В постапокалиптическом 2163 году отчаявшийся Коул продолжает поиски Титана. Тем временем, армия 12 обезьян ждет появления Свидетеля, а находящаяся у них в плену Райли должна сделать самый трудный выбор в своей жизни.

В поисках Дженнифер Гоинз Коул и Джонс отправляются во Францию после Первой мировой войны. Там они сталкиваются с крайне опасной группой путешественников во времени — так называемыми Стражами.

Доверие между старыми друзьями подвергается серьезному испытанию, когда Рамзи возвращается в убежище Джонс вместе с давним врагом, захваченным им в плен. Коулу и Джонс приходится решать, насколько далеко они готовы зайти ради получения ответов, которые им необходимы.

Рамзи и Коул отправляются в 2007 год, так до конца и не выяснив, является ли их новая миссия ловушкой или последним реальным шансом убить Свидетеля. Однако когда Коул узнает душераздирающую правду, он понимает, что их задание является и тем, и другим.

Джонс понимает, что время снова не на их стороне, и отправляет Дженнифер и Дикона в 1989 год, для того, чтобы украсть Слово — священный документ о жизни Свидетеля. Райли и Коул осознают, что им необходимо добраться до Слова раньше своих друзей, чтобы сохранить свой самый большой и опасный секрет.

Райли и Коул узнают, что в 1953 году произошло первое собрание Армии 12 обезьян, и отправляются туда. Для того чтобы попасть на него, им приходится просить помощи у агента Гейла.

Коулу и Райли необходимо принять невозможное решение. Джонс начинает испытывать подозрения по отношению к некоторым членам ее команды. Райли обращается за советом к близкому человеку из своего прошлого.

Коул и Райли скрываются от своих преследователей, перемещаясь из эпохи в эпоху. Друзья и враги встречаются в викторианском Лондоне в ожидании встречи со Свидетелем.

Коул и Райли наконец узнают драматичную историю жизни человека, который называет себя Свидетелем.