Salem im ausgehenden 17. Jahrhundert: Kurz bevor John in den Krieg zieht, schwängert er unwissentlich seine große Liebe Mary. Als diese von der ungewollten Schwangerschaft erfährt, ist John längst verschwunden und so treibt sie das Kind ab – in einem Klima ständiger Angst und umgeben von strenggläubigen Puritanern. Anschließend versucht sie, sich einen Platz in der Gesellschaft Salems zu erobern.

Die Hexen von Salem müssen zusehen, wie erneut eine Unschuldige öffentlich bezichtigt wird, eine Hexe zu sein und zum Tode verurteilt wird. Nachdem Hale erfahren hat, dass Isaac den geheimen Hexenritus im Wald beobachtet hat, kommt die Frage auf, ob nicht Isaac ihr nächstes Opfer werden könnte. Mary stellt sich vehement gegen diesen Vorschlag, da sie ihn von früher kennt und schätzt.

Obwohl es in Salem streng verboten ist, einen Exorzismus durchzuführen, versucht sich Reverend Lewis an diesem katholischen Ritual. Er möchte unbedingt seine Tochter von der Hexerei befreien, von der sie besessen scheint. Mary erfährt, dass sie Gefahr läuft, die Rolle als Anführerin der Hexen zu verlieren. Da ihr auch innerhalb der Stadt Ungemach droht, greift sie zu drastischen Mitteln.

Die beiden Hexen Hale und Rose erhalten eine Aufgabe und werden gleichzeitig gewarnt, dass John und Mary eine Gefahr darstellen. Ihr Vorhaben ist so gewagt, dass die beiden sogar die Hilfe einer weiteren Person in Anspruch nehmen müssen. John kann indes einen genaueren Blick auf die Schachtel und deren Inhalt werfen und ist überrascht, als er erfährt, um was es sich dabei handelt.

John und Cotton konnten Rose gefangen nehmen und erfahren, dass in der kommenden Nacht die Planeten nach vielen Jahren in einer besonderen Konstellation stehen. Angeblich führt die Ausrichtung der Himmelskörper dazu, dass Hexen an einem bestimmten Ort keine Lüge erzählen können. Mit diesem Wissen ausgestattet, wollen die beiden endlich mehr über die Absichten der anderen Hexen erfahren.

Während Mary versucht, die Führung des Hexenzirkels erneut an sich zu reißen, möchte Tituba das mächtige, magische Artefakt wiederbekommen, dass John Alden an einem unbekannten Ort versteckt hat. Zögerlich wagt sie es, sehr gefährliche und dunkle Magie anzuwenden, um Mary in die Träume ihres ehemaligen Liebhabers zu entsenden – eine Reise, die zu unbeabsichtigten Problemen führt.

Nachdem Cottons Vater Increase Mather überraschend in Salem aufgetaucht ist, macht sich der berüchtigte Hexenjäger unverzüglich an die Arbeit und kann rasch ein Mitglied des Hexenzirkels aufdecken. Die anderen Hexen fürchten, dass bei der anschließenden Befragung auch ihr eigener Name fallen könnte und tun alles, um das zu verhindern. Mary macht sich Sorgen, ob Increase etwas an George bemerkt.

George Sibley, der nicht länger unter Marys Bann steht, soll sich unter Increase Mathers wachsamen Augen erholen. Während der Inquisitor erfahren will, wer den ehemaligen Bürgermeister verhext hat, setzt Mary alles daran, genau dies zu verhindern. Tituba und Mercy buhlen um Marys Gunst. Beim Versuch, diese zu erlangen, setzt eine der beiden eine schreckliche Kettenreaktion in Gang.

Cottons Vater verwandelt das kürzlich geschlossene Bordell der Stadt in seine eigene brutale Folterkammer, in der er Geständnisse aus den vermeintlichen Hexen herauspressen möchte. Trotz der Proteste seines Sohns Cotton sowie Marys beginnt er damit, Tituba zu befragen, um von ihr mehr über den Hexenzirkel zu erfahren. Anne findet indes etwas über ihren Vater heraus, das sie bereits geahnt hat.

John Alden ist der Hexerei bezichtigt und ins Gefängnis von Salem gesperrt worden. Umgehend will Mary ihren politischen Einfluss geltend machen, um John einen Hexenprozess zu ersparen, bei dem er nur verlieren kann. Bei dem Versuch, die Anschuldigungen gegen John unter den Teppich zu kehren, muss sie feststellen, dass sie es erneut mit dem unnachgiebigen Increase Mather zu tun bekommt.

Salems Hexen beobachten aus dem Schatten, wie der Großinquisitor Increase Mather ihnen unwissentlich zum nötigen Blutopfer für ihr Ritual verhilft. Dessen Sohn Cotton will indes einen Beweis für Johns Unschuld finden, macht dabei aber alles nur noch schlimmer. Als der Hexenprozess gegen Alden nicht mehr aufhaltbar scheint, erfährt Mary überraschend Hilfe von unerwarteter Seite.

John Alden erfährt Marys großes Geheimnis: Sie ist eine Hexe. Nachdem er den ersten Schock überwunden hat, stellt er klar, dass dies keinesfalls etwas an seinen Gefühlen für sie ändert und überzeugt sie davon, gemeinsam mit ihm Salem zu verlassen. Der Großinquisitor gesteht seinem Sohn indes, dass er stets wusste, dass Alden kein Hexer ist und dies nur Teil eines größer angelegten Plans war.