Ścigani przez Armię 12 Małp Cole i Ramse w końcu dochodzą do porozumienia. W 2043 r. Deacon przejmuje kontrolę nad dawnym laboratorium.

Cole i Cassie stają na drodze Jennifer, starając się nie dopuścić do uwolnienia wirusa. Jednak ich działania przynoszą nieoczekiwane konsekwencje w 2044 r.

Cole i Cassie odkładają na bok dzielące ich różnice i podróżują do Nowego Jorku z 1944 r., aby zapobiec morderstwu pewnego naukowca.

Pomimo złych przeczuć Jones wysyła Ramsego do 1944 r. po Cole’a i Cassie. Jennifer pomaga Jones w przejrzeniu planu Armii 12 Małp.

W 2016 r. Cassie i Jennifer podążają tropem Pierwotnej. W 2044 r. Cole i Ramse zmierzają do konfrontacji z Deaconem.

Cole i Ramse udają się do Nowego Jorku w latach 1970., aby powstrzymać Posłańców przed uśmierceniem Pierwotnego, który może zaprowadzić ich do Świadka.

Desperacko starając się zapobiec katastrofie, do której może doprowadzić awaria maszyny czasu, Cole i pozostali dokonują niepokojącego odkrycia na temat Cassie.

Odkrywszy, że manipulowanie przeszłością niesie ze sobą więcej niebezpieczeństw, niż wirus, Jones wysyła Cassie z misją powstrzymania podróży w czasie.

W 2016 r. Jennifer rekrutuje bojowników do starcia z Armią 12 Małp. W 2044 r. Cassie i Ramse poszukują Tytana — tajemniczej siedziby Świadka.

Chaos w 2044 r. narasta. Jones wysyła podróżników do 1957 r. z misją odnalezienia ważnego naukowca. Cassie i Ramse mają jednak własny plan.

W obliczu nadciągającej w 2044 r. katastrofy podróżnicy toczą wojnę o to, czy powinni podążać za Świadkiem, czy też cofnąć się w czasie, aby zapobiec anomalii.

Cassie i Cole przenoszą się do 1957 r., aby zapobiec anomalii, ale sprawy przybierają niebezpieczny obrót. Misja Ramsego w poszukiwaniu Tytana może okazać się katastrofą.

Cole i Cassie wreszcie odnaleźli spokój. Z sielskiej przeszłości wyciąga ich jednak szaleńcza pogoń za Świadkiem, który ma w swoim rękawie jeszcze jednego asa.