Dopo due settimane dalla scomparsa di Rebecca - solo Frank e Annalise sanno che è morta in realtà - tutti cercano di mandare avanti la propria vita. Annalise e la sua squadra prendono in carica il caso di Caleb e Catherine Hapstall, due ragazzi sospettati dalla zia per l'omicidio dei genitori adottivi. Nel frattempo, una vecchia amica di Annalise, l'avvocato Eve Rothlo, arriva in città per aiutare Nate, sotto processo per il presunto omicidio di Sam; Eve però sospetta che sia stata proprio Annalise ad uccidere il marito e quindi cerca di chiudere il loro rapporto. Connor prova il suo amore verso Oliver, sieropositivo, trasferendosi a casa sua, portando a un piano superiore la loro relazione. Michaela invece contatta con il suo telefono il misterioso "EGGS 911". Laurel e Wes intanto sono i sospettati di Frank e Annalise per l'omicidio di Rebecca ma mentre i due hanno una conversazione, Annalise capisce chi è il vero assassino: Bonnie. Dunque la donna si dirige dall'assistente, che ammette di aver ucciso Rebecca. Lasciata Bonnie sola, Annalise si dirige quindi da Eve; dopo un discorso sulla loro amicizia, le due si baciano dando così inizio a una relazione sentimentale. Il giorno dopo, Annalise e i suoi quattro studenti vanno in un club per divertirsi per dimenticare ciò che è successo; il cellulare di Michaela però vibra: EGGS 911 ha risposto al suo messaggio. Nel frattempo, il procuratore Sinclair costringe Asher a rivelare che l'avvocato Eve Rothlo è stata a casa di Annalise, ricattandolo riguardo a fatti del suo passato legati a Trotter Lake; e Bonnie viene a conoscenza dell'omicidio della zia di Caleb e Catherine, trovata morta nella sua auto con la gola tagliata, e cerca disperatamente di chiamare Annalise.

Si apre l'udienza preliminare per l'omicidio di Sam. Il procuratore Sinclair prima tenta di far sospendere l'udienza a causa del rapporto di amicizia tra Eve ed Annalise e poi chiama Annalise come testimone. Il procuratore attraverso una serie di accuse ed insinuazioni cerca di incriminare anche Annalise per aver aiutato Nate ad uccidere suo marito e anche Eve, non potendo fare altrimenti, la accusa in modo tale da poter scagionare Nate, che si rifiuta di mentire dicendo di aver avuto una lite con Sam per giustificare la sua impronta sull'anello. Alla fine dell'udienza il giudice rimprovera il procuratore di essersi concentrata su Annalise anziché sulle prove contro Nate e ordina quindi di istruire un nuovo procedimento con capi d'accusa chiari e fondati rimettendo per il momento in libertà Nate.

Scossa dalle accuse e dalle umiliazioni rivoltale in aula, Annalise si sfoga con Bonnie dicendole che non è in grado di fare niente autonomamente. Bonnie le risponde che è lei che non le lascia fare niente da sola in modo da farle sempre ricordare quello che le deve e che lei la ha salvata. Annalise dice che in realtà lei non la ha mai salvata ma anzi la ha condannata perché avere a che fare con lei è una condanna. Eve va poi a casa di Annalise e si scusa con lei per essersi accanita contro di lei e averla messa sul personale, non limitandosi ad accusarla per scagionare Nate. Eve dice di averlo fatto perché è ancora innamorata di lei e non sopporta di non poter stare con lei. Annalise le confessa che lei è la cosa più bella che le sia capitata e di averla lasciata solo per paura. Le due passano la notte insieme e il mattino dopo Nate le vede mentre si salutano baciandosi.

Caleb e Catherine Hapstall vengono arrestati per l'omicidio della zia a causa del ritrovamento del DNA di Caleb nell'auto dove è stata trovata morta. I due prima giurano di essere rimasti tutta la sera a casa ma poi Catherine ammette che il fratello è uscito per mezz'ora. Annalise riesce a far liberare i due all'udienza preliminare scoprendo che la polizia ha manomesso il referto del DNA dell'auto per accusare Caleb dell'omicidio. Annalise però si infuria con loro per averle mentito e minaccia di lasciarli se dovessero rifarlo.

Frank ha una discussione con Laurel e la respinge dicendole che è stufo di essere usato come un gigolò e che se lei è veramente interessato a lui dovrebbe tentare di conoscerlo veramente.

Oliver scopre che Connor ha detto agli altri Keating Four e ad Asher della sua sieropositività e si arrabbia molto con lui. In seguito Oliver gli rivela di aver preso il virus quando in preda alla disperazione per il suo tradimento si era ubriacato ed era andato a letto con un ragazzo conosciuto in un bar che adesso neanche ricorda. Connor si sente in colpa poiché ritiene di essere indirettamente responsabile della sua malattia.

Annalise difende Tanya Randolph, fondatrice di una sorta di circolo del sesso chiamato Utopia Circle, che è accusata di omicidio colposo di Dominic, un uomo morto di infarto mentre faceva del sesso estremo con lei in un sex party. Il caso appare subito complicato per via delle implicazioni morali, dei pregiudizi della giuria e dell'omertà degli altri partecipanti al festino che rifiutano di testimoniare al suo processo e si complica ulteriormente quando Annalise scopre che Tanya aveva scambiato le carte che venivano distribuite casualmente alla festa (le due persone che avevano la stessa carta formavano una coppia) in modo da poter fare sesso con Dominic. Tanya è quindi costretta ad ammettere che in realtà era innamorata di Dominic e voleva che lui lasciasse sua moglie. L'esame tossicologico rivela che l'infarto è stato provocato dal misto di viagra e nitroglicerina e Annalise, accusando la moglie di averlo drogato appositamente per ucciderlo per motivi di gelosia dopo aver scoperto che Dominic assumeva viagra, riesce a far assolvere Tanya.

Annalise scopre che su un giornale di gossip è stata pubblicata una foto dei fratelli Catherine e Caleb Hapstall che si baciano e un articolo che insinua che fra i due vi sia una relazione incestuosa che peggiora ancor di più la loro situazione e che fornisce un movente all'accusa per l'omicidio dei genitori (i due avrebbero ucciso i genitori perché essi dopo aver scoperto dell'incesto avrebbero minacciato di diseredarli). In seguito si scopre che la foto era stata divulgata alla stampa dal procuratore Sinclair che continua a servirsi di Asher come spia in casa Keating spingendolo addirittura a rubare il registratore di Annalise. Quando Asher le comunica di non voler più continuare il suo doppio gioco, lei lo minaccia nuovamente di rivelare il misterioso episodio del suo passato avvenuto a Trotter Lake che scopriamo essere legato a una ragazza bionda di nome Tiffany. Questo spaventa Asher che lascia Bonnie e chiede aiuto a suo padre.

Michaela continua a frequentare Levi (Eggs 911) e Wes scopre la sua identità ma stringe un'alleanza con lui per scoprire la verità su cosa è accaduto a Rebecca e mantiene il segreto. Al termine dell'episodio Wes stringe un'alleanza anche con Nate, con cui Annalise vuole tentare un riavvicinamento.

Il giudice del caso Hapstall convoca Annalise e la Sinclair per decidere se ammettere o meno la testimonianza della zia Helena, poi trovata morta, nel processo. Per evitare che la testimonianza sia ammessa Annalise e il suo team scovano il video di quando la zia aveva parlato per la prima volta con la polizia dopo aver saputo dell'omicidio del fratello e della cognata. Il video della polizia è interrotto ma con l'aiuto di Oliver che si introduce nel sito della polizia il team riesce a trovare l'audio completo in cui Helena dice di non ricordare in realtà cosa è accaduto, oltre a fare commenti razzisti contro i due figli adottivi. Il giudice però decide di ammettere comunque la testimonianza poiché non intende prendere in considerazione quell'audio in quanto ottenuto illegalmente.

Dopo che Bonnie gli ha mentito dicendo di essere stata lei ad uccidere Sam perché lui aveva tentato di stuprarla, Asher è combattuto e non riesce a decidere se testimoniare. Alla fine nonostante i vari tentativi di dissuaderlo di Bonnie, anche a causa dei ricatti della Sinclair, decide di farlo e Annalise compie l'ultimo disperato tentativo di fermarlo facendogli vedere un video sul passato di Bonnie, che da piccola era stata molestata sessualmente dal padre.

Mentre Oliver si lamenta che debba illegalmente entrare nel sito della polizia rischiando la galera senza neanche essere pagato da Annalise, Connor gli confessa di aver fatto qualcosa di terribile per cui rischia di finire in carcere alludendo al suo coinvolgimento nell'omicidio di Sam ma non gli rivela cosa accadde per non mettere nei guai anche lui.

Wes e Levi minacciano Bruno per scoprire cosa gli abbia chiesto Frank la notte in cui morì Rebecca ma lui sostiene di avergli solo dato la chiave del suo box. Wes ruba le chiavi da Frank per scoprire cosa c'è nel box e vi si reca con Levi ma Connor, Michaela e Laurel lo seguono insospettiti e Wes è costretto a rivelare loro l'identità di Levi. In seguito Levi viene arrestato perché Frank lo incastra nascondendo della droga nel suo bagagliaio in modo da toglierlo di mezzo e Wes scopre che il box contiene solo una valigia piena di soldi. Si scopre che Frank aveva previsto tutto dicendo a Bruno di dire del box a chiunque avesse ficcato il naso, aveva fatto in modo che Wes gli prendesse le chiavi e aveva nascosto lì solo quella valigetta in modo che Wes pensasse che Rebecca non centrasse.

Mentre lavora insieme al suo team, Annalise riceve la telefonata di Jill Hartford, una sua collega transessuale che le confessa di aver appena ucciso il marito che la aveva maltrattata per anni. Annalise le detta delle precise istruzioni e si reca da lei chiedendo al procuratore di non mandarla a processo in quanto si è trattato di legittima difesa. Il procuratore però non solo vuole accusare Jill dell'omicidio ma anche Annalise per favoreggiamento in quanto aveva istruito Jill su come sistemare la scena del crimine nel modo migliore per farla sembrare legittima difesa. Annalise ricorre quindi ad un metodo estremo: consegna al procuratore un dossier con le prove che incriminano il giudice William Millstone per corruzione, in modo tale da permettere al procuratore di far emergere il caso ottenendo una promozione in cambio dell'archiviazione delle accuse contro di lei e contro Jill. Il giudice Millstone riceve quindi un avviso di garanzia e decide di troncare ogni rapporto con il figlio Asher.

Wes, Michaela, Laurel e Connor fanno una pessima figura con i fratelli Hapstall facendosi registrare mentre ammettono che li ritengono colpevoli ma hanno un'ottima intuizione riguardo al loro caso: indagare sui loro genitori biologici. Oliver hackera il sito dell'agenzia di adozioni cercando il cognome Hapstall e non si imbatte sui genitori adottivi, ma sulla zia Helena che scopre aver avuto un bambino 26 anni prima, mantenuto segreto fino alla sua morte. Il ragazzo si chiama Philip, abita a due miglia di distanza, e con la morte della madre e degli zii sarebbe automaticamente diventato l'erede di tutti i beni di famiglia se anche Caleb e Catherine fossero stati arrestati. Annalise sa che una notizia del genere potrebbe salvare i suoi assistiti. Alla fine dell'episodio Oliver tenta di entrare nel computer di Philip ma si scopre che anche lui è un hacker e sta spiando Oliver e Connor.

La moglie di Nate muore dopo la lunga malattia. Annalise tenta di andare da Nate per consolarlo ma lui le dice di averle dato le pillole che la hanno uccisa per farla smettere di soffrire come lei desiderava e si sfoga contro di lei accusandola di avergli tolto gli ultimi momenti che poteva passare insieme a lei avendolo fatto arrestare.

Wes continua a voler scoprire la verità su Rebecca e Annalise lo affronta dicendole che capisce che lui non si fida di nessuno dato che sua madre si suicidò lasciandolo da solo. Frank porta Laurel a conoscere la sua famiglia. La Sinclair riconoscendo ad Annalise la vittoria consegna a Bonnie un dossier su Asher riguardante il caso di Tiffany a Trotter Lake parlando di stupro di gruppo.

Il nuovo cliente di Annalise è Dale, un uomo che stalkerava la sua ex moglie ed è accusato di aver spinto il suo nuovo marito al suicidio. Laurel dimostrando furbizia e perspicacia riesce a scoprire che in realtà l'ex moglie ha una relazione con il procuratore ed è proprio quest'ultimo ad aver indotto il marito al suicidio. Con un abile stratagemma riesce poi a portare il suo portiere in tribunale per testimoniare in modo da dimostrarlo.

Eve ritorna a Filadelfia per rappresentare in giudizio Nate, che è stato accusato dalla Sinclair di avere ucciso sua moglie. Eve riesce a fare dichiarare Nate innocente grazie alla collaborazione di un'infermiera che falsifica i risultati dei test fatti sul sangue della moglie di Nate. Dopo aver avuto un breve colloquio con Wes, mandato da Annalise per controllare l'andamento delle udienze di Nate, Eve scopre che è lui il ragazzo che Annalise sta proteggendo e Annalise le dice che lo sta facendo perché lui non è solo un semplice studente. Eve sembra comprendere a cosa si riferisce.

Bonnie fatica ad accettare quello che le ha rivelato la Sinclair riguardo a Trotter Lake e al coinvolgimento di Asher e scopre inoltre che Annalise ha rivelato ad Asher il suo passato andando su tutte le furie. Ubriaca di vodka quindi ha un violento litigio con Annalise e si spinge a dire che avrebbe preferito che fosse stata lei a morire al posto di Sam.

Frank coinvolge Oliver per far sì che aiuti con il caso Hapstall rintracciando Philip, ma Connor non è affatto contento di questa decisione temendo per la sua incolumità. Oliver convince Connor a organizzare un incontro in un bar tramite un sito di incontri per procurarsi il suo DNA ma Philip non si presenta. Quando Oliver ritorna a casa per aspettare Connor, Philip lo segue a casa.

Connor ritorna a casa e scopre che Oliver è scomparso. Si reca subito da Annalise e dagli altri e, mentre stanno per chiamare la polizia, entrano in casa Oliver e Philip. Annalise cerca di scusarsi con Philip, ma lui non accetta le scuse, dicendo di non essere lui l'assassino, e prima di andarsene minaccia Annalise di denunciarli alla polizia per stalking. L'incontro con Philip permette però ad Oliver di procurarsi un campione del suo DNA da una cannuccia usata da lui mentre discutevano.

Il procuratore Sinclair propone a sorpresa a Caleb e Catherine un patteggiamento che permetterebbe ai due di usufruire di un cospicuo sconto di pena. Annalise e i suoi cercano di dissuadere Caleb dall'accettare il patteggiamento ma Wes consiglia invece a Catherine di accettare pentendosi di non averlo fatto lui stesso per l'omicidio di Sam. Philip sporge denuncia alla polizia ma Nate risolve la faccenda modificando un file dall'archivio e facendolo passare per schizofrenico. Frank non riesce a far analizzare il campione di DNA di Philip perché il laboratorio è intasato da più di 300 richieste da parte della Sinclair. Questo fa sorgere dei sospetti e grazie ad Asher si scopre che la Sinclair aveva introdotto una cimice nello studio di Annalise. Annalise quindi usa la cimice a suo vantaggio inducendo la Sinclair a riperquisire a vuoto la casa in modo da prendere tempo. Catherine però decide di presentarsi spontaneamente dalla Sinclair dichiarandosi colpevole ottenendo solo 10 anni di galera e la libertà per il fratello. Frank però utilizza parte dei suoi soldi per convincere un'infermiera ad effettuare il test del DNA e arriva in aula appena in tempo per impedire a Catherine di accettare definitivamente il patteggiamento. Il DNA di Philip combacia al 99,4% con quello trovato sulla scena del delitto e rivela che Philip è nato dalla relazione incestuosa fra Helena Hapstall e il suo unico fratello, ovvero il padre adottivo di Catherine e Caleb. Catherine manda a Wes uno dei suoi quadri come segno di ringraziamento, e Wes, sfogliando le foto del caso, si rende conto che nella foto di Philip si vede sullo sfondo uno dei quadri di Catherine. Wes avvisa subito Annalise e Nate. Alla fine dell'episodio si vedono Catherine e Philip assieme, e lui che le dice di non preoccuparsi e che si occuperà di tutto lui. La scena si sposta poi su Caleb e Michaela e si vede Caleb mentre fa vedere a Michaela una pistola che ha trovato nello studio di Catherine.

Dopo aver visto la pistola, Michaela decide di chiamare per un consulto Connor, il quale vuole mostrarla ad Annalise, mentre Michaela si rifiuta in quanto l'avvocatessa potrebbe essere accusata di occultamento di prove: Catherine si sveglia e ritrova i tre nel soggiorno di casa e Caleb con la pistola in mano, così scappa. Intanto, Nate viene accusato dalla Sinclair di aver modificato alla centrale di polizia un documento riguardante Philip, facendolo risultare schizofrenico. Dopo un litigio con il procuratore, Nate la minaccia davanti a tutto lo staff della polizia e tale azione gli costa il posto di lavoro. Nel frattempo, lo scandalo del padre di Asher viene a galla e il giudice federale Millstone si suicida impiccandosi. La madre di Asher accusa il figlio di essere causa della morte del padre e lo ripudia; così il ragazzo dà la colpa di tutto ciò alla Sinclair e dopo l'ennesima discussione, avvenuta in un parcheggio, in cui lei gli dice che il padre meritava di morire la investe con la macchina uccidendola. Annalise mostra a Caleb la foto che indica che Catherine abbia un qualche legame con il loro fratellastro e, poiché considera la ragazza colpevole e non la si ritrova dopo la sua fuga, Annalise decide di difendere solo Caleb. Mentre Caleb viene inviato a casa di Michaela, dopo la scoperta della morte della Sinclair, Annalise decide di architettare un nuovo stratagemma in modo che Catherine passi come l'assassina della donna. Invia dunque Frank alla ricerca di Catherine affinché la addormenti somministrandole dei farmaci. Connor si rifiuta di partecipare, allora Annalise svela finalmente ad Asher che ad aver ucciso Sam sono stati proprio loro e non Bonnie. Infine, per far risultare la scena del crimine più credibile, Annalise decide di farsi sparare anche se nessuno dei ragazzi vuole farlo: quando lo chiede a Wes egli inizialmente si rifiuta, e rende noto alla professoressa di aver chiamato Nate, per poi spararle in pancia e non sulla gamba come da lei richiesto, dopo che gli viene comunicato che Rebecca è morta da tanto. Preso da un atto di ira Wes vuole ucciderla, ma Annalise pronuncia il nome Christophe, che smuove la mente di Wes, il quale si ferma.

L'episodio comincia 2 settimane dopo la sparatoria, Annalise si sveglia in macchina. Bonnie l'ha riportata a casa. Il giorno dopo dovrà testimoniare, incolpando Catherine dell'accaduto. Troppo sconvolta Annalise, rimasta sola in casa, decide di ingoiare delle pillole di psicofarmaci che le causano delle allucinazioni. Lei immagina quindi di vedere una donna che, bussandole alla porta, le lascia un bimbo di pochi mesi in braccio. Chiamata da Annalise, Bonnie giunge a casa dell'avvocatessa e si accorge che non è in grado di testimoniare. Wes passa le sue giornata nel letto, fin quando Laurel non lo invita a studiare insieme agli altri. Annalise non può testimoniare, così i 5 studenti insieme a Frank scrivono una testimonianza da poter presentare in tribunale. Il giudice si oppone e vuole Annalise in aula, così Laurel le telefona. Annalise si presenta e racconta di essere stata sparata da Catherine, ma si lascia sfuggire anche che la ragazza non ha ucciso i suoi genitori, perché glielo ha rivelato quando la difendeva. Annalise viola quindi il segreto professionale, facendo sembrare tutto colpa delle sue precarie condizioni mentali. In realtà Annalise incontra poi Caleb in macchina e gli svela di averlo fatto per proteggere Catherine facendola sembrare una vittima non responsabile delle sue azioni ed incolpare Philip. Caleb va dalla sorella e la convince che è stato proprio Philip a drogarla e per effetto della droga é stata lei a sparare ad Annalise. Tornati in aula Catherine confessa di aver sparato ad Annalise, perché drogata da Philip. Il procuratore quindi le propone un accordo, una pena di soli 5 anni di carcere in cambio della sua testimonianza contro Philip. Laurel è preoccupata per Wes che è ancora scosso e non vuole che faccia qualcosa di sbagliato. Intanto lui va a casa di Annalise e cerca informazioni che riguardano il suo vero nome Cristophe. Non trova nulla e quando arriva la professoressa a casa le chiede spiegazioni, ma lei si rifiuta di rispondere e gli chiede di andar via.

Annalise, definitivamente guarita, ritorna al suo lavoro e difende Jason, un ragazzo che ha ucciso un suo coetaneo dopo una lite finita male. Mentre Jason sta per accettare un accordo con la procura che prevede 15 anni di carcere per omicidio di secondo grado, interviene la madre della vittima che propone di ricorrere alla giustizia riparativa ovvero un colloquio privato che potrebbe portare ad una pena minore per il ragazzo tramite il suo perdono. Annalise intuisce che tale situazione potrebbe al contrario peggiorare le cose e tenta di opporsi all'azione ma il giudice lo consente. Il ragazzo però, colpito dalla volontà della madre della vittima di perdonarlo, ammette di aver ucciso volontariamente suo figlio e di averlo lasciato morire senza chiamare i soccorsi. Questo induce la procura a cambiare l'accusa in omicidio di primo grado e il ragazzo, nonostante l'opposizione della madre della vittima che continua a volerlo perdonare per non vivere il resto della sua vita nell'odio, accetta di scontare l'ergastolo per non rischiare addirittura la pena capitale.

Caleb fa visita ad Annalise nel suo studio perché non è soddisfatto del suo nuovo avvocato e la supplica di aiutarlo a ritrovare Philip ma lei rifiuta.

Wes si rivolge ad una clinica affinché gli vengano prescritti dei sonniferi ma al rifiuto del medico di guardia si irrita facendo un riferimento al suicidio e viene quindi ricoverato nell'ala psichiatrica. Laurel è molto preoccupata che Wes possa cedere e raccontare tutto riguardo alla notte in cui sparò ad Annalise ma quest'ultima si rifiuta di fare qualcosa per farlo dimettere, provocando un risentimento in tutti i Keating 5 che la abbandonano. Alla fine dell'episodio Annalise si decide a rivelare a Wes qualcosa riguardo al rapporto con sua madre nel passato e lascia un fascicolo davanti al suo appartamento.

Frank è arrabbiato con Laurel perché non gli ha detto del ricovero di Wes e la ragazza reagisce dicendogli che anche lui non le dice mai le cose brutte che fa per Annalise, che non potrà mai farlo e che quindi lei non potrà mai conoscerlo veramente e tronca così la loro relazione. Ma Frank inaspettatamente, per non farla andar via, le confessa di aver ucciso Lila.

Connor riceve una mail contenente un video della notte in cui inscenarono l'omicidio della Sinclair e non sapendo che fare chiama Annalise dimenticando il suo risentimento nei suoi confronti.

Annalise chiama tutti i ragazzi tranne Wes per discutere della mail che tutti credono sia di Philip. Dopo poco Connor riceve una seconda mail che chiede un riscatto di un milione di dollari. Dapprima Annalise cerca di procurarsi i soldi anche offrendo il suo aiuto a Caleb perché la paghi un'ingente somma. Poi però decide, anche su consiglio di Nate, di ignorarlo pensando che sia un bluff poiché Philip non vuole essere trovato. Dopo la scadenza dell'ultimatum però ricevono un altro video che riprende Annalise e Nate in casa la sera prima.

Laurel è sconvolta dopo la confessione di Frank, scappa e va a casa di Wes dove lo trova intento ad esaminare il fascicolo lasciatogli da Annalise. Quando Wes le dice che il caso riguarda sua madre, Laurel gli propone di andare a Cleveland per scoprire di più. Lì consultano gli atti del processo Mahoney scoprendo che sua madre si era rifiutata di testimoniare e poi vedono anche il referto dell'autopsia che parla di suicidio. Laurel però nasconde uno dei fogli del reperto dove si parla di probabile omicidio con sospettato principale lo stesso Wes, all'epoca dodicenne e al loro ritorno lo mostra subito ad Annalise chiedendole se lei sapeva. Connor ha paura e pensa di trasferirsi a Stanford chiedendo a Oliver di venire con lui.

Wes torna dalla psichiatra per parlare della madre, ma lei gli consiglia di parlare direttamente con Annalise. Annalise dice a Laurel di non preoccuparsi di Wes e che non sono affari suoi e decide di proteggere il gruppo dalle minacce di Philip. Si reca quindi dal procuratore Denver con il computer di Connor su cui ci sono i video inviati da Philip che collocano i K5 sulla scena del crimine la notte della morte della Sinclair. Annalise consegna il computer in cambio dell'immunità per quella notte, che il procuratore è costretto a concedere. Laurel, Michaela, Connor e Oliver passano la notte a casa di Asher, mentre Annalise va da Nate. Wes, giunto a casa di Annalise, trova il fogli in cui veniva accusato di aver ucciso la madre e torna dalla psichiatra. Lei lo convince che si sia trattato di suicidio e consiglia a Wes di lasciar perdere. Il ragazzo torna a casa deciso a mettere tutto da parte, quando su uno dei fogli del processo trova la firma di Eve. Laurel implora Annalise di parlare con Wes perché teme che possa farsi del male. Annalise si reca quindi a casa di Wes trovando la porta aperta, le luci accese e rumori provenienti dall'interno. Entrata, riceve una telefonata di Eve che le dice di aver trovato Wes nel palazzo in cui si trovava. Annalise le dice di chiamare il 911 perché c'è qualcuno nell'appartamento di Wes e cerca di scappare, ma viene bloccata da Philip che, uscendo da sotto il letto, la aggredisce.

Annalise riesce a liberarsi da Philip e va alla polizia dove viene raggiunta da Eve e Wes. Tornati a casa, Eve chiede ad Annalise di andare con lei a New York per restare al sicuro, ma lei decide di rimanere a casa. Michaela accusa Annalise di non aver protetto Caleb, che nel frattempo è scomparso. Il procuratore Denver convoca i K5 per far loro alcune domande circa la loro presenza nei video della notte dell'omicidio della Sinclair, ma tutti riescono a cavarsela. I K5 e Oliver decidono di rifugiarsi a casa di Annalise per passare la notte, ma l'avvocatessa caccia tutti tranne Wes. I ragazzi si recano in un bar dove Oliver dice a Connor di essersi licenziato e Asher e Michaela hanno un rapporto. Annalise dice a Wes la verità sulla sua storia: suo padre non è morto, ma è Wallace Mahoney, e lei ha cercato di proteggerlo: Wes inizia dunque a cercare informazioni sul suo vero padre. Bonnie affronta Frank sull'omicidio di Lila capendo che è stato Sam a chiedergli di uccidere la ragazza e che Annalise non lo sa. Laurel, ubriaca, va da Annalise per scoprire cos'è successo tra lei e Wes, ma non ottenendo risposte le chiede se ha ordinato lei a Frank di uccidere Lila. Annalise, sconcertata e delusa, prepara una valigia e torna da sua madre.

Ophelia organizza una festa di bentornata ad Annalise, a cui partecipa anche il padre della donna, con il quale ha un rapporto tormentato. Presso l'ufficio di Annalise, la squadra deve fare i conti con la notizia che Denver ha emesso un mandato di arresto per la donna, sospettando che ci sia un traditore che l'ha incastrata (in seguito grazie ad un filmato scoprono che costui è Caleb). Intanto Laurel rivela a Frank che il padre biologico di Wes è Wallace Mahoney. Oliver rintraccia il luogo in cui è finita Annalise, dopo di che Nate va a Memphis per incontrarla di persona, trattenendosi a cena con la sua famiglia. Durante la cena, Annalise ribadisce di non voler rivolgere la parola a suo padre, che in precedenza ha abbandonato la famiglia quando era ancora una bambina. La mattina seguente, Annalise torna a Middleton e incontra Denver, rivelandogli che Caleb è stato il serial killer per tutto il tempo e mostrandogli una chiavetta USB datale da Philip durante il loro incontro all'appartamento di Wes dove sono contenuti i dati del fitness tracker di Caleb (che indicano che lui si trovava esattamente nel luogo dove morì Helena Hapstall, la madre di Philip). A riprova di ciò c'è la testimonianza di Catherine, la quale ammette di essere innamorata di Caleb e di non averlo trovato nella sua camera la notte nella quale morirono i loro genitori. Mentre la polizia inizia a cercare l'uomo, si scopre che egli si è ucciso. Più tardi, Oliver sabota il progetto di Connor, cancellando la mail di conferma circa la sua accettazione da Stanford e chiamando l'istituto per rifiutare il suo posto. Bonnie rivela ad Annalise quello che Frank ha fatto e il motivo per cui è stato costretto, e questa risponde che l'uomo deve sparire. Laurel visita l'appartamento di Frank, ma scopre che ha già lasciato la città. Wes incontra Wallace Mahoney per la prima volta, ma poco prima che riesca a parlargli questi viene ucciso da un cecchino.