Cole e Ramse sistemano le cose, mentre l'Esercito delle 12 scimmie li insegue. Nel 2043 Deacon prende il controllo della macchina del tempo.

Cole e Cassie affrontano Jennifer nel tentativo di evitare la diffusione del virus. Le conseguenze delle loro azioni, però, provocano nuovi problemi nel 2044.

Cole e Cassie mettono da parte le loro divergenze e viaggiano nel tempo fino alla New York del 1944 per impedire a una coppia di Messaggeri di uccidere uno scienziato.

Nonostante i suoi dubbi, Jones manda Ramse nel 1944 a recuperare Cole e Cassie. Jennifer aiuta Jones a capire quale sia la missione dell'Esercito delle 12 scimmie.

Cole e Ramse raggiungono la New York degli anni '70 per evitare che i Messaggeri uccidano un altro Primario, un reduce di guerra che potrebbe condurli al Testimone.

Cercando di evitare un cataclisma quando la macchina del tempo entra in una fase critica, Cole e il team fanno una scoperta inquietante a proposito di Cassie.

Rendendosi conto che cambiare il passato è più pericoloso del virus, Jones manda Cassie in missione per scongiurare l'invenzione dei viaggi nel tempo.

Nel 2016 Jennifer recluta dei giustizieri per combattere l'Esercito delle 12 scimmie. Nel 2044 Cassie e Ramse cercano Titan, il misterioso covo del Testimone.

Il 2044 diventa sempre più instabile. Jones invia il team a cercare un importante scienziato nel 1957, ma Cassie e Ramse partono per una missione tutta loro.

Nel 2044 la catastrofe è prossima e il team è dilaniato da un dilemma: cercare il Testimone o ritornare indietro nel tempo ed evitare l'anomalia?

La missione di Cassie e Cole per fermare l'anomalia nel 1957 prende una brutta piega. E il tentativo di Ramse di trovare Titan e il Testimone non promette bene.

Proprio quando Cole e Cassie hanno trovato pace nel passato, un evento li trascina in una caccia convulsa per uccidere il Testimone, che ha ancora un asso nella manica.