In Salem wütet seit Kurzem die Pest. Mary, die so viel Zeit wie möglich mit ihrem Sohn verbringen will, lernt in der Stadt den Arzt Dr. Samuel Wainwright kennen, der die Krankheit mit wissenschaftlichen Methoden bekämpfen will. In Boston muss sich Cotton Mather indes für sein Versagen in Salem verantworten, während Mary von John Aldens Schicksal erfährt – oder es zumindest glaubt.

Nach Mercys brutalem Vorgehen versucht Mary, die Bürger auf ihre Seite zu ziehen und sie gleichzeitig vor ihrem ehemaligen Schützling zu warnen. Während Dr. Wainwright nach Möglichkeiten sucht, die immer stärker um sich greifende Pest zu bekämpfen, hat der Stadtrat bei Wainwrights Methoden große Bedenken. Anne Hale begibt sich indes auf eine unvorhergesehene Reise.

Die Stadt Salem kämpft weiterhin mit der Pest und die Angst unter den Bewohnern wächst. Als sich einer von Marys Gegnern in eine Machtposition bringen will, versucht Mary alles, um genau das zu verhindern. John ist indes nach Salem zurückgekehrt und führt sich nochmals die Herkulesaufgabe vor Augen, die vor ihm liegt, während Mary und Tituba überraschend eine beunruhigende Entdeckung machen.

Mary will nach dem jüngsten Angriff endlich in Erfahrung bringen, wer hinter allem stecken könnte. Ungeachtet Titubas Warnungen beginnt sie zudem damit, Anne Hale die Hexerei näherzubringen. Als Cotton bei seiner Rückkehr nach Salem Dr. Wainwright kennenlernt, verstehen die beiden Männer sich nicht auf Anhieb. Dennoch erkennen sie, dass sie vom jeweils anderen profitieren könnten.

Als die Gräfin Marburg in Salem ankommt, hat sie für Mary einen Ratschlag im Gepäck. Während sich Anne wegen ihrer jüngsten Taten gleichwohl schuldig als auch froh fühlt, legt sich Mather mit einem weiteren Anführer Salems an. John Alden geht weiterhin seiner Aufgabe nach und will schließlich an einem altbekannten Ort ein wenig Erholung finden – mit unerwarteten Folgen.

Mary (Janet Montgomery) und Countess Marburg (Lucy Lawless) halten nach außen ein heiles Bild aufrecht, während sie hinter verschlossenen Türen weiter ihre Schlacht um Salem schlagen.

Mary verfolgt weiterhin ihren Plan, die Gräfin auszustechen und bringt mehr über die Hexe in Erfahrung. Nach wie vor fehlt ihr aber noch eine zündende Idee, wie sie ihre neue Feindin am besten ausschalten könnte. Zudem versucht Mary, die Beziehung zu ihrem Sohn zu verbessern und entdeckt gemeinsam mit Tituba, dass der Junge furchterregende Gedanken und Vorlieben hegt.

Der Komet nähert sich weiter der Erde und kündigt damit den Höhepunkt des Vorhabens der Hexen an. Während die Gräfin jemanden kennenlernt, der eine zentrale Rolle in ihrem Plan spielt, kommen sich Mary und Wainwright langsam näher. Gerade als das Paar seinen nächsten Schachzug plant, ist Mary von den jüngsten Ereignissen so enttäuscht, dass sie die Sache jedoch wieder selbst in die Hand nimmt.

Während die Gräfin Marburg alles für die baldige Ankunft des Kometen und ihres Geliebten vorbereitet, versucht Mary weiterhin fieberhaft, den Plan der Hexen zu vereiteln. Anne Hale erhält entsetzliche Neuigkeiten und muss eine Entscheidung treffen, die weitreichende Konsequenzen für die Zukunft aller in Salem haben könnte. Cotton Mather sieht indes seinem unmittelbaren Niedergang entgegen.

Während die Gräfin und ihr Sohn gegen zwei von John Aldens wertvollsten Verbündeten vorgehen, leidet Mary unter dem Joch der puritanischen Unterdrücker. Anne Hale begreift, dass das Schicksal vieler Bewohner Salems von ihren neu entdeckten, aber mächtigen Hexenkräften abhängen. Indes fahren John und Cotton mit ihrer bedeutenden Mission fort und sammeln Stärke für das, was vor ihnen liegt.

Während der Komet weiter auf die Erde zurast, kämpft John Alden ums nackte Überleben. Anne Hale versucht indes, jemanden zu beschützen, dessen Leben oder Tod große Konsequenzen für die Hexen sowie die Normalsterblichen haben könnte. Und Mary, die von den jüngsten Ereignissen stark gezeichnet ist, findet sich in einer ihr unbekannten Situation wieder, die sie zu einem riskanten Verhalten verleitet.

Die Gräfin Marburg feiert bereits die Vollendung ihrer Pläne und hat keine Ahnung, dass das Objekt ihrer Begierde selbst Wünsche hegt, die im direkten Gegensatz zu ihren eigenen Vorstellungen stehen. Von den jüngsten Ereignissen stark angeschlagen, versucht Mary, die Gräfin aufzuhalten. Anne muss derweil die Konsequenzen ihres Handelns tragen, was sie auf einen noch dunkleren Weg führt.