Le Grand Rite est accompli, Salem est dévastée par la variole sans que personne n'en comprenne la cause. Mary qui a retrouvé son fils commence à nouer des liens parentaux. Cependant, la disparition de John la tourmente, elle décide donc de rendre visite à Petrus afin de connaître la triste vérité. John, de son côté, est soigné par les Indiens qui lui demandent de quitter ces terres où seule la Mort l'attend. Mais il refuse, souhaitant purger Salem de toutes les sorcières. Il se voit donc offrir des armes par le chef de la tribu qui le met en garde. L'utilisation prolongée de ces "armes-esprits" l'éloignera des monde des Vivants.

En réponse à la déclaration de guerre de Mercy, Mary, entourée de quelques hommes de Salem se rend aux Fosses pour obtenir vengeance. John, remis de ses blessures, décide de purger Salem de toutes les sorcières. Le Chaman l'avertit du grand péril qui l'attend et lui propose de renoncer et d'accompagner la Tribu vers des terres plus éloignées. John s'obstine et se voit offrir par les Indiens des armes et potions qui lui permettront d'approcher les sorcières sans être vu pour les tuer.

La Comtesse met en place un plan qui lui permettra d'obtenir davantage d'informations sur Mary Sibley. Pour ce faire elle attire une petite fille dans un puits et l’ensorcelle afin que celle-ci contamine les réserves d'eau des Sibley.

Mary ignore les mises en garde de Tituba et donne des cours à Anne Hale, Mercy prépare sa vengeance contre Mary et Cotton rencontre le Dr Wainwright à son retour à Salem.

Mary affronte enfin son ennemie jurée, la Comtesse Marburg, pendant que Hathorne menace Anne et essaie d'arracher le contrôle de Salem à Mary.

La Comtesse Marburg arrive à Salem avec son fils, Sebastian. Alden est envahi par les émotions, Anne profite de ses pouvoirs et Cotton fait une confession.

Alors que Mary et la Comtesse Marburg continuent à lutter pour le pouvoir, Cotton fait une proposition et le Dr Wainwright se rapproche de la vérité sur le fléau.

Mary fait un sacrifice pour protéger son fils de la Comtesse Marburg, les plans de Tituba tournent mal, Anne continue ses études obscures et une querelle brutale éclate.

La Comtesse Marburg attend la comète qui concrétisera son triomphe, mais Mary met des obstacles sur sa route. Anne prend une décision fatidique et Cotton risque la mort.

Alors que Sebastian ne sait plus à qui se fier, Mary est dénoncée en public, et Cotton et Alden unissent leurs forces pour ébranler la Comtesse Marburg.

La vie d'Alden est menacée alors que le Messager des étoiles approche. Anne apprend une nouvelle choquante et Isaac se retrouve dans une situation délicate.

Alors que la Comtesse semble triompher, Mary prépare un dernier acte de défiance, Anne savoure son propre pouvoir et Mercy est menacée par un avenir incertain.