Ein Terroranschlag hat in Odessa, Texas, viele Menschenleben gefordert und die Stadt ins Chaos gestürzt. Weil sie beschuldigt werden, für die Katastrophe verantwortlich zu sein, werden Menschen, die über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügen, geächtet und gejagt. Auch das Ehepaar Luke und Joanne Collins sind hinter ihnen her, um den tragischen Tod ihres Sohnes zu rächen. Noah Bennet versucht, sein altes Leben hinter sich zu lassen, bis Quentin Frady ihm die Wahrheit über die Odessa-Verschwörung erzählt.

Während sich die alten Helden in Odessa verstecken müssen, weil man ihnen die Schuld an der Katastrophe gibt, entdecken andernorts Menschen, wie die Teenager Tommy und Malina oder der Exsoldat Carlos, dass sie plötzlich über besondere Fähigkeiten verfügen. Das Schicksal führt sie mit einigen der alten Helden zusammen und sie erkennen, dass es ihre Bestimmung ist, gemeinsam die Welt und mit ihr die Menschheit zu retten.

Während die Renautas-Konzernchefin Erica zeigt, wie weit sie in ihrem Bemühen, die Welt vor EVOS zu schützen, gehen würde, genießt Tommy seine enorm gestiegene Beliebtheit an der Schule und erzählt Emily von seinen neuen Fähigkeiten. Noah und Quentin sind derweil immer noch dabei, die Wahrheit über den Odessa-Anschlag herauszufinden. Malina hingegen scheint von einer unsichtbaren Macht geleitet zu werden.

Tommys Mutter braucht nach ihrem Unfall dringend eine Bluttransfusion, und es sieht aus, als müsse ihr Sohn dafür sorgen, dass sie die auch bekommt. Noah und Quentin suchen noch immer nach Antworten auf ihre Fragen und hoffen, diese von Ericas Tochter zu erhalten. Derweil trifft Molly eine folgenschwere Entscheidung, während Luke und Joanne Probleme in ihrer Beziehung lösen müssen.

Noah und Quentin nehmen sich Renautas vor, während Malina auf ihrer Reise der Wahrheit immer näher kommt. Derweil versucht Miko in Japan ihr Schwert zurückzubekommen und bringt sich damit in Schwierigkeiten. Luke kehrt nach Hause zurück und stellt sich seiner Vergangenheit. Unterdessen sind die Behörden Tommy immer dichter auf den Fersen. In Los Angeles sieht es so aus, als hätte Carlos ganz unerwartet einen Verbündeten gefunden

Nachdem Tommy eine alarmierende Entdeckung gemacht hat, bricht er mit Emily zu einer Reise auf. Luke hingegen muss damit fertigwerden, dass er zu jemand geworden ist, den er selbst früher gejagt hätte. Miko versucht, ihren Vater zu retten, aber Erica will das unbedingt verhindern. Carlos findet heraus, was es mit EVOS wirklich auf sich hat, während Noah endlich versucht, seine dringend benötigten Antworten zu bekommen.

Auf der Suche nach Antworten schließt sich Noah Bennet mit Hiro Nakamura zusammen, um zum Tag der tragischen Ereignisse zurückzukehren, die alles in Bewegung setzten. Kurz bevor er eine Rede anlässlich des Ereignisses halten will, erhält Mohinder Suresh eine verzweifelte Nachricht von Angela Petrelli über die wahren Motive von Erica Kravid. In Japan unternimmt Hachiro Otomo einen kalkulierten Schachzug gegen Hiro. Der nun viel glücklichere Luke kommt indes mit Joanne in Odessa an, wo sie ein Heilmittel für die Krankheit ihres Sohnes suchen.

Erica ist kurz davor, ihren teuflischen Plan in die Tat umzusetzen. An anderer Stelle kommt es für Noah zu einem völlig unerwarteten Zusammentreffen mit Matt Parkman. Währenddessen werden Angela und Hiro mit einer Aufgabe betraut, die von existenzieller Bedeutung für die ganze Menschheit sein könnte. In Odessa erkennen Joanne und Luke derweil, was nach dem tragischen Verlust ihres Sohnes ihre Aufgabe sein wird.

Noah ist auf der Suche nach Tommy, um ihm seine Vergangenheit zu offenbaren und ihn zu seinem Schicksal zu führen, eine Katastrophe aufzuhalten. Taylors Entdeckungen über ihre Mutter, Erica Kravid, sorgen dafür, dass sie von einer Untergrund-Gruppe gefangen genommen wird. Erica weitet ihre Suche nach Tommy und Malina aus, als sich ihre gefährlichen Pläne zuspitzen.

Emily wird derweil unerwartet mit Joanne wiedervereint. Außerdem hilft Dearing Carlos dabei, seinen entführten Neffen zu finden. Und Luke und Malina werden gewaltsam getrennt.

Die Schicksale von Noah und Luke kreuzen sich endlich, während Malina ihrer wahren Macht endlich freien Lauf lässt, um sie die Menschen zu retten, die ihr nahe stehen. Tommy muss unterdessen eventuell mit einem seiner Feinde gemeinsame Sache machen, um seinen Auftrag zu erfüllen. Carlos stellt sich derweil unter Auffsicht von Matt seiner Vergangenheit, und Ren muss es irgendwie fertigbringen, Miko aufzuspüren.

Carlos und Farah kämpfen auf Sunstone Manor gegen Matt, um dessen Gefangenen zu befreien. Matt muss derweil feststellen, dass er nicht auf Ericas Liste der Personen steht, die gerettet werden sollen. Allerdings erfährt er auch, dass Taylor schwanger ist, und glaubt, diese Information bei Erica als Druckmittel verwenden zu können. Gegen Ericas Plan kämpfen auch Tommy und Miko mit vereinten Kräften.

Als das Ende der Zivilisation gekommen zu sein scheint, hilft Tommy Erica bei der Durchführung ihres umstrittenen Rettungsplans. Luke hat zwar Phoebe verloren, Quentin vertraut ihm aber trotzdem. Also begleiten die beiden Malina, die zu Tommy zurück will. Matt verlässt sich nicht auf die anderen. Um seine eigene Familie zu retten, wird er erfinderisch und entwickelt einen eigenen Plan. Damit setzt er aber leichtfertig das Leben von Taylor aufs Spiel.

Während Tommy vor der größten Herausforderung seiner Existenz steht, geht Erica bis zum Äußersten, um ihrem Plan zum Erfolg zu verhelfen. Luke und Quentin helfen Malina dabei, die Prophezeiung ihres Urgroßvaters zu erfüllen, während Emily und Ren nach Miko suchen, und Carlos gezwungen ist, eine gute Gelegenheit zu nutzen, die sich ihm überraschend bietet.