗅ぎつけた革命軍は、これを利用して帝国打倒を企てる。 ナイトレイドに課せられた任務は、教主の補佐で、帝国が送り込んだスパイでもあるボリックの討伐。そして、同時にイェーガーズの討伐も命ぜられる。

対イェーガーズにむけ、二手に分かれたナイトレイド。タツミとアカメは、クロメ、ボルスらと衝突。死者を自在に操るクロメの帝具「八房」に苦戦を強いられることに。クロメが操る死体人形には、名うての殺し屋から超級危険種、そしてナジェンダのかつての同僚の姿があった。人を愚弄する帝具の能力に、ナジェンダは怒りを隠せずにいた。

アカメとレオーネに追い詰められたボルスは、自爆装置の閃光に紛れて脱出。仲間の元に向かう途中、けがをして泣いている少女と遭遇する。一方、薬の効果切れた反動で憔悴したクロメは、姉・アカメと過ごした日々、そして悲しい別れを思い出しながら山道をふらついていた。木の幹に腰を下ろしてお菓子を食べている彼女の前に現れたのは…。

オネスト大臣と通じ、教団乗っ取りをもくろむボリックが身を置く教団の本拠地・キョロクに向かうナイトレイド。対するイェーガーズもまた、ボリック護衛のためキョロクへ駆けつける。まだ傷が癒えないクロメは、ウェイブの心配をよそに戦線復帰を志願。片や、ナイトレイドは無事潜入したものの、ボリックの私兵・羅刹四鬼が、彼らの前に立ちはだかる。

キョロクに潜伏を続けるナイトレイドは、教団設立祭の日にボリック暗殺を企てる。当日、敵をかく乱するため街中を歩くタツミとマインだったが、僧兵の追い込みにより、街から離れた場所に誘導される。そんな二人の姿を発見したセリューは、彼らに先制攻撃。対するマインも、シェーレの仇に、復しゅうを果たそうと燃える。一方タツミは、羅刹四鬼のひとり・スズカと対峙する。

ナイトレイドによってキョロクは解放され、革命軍は攻勢を強める。異例の事態に、エスデスと並ぶ帝国の双璧と呼ばれるブドー大将軍や、大臣の息子・シュラも立ち上がる。一方、ナイトレイドは再び帝都に潜入。タツミとラバックは、宮殿のオネスト大臣を狙うべく、帝都の裏通りでレジスタンスの一人と合流し、宮殿の内部へと忍び込む。

帝都では、反乱軍に対する見せしめとして、タツミの公開処刑を予告する張り紙が出回る。これを見たナイトレイドはタツミ救出に立ち上がる。一方、ブドーとの戦いに敗れ、地下牢に幽閉されたタツミは、檻越しにエスデスと再会する。険しい表情で睨むタツミに、エスデスはある提案をするが…。

タツミの奪還、そしてブドー大将軍を討伐したナイトレイドだが、その代償としてマインとスサノオを失った。帝都は、進軍する革命軍によって包囲されつつあり、市民も暴徒化していた。この状況に困惑するウェイブと、冷静に見つめるラン。そして、死期を悟ったクロメは、姉との決着に立ち上がる。

革命はいよいよ最終局面を迎え、ナイトレイドは、最後のミッションである黒幕の大臣・オネスト暗殺へと向かう。ナジェンダの檄に応えて、革命軍も一気に宮殿になだれ込む。皇帝とオネストの下にたどり着く。狼狽する皇帝とは逆に、余裕の大臣は切り札を発動させる。宮殿が揺れ、床を突き破って現れたものは…。