Un avvocato difensore e professore di diritto penale, Annalise Keating, seleziona un gruppo dei suoi migliori studenti per lavorare nel suo studio. Il cliente di Annalise è una donna accusata di tentato omicidio del suo amante con l'aspirina, al quale lui era altamente allergico. Wes scopre che Annalise tradisce suo marito Sam, mentre Connor trova un modo interessante per aiutare Annalise nel caso. Il corpo di una studentessa scomparsa da mesi, Lila Stangard, viene ritrovato nella cisterna d'acqua della sua sorellanza da un tecnico. Quando Annalise e Sam vedono lo speciale sul ritrovamento della ragazza, Annalise commenta: «Scommetto che è stato il fidanzato».

Annalise accetta il caso di un milionario, Max S. Vincent, accusato di aver ucciso sua moglie. Connor cerca di fare la cosa giusta con il suo fidanzato, il super tecnologico Oliver, dopo aver saltato una cena per lavorare al caso. Il processo di Annalise è ribaltato quando la figlia dell'accusato capisce che il era stato il padre ad uccidere sua madre. Annalise comincia a sospettare un coinvolgimento di Sam nel caso di Lila Stangar. Laurel chiede a Bonnie dei consigli su Frank.

Il nuovo caso di Annalise riguarda una casalinga, Paula Murphy, inizialmente indagata per atti osceni in luogo pubblico, arrestata dall'FBI per un attentato di diversi anni prima. Wes cerca di aiutare Rebecca, arrestata per l'omicidio di Lila. Michaela scopre di una precedente relazione omosessuale tra il suo futuro marito e Connor, avvenuta anni prima durante il college. Nate, l'amante di Annalise, indaga sull'alibi di Sam durante la notte in cui Lila è stata uccisa e non ne trova uno, ma decide di mentire ad Annalise dicendogli che il suo alibi è inconfutabile. Il caso nel frattempo viene sospeso dopo che la casalinga, in libertà su cauzione, scappa col suo primo amore, un pregiudicato.

Annalise assume un nuovo caso: si tratta di una amica di vecchia data, Marren Trudeau, titolare di un'agenzia di brokeraggio che è stata accusata di insider trading e che dichiara di essere innocente. Wes dà il via al caso di Rebecca dopo essersi reso conto che è sua la colpa se lei ha confessato di aver ucciso Lila. Connor abborda il giovane assistente di Marren, Pax, riuscendo ad ottenere informazioni utili per il caso, ma si rende conto di provare dei veri sentimenti per Oliver, che lo ha cacciato di casa quando ha scoperto che lui fosse andato con un altro ragazzo. Frank deve confrontarsi con i suoi problemi di gelosia nei confronti di Laurel. Bonnie, che mostra di provare qualcosa verso il marito di Annalise, deve trovare un modo per far dichiarare inaccettabile la confessione di Rebecca e ci riesce, portando però al licenziamento di Nate. Alla fine Wes convince Rebecca che è necessario che gli altri sappiano cosa c'è sul cellulare di Lila, ovvero la foto di un pene, che Annalise riconosce come quello di Sam, senza dirlo agli altri.

Annalise accetta il caso di un teenager che è stato accusato dell'omicidio del padre violento e impone pazienza a Wes che le chiede quando avrebbe intenzione di consegnare il cellulare alla polizia. Annalise scopre come Bonnie sia riuscita a farsi dare la confessione di Rebecca e Laurel mette a repentaglio la sua carriera rischiando di andare in prigione per aiutare nel caso. Annalise si confronta con Sam sulla sua relazione con Lila. Intanto, Rebecca viene portata nell'ufficio di Sam al fine di scoprire se sapesse con chi Lila stesse avendo una relazione, ma ciò ha esattamente l'effetto contrario: Rebecca scopre, per via carta da parati della foto identica a quella del bagno, che l'uomo è proprio Sam. Laurel e Frank si fronteggiano per combattere i loro sentimenti, mentre Bonnie non sa cosa fare dopo aver assistito al litigio tra Annalise e Sam.

Annalise scopre che l'avvocato di Griffin ha fatto trapelare informazioni ai tabloid per mettere in cattiva luce Rebecca, fatto che ha come conseguenza un ordine di non divulgazione. Michaela si imbatte in un colloquio di lavoro con un prestigioso studio legale, solo per scoprire che sono stati i suoi futuri suoceri a convocarla per discutere dell'accordo prematrimoniale. Gli avvocati difensori di Griffin vogliono riesumare il cadavere di Lila per accumulare prove circa la colpevolezza di Rebecca, il che dà luogo ad un accordo tra il procuratore ed Annalise, che vogliono entrambe evitarlo. Tuttavia, la procura attua un doppio gioco e Asher va a letto con una loro impiegata per scoprirne il motivo. In seguito, il giudice ordina la riesumazione del cadavere di Lila. Dopo l'esame, si scopre che i segni sul collo di Lila sono solo morsi d'insetto, ma si aggiungono ulteriori problemi, quando viene scoperto che Lila era incinta di sei settimane nel momento in cui morì.

Annalise accetta il caso di una donna in carriera e madre che apparentemente ha ucciso la tata dei figli mentre camminava nel sonno sotto l'effetto della sue pillole sonnifere. Michaela incontra la sua futura suocera per discutere dell'accordo prematrimoniale che rifiuta di firmare. Laurel scopre che Frank ha una ragazza. Bonnie confessa ad Annalise che Sam sapeva che Lila fosse incinta, così Annalise licenzia Bonnie e la caccia da casa sua. Wes vede Rebecca con Nate e le rivela che l'uomo è l'amante di Annalise, provocando una grande lite. Rebecca scappa furtivamente per cercare da sola prove incriminanti contro Sam.

Rebecca si intrufola in casa Keating per rubare dati dal portatile di Sam che potrebbero condannare l'uomo e allo stesso tempo assolverla. Wes capisce dove si è recata la ragazza e la raggiunge insieme a Connor e Laurel con i quali stava svolgendo uno studio di gruppo. Arriva anche Michaela per restituire il trofeo che aveva rubato ad Asher e le apre la porta Sam, dopo aver brutalmente litigato con Annalise, la quale ha raggiunto il momento critico alla luce del sempre più probabile coinvolgimento del marito nell'omicidio di Lila Stangard. Sam scopre Rebecca curiosare per la casa e, capendo le sue intenzioni, la insegue fino al piano di sopra, dove scoppia una colluttazione. La lotta si sposta nel corridoio e Michaela spinge l'uomo oltre la balaustra, facendolo cadere sul pavimento di sotto. Sam è creduto morto e Rebecca, Wes, Michaela, Connor e Laurel riflettono sulla prossima mossa, ma Sam improvvisamente attacca Rebecca cercando di strangolarla. Wes allora colpisce Sam sulla testa con il trofeo, uccidendolo definitivamente. Il ragazzo allora accompagna Rebecca al motel, recupera dalla casa l'arma del delitto e poi si ritrova con gli altri tre studenti nel bosco. Il gruppo decide di ritornare alla casa per prendere il corpo di Sam e distruggerne ogni traccia. Annalise si reca da Nate in preda al panico, dicendo che si è scontrata con Sam a proposito della gravidanza di Lila e l'imminente risultato del test del DNA, e teme che lui possa essere fuggito. I due passano la notte insieme, in seguito alla quale Annalise abbandona la casa di Nate e telefona a Sam. Lascia un commosso messaggio, dicendo che le dispiace del loro litigio, che lo ama ancora, e lo supplica di tornare a casa cosicché possano risolvere i loro problemi. Gli studenti portano il cadavere di Sam nel bosco, lo bruciano, distruggono i resti e li mettono in sacchi dell'immondizia. Poi li gettano in un cassonetto e se ne vanno. Un flashback finale mostra la scena nella quale Wes ritorna alla casa per riportare il trofeo e scusarsi con il corpo senza vita di Sam, solo per scoprire Annalise seduta dietro alla scrivania che gli dice di non sentirsi dispiaciuto.

Annalise dichiara alla polizia che probabilmente Sam è fuggito per aver ucciso Lila. I Keating Four non sono sicuri di cosa Annalise sappia del loro coinvolgimento nell'omicidio di Sam. Annalise riesce a convincere la corte che Rebecca non ha niente a che fare con la morte di Lila e la ragazza è assolta da ogni accusa. Connor e Michaela contemplano l'idea di costituirsi e incolpare Wes e Rebecca dell'omicidio di Sam. Discutono con Laurel se lei voglia far parte del piano ma quest'ultima lo rivela a Wes e Annalise. Come risposta, Annalise spiega che costituirsi non farà nient'altro che peggiorare la situazione. Giura di proteggerli per sempre e dice loro di doversi fidare di lei. Annalise racconta a Frank ciò che è successo veramente a Sam. Alla fine, Connor chiama Annalise facendole sapere che la sorella di Sam, Hannah, una psicologa, si trova in città e rifiuta di credere che Sam abbia ucciso Lila.

La cognata di Annalise, Hannah Keating, arriva a Middleton, disperatamente desiderosa di risposte sulla presunta scomparsa di Sam. Inquieta del disdegno di Hannah per lei, Annalise la evita e si focalizza invece sul caso di Jackie Wilson, una donna il cui marito ha abusato sessualmente di lei e di altre due giovani donne rapite e nascoste nel seminterrato della loro casa. Laurel confida a Frank che comincia a preoccuparsi del loro insabbiamento, soprattutto a causa dell'abbondanza di prove forensi presente nel SUV di Connor, e così, mentre Connor passa del tempo con Oliver, Frank ruba la macchina e la distrugge. Si scopre poco dopo che Jackie non è una vittima innocente, poiché in passato aveva rubato la figlia apparentemente morta di una delle ragazze sequestrate e la stava segretamente crescendo. Quindi Annalise abbandona il caso e tradisce Jackie, lasciandola a scontare il lungo periodo in prigione per i suoi crimini. Nel frattempo Hannah, che ha seguito Annalise, la fronteggia e le chiede di dirle la verità sulla scomparsa di Sam. Annalise ammette di aver mentito alla polizia riguardo alla relazione di Sam con Lila, ma sostiene di non sapere nulla riguardo alle condizioni di Sam, e ciò sembra soddisfare l'ostinazione di risposte da parte di Hannah. Wes ritorna a casa e vede in diretta sul notiziario che i resti di Sam sono stati rinvenuti presso una discarica.

Quando i resti di Sam vengono scoperti, la polizia sospetta che Annalise sia in qualche modo coinvolta nella sua morte, incoraggiati anche dalla sorella di Sam, Hannah, che accusa immediatamente Annalise dell'omicidio. Frank avverte Laurel che lei, Wes, Connor e Michaela non possono più contattare Annalise dato che i loro cellulari sono controllati dalla polizia. Hannah racconta al giudice che Annalise una volta minacciò di uccidere Sam e ciò è sufficiente per rilasciare un mandato per ispezionare la sua casa, ma non vengono trovate prove. Bonnie affronta Annalise dicendo che lei sa che i Keating Four hanno ucciso Sam e la mette in guardia sul fatto che proteggerli potrebbe rovinare la sua carriera. Annalise incarica Frank di irrompere a casa di Nate e incastrarlo per l'omicidio rimuovendo le sue impronte digitali da un bicchiere e posizionandole sull'anello del marito. I poliziotti arrestano quindi Nate per l'omicidio di Sam. I Keating Four sono scioccati quando Nate è accusato del delitto che in realtà loro hanno commesso, mentre Michaela ricorda la promessa fatta da Annalise. Annalise, distesa sul suo letto e pervasa dal senso di colpa, chiama sua madre in cerca di aiuto.

Ophelia, la madre di Annalise, arriva a Middleton e passa qualche giorno insieme alla figlia. Le due donne parlano del tormentato passato di Annalise che era stata violentata dallo zio quando era bambina e solo adesso scopre che la madre aveva incendiato volontariamente la sua casa con lo zio all'interno per ucciderlo dopo averlo scoperto. Mentre Annalise è troppo provata in seguito all'arresto di Nate, Bonnie si occupa di un nuovo caso al suo posto: un caso di stupro di un'infermiera ai danni di un suo paziente. Nonostante all'inizio appaia in difficoltà, alla fine Bonnie vince la causa dimostrando che la presunta vittima voleva incastrare la sua cliente insieme al legale dell'ospedale che era il suo amante allo scopo di ottenere un grosso risarcimento. Wes comincia a sospettare che Rebecca possa essere in realtà coinvolta nell'omicidio di Lila e indaga sul caso di Rudy, il precedente coinquilino del suo appartamento. Wes scopre che i due casi sono collegati perché Rudy è stato arrestato la stessa notte della morte di Lila e rinchiuso in un ospedale psichiatrico. Wes e Laurel fanno visita a Rudy all'ospedale e lo trovano in stato di shock; quando gli mostrano una foto di Rebecca chiedendogli se la conoscesse lui riesce a dire solo una parola: "bagnata" che Wes collega subito al serbatoio in cui è stato trovato il cadavere di Lila. Intanto inizia il processo a Nate per l'omicidio di Sam e Annalise riesce a passargli un biglietto in cui gli dice di licenziare il suo avvocato e di chiamare un numero telefonico.

Connor e Oliver, prima di riprendere la loro relazione, fanno entrambi il test per l'AIDS. Annalise si occupa di un nuovo caso: un prete che ha ucciso un altro prete dopo aver scoperto, tramite una sua confessione, che quest'ultimo ha abusato sessualmente di un ragazzo fino a spingerlo al suicidio. Il prete si rifiuta di violare il segreto confessionale per rivelare i motivi del suo delitto e ottenere così una riduzione della pena e rifiuta anche l'aiuto della donna che ama, dichiarandosi così colpevole di omicidio di primo grado e finendo in galera. Annalise fa di tutto per tirare fuori Nate di prigione, facendolo anche aggredire da altri carcerati tramite Frank allo scopo di ottenere una nuova udienza preliminare, ma il suo piano fallisce poiché il giudice rifiuta e lo mette in isolamento. Annalise quindi fa in modo di ricusare il giudice del suo caso facendola parlare con Asher e ottiene infine il rilascio di Nate su cauzione. Wes e Laurel sono sempre più sospettosi di Rebecca e lo riferiscono anche a Connor e Michela. I quattro raggiungono quindi la casa di Rebecca, aspettano che torni e la affrontano chiedendole se abbia ucciso Lila e tutti i dettagli di quella notte. Rebecca rifiuta di rispondere alle loro domande e li minaccia di chiamare il poliziotto che li ha visti uscire da casa di Annalise la notte in cui fu ucciso Sam e che Annalise e Frank hanno fatto in modo di trasferire in Delaware. I quattro chiamano Annalise, che scopre che i suoi studenti hanno legato e imbavagliato Rebecca chiudendola nel bagno.

Annalise costringe i Keating Four a inscenare un processo in cui ognuno di loro deve cercare di dimostrare che Rebecca ha ucciso Lila. Rebecca è poco collaborativa ma alla fine riesce a convincere Wes che lei non è colpevole anche se si era imbattuta nel cadavere di Lila mentre la cercava e si era nascosta con il cadavere nel serbatoio dell'acqua temendo di essere vista e incolpata dell'omicidio. Gli altri tre non le credono ma al termine dei loro discorsi, Annalise non trova credibili le loro affermazioni perché tutte ipotetiche e non supportate da prove. Decide quindi di liberare Rebecca che nel frattempo era stata portata in cantina ma scopre che era già stata liberata da qualcuno ed era scappata. Michaela si ubriaca in un bar, dove Laurel le rivela che aveva lei il suo anello di fidanzamento e che lo aveva nascosto in modo tale che lei non andasse alla polizia per timore che l'anello fosse trovato sul luogo del delitto. Connor torna a casa trovando Oliver in lacrime, essendo risultato positivo al test dell'AIDS. Wes crolla non sapendo più a cosa credere e Annalise lo consola e lo rassicura dicendogli che loro devono credere che Sam abbia ucciso Lila anche perché è l'unica teoria sensata e che consentirebbe loro di andare avanti. Quando Wes se ne va, Annalise incontra Frank nella cantina e i due discutono di cosa fare con Rebecca, che si scopre essere morta con il suo cadavere nascosto tra gli scatoloni. Entrambi negano di aver commesso l'omicidio.