27 let poté, co virus vyhladí většinu lidstva je vědci vyslán muž (James Cole) zpět do roku 2015, aby pomohl zastavit virus, který to vše způsobil. Jediným vodítkem pro Cola je viroložka Cassandra Railly, která by měla znát toho, který vypustil nebezpečný zdroj nákazy.

Cole se vrací do roku 2015, aby zjistil nové informace od pacientky z ústavu pro duševně choré. Jonesová si myslí, že Armáda 12 opic se nějakým způsobem podílela na pandemii a proto Colea na tento úkol vyslala. Mezitím si Cassandra myslí, že Coleův zásah do jejího času ji opravňuje v tom i nadále mu pomáhat.

Informace zavedou Colea na Haiti v roce 2014, kde hrozí, že by se mohl nechtěně zapojit do života Cassandry. Ta totiž tou dobou na Haiti pracuje na šířící se nákaze. Kdyby se na Haiti setkali, vznikl by paradox.

Tentokrát se odehrává boj v budoucnosti. Nebezpečná skupina záškodníků, do které dříve patřil i Cole a Ramse, se chystá přepadnout budovu, ve které se celá operace skrývá. Vůdce skupiny Deacon již dlouho touží Colea a Ramse chytit. Cole se díky náhodě vrátí do minulosti jen o pár dní a má možnost celé akce zabránit.

Cole a Cassandra konečně zjistí přesnou lokaci Nočního pokoje - místa, kde má být ukrytý virus. Jenže nejsou jediní, na místo dorazí i armáda 12 opic a přivedou si s sebou Jennifer, která jim má pomoci s prolomením ochrany.

Cole po návratu do svého času zjistí, že je všechno jinak. Něco se změnilo a dojde mu, že Cassandra byla zabita a to změnilo tok času. Musí se ten vrátit a před zabitím ji zachránit. Kvůli záchraně se bude muset spojit s jejím ex-snoubencem Aaronem.

Jádro, které pohání stroj času se vyčerpává. Aby dostala Colea zpět, musí Jonesová přesvědčit svého bývalého kolegu, že její mise stojí za záchranu. Jenže to rozhodně nebude mít jednoduché.

Cole se ocitá v roce 2017 a vidí na vlastní oči následky vypuštění viru. Mezitím Jonesová čelí jediné možné cestě jak získat nové jádro do stroje času.

Ramse se rozhodne vzít věci do svých rukou a chce ochránit svou rodinu a zabránit tím Jonesové, aby pokračovala ve svém projektu. Mezitím se Cole snaží vypořádat s následky a za pomoci Cassandry hledá tvůrce viru.

Cole se přenese do Tokia v roce 1987 a má před sebou poslední šanci zastavit Armádu 12 opic...

Cole začíná umírat na následky cestování časem, a Cassandra musí vyhledat jediného člověka který ho může zachránit...

V posledním díle první série se Cole a Cassandra musí postavit konfrontaci se svými nejbližšími přáteli a protivníky a Jonesová stojí před novou hrozbou, která se u ní objevila.