テキサス州オデッサで能力者と人間の共存を目指す平和サミットが開かれる。しかし会場で大規模な爆発が発生、大勢の犠牲者を出す大惨事となる。最愛の娘クレアを失ったベネットは、能力者たちを巻き込んだ陰謀説をとなえるクエンティンと出逢い、不死身のはずのクレアがなぜあのテロ事件で死んでしまったのか、彼女の死の真相を明らかにしようと、独自に捜査を開始する。

ベネットはクエンティンと共にオデッサへ向かい、爆発のあったプリマテック社の跡地に潜入する。シカゴの高校生トミーはある出来事から同級生のエミリーに能力のことを知られてしまう。一方、東京のゲーム・クリエーターの娘ミコは、行方不明の父親が「エバーナウ」というビデオゲームの中にいることを知り……。

世界的大企業ルノータスのCEOエリカ･クラヴィッドは、革新的な新製品「エピック」を発表しようとしていた。それはある能力者の力を利用して、他の能力者たちの居場所を特定するというものだった。その頃、オデッサで病院に立ち寄ったベネットとクエンティンは、様々な事実を知ることになるのだった。

事故の後、母アンを病院にテレポートしたトミーは、唯一の家族である母を助けたい一心で輸血のため検査を受けるが、能力者であることが政府にばれ、逃げると母が助からないと脅される。一方、抜け落ちた記憶を埋めたいノアは、彼の過去を知る唯一の人物、モリー・ウォーカーを助け出そうとルノータスの研究室に侵入するのだが……。

ミコは父親の刀を奪還するべく、レンと共にルノータス本社へと向かっていた。その頃、強大な能力と使命を持つマリナは、ファラと共にルノータスの一味から逃げていた。追っ手に撃たれたファラは、マリナにある手紙を渡す。そしてトミーは、母親に嘘をつかれていたことを知りショックを受け、エミリーの部屋へ逃げるが……。

突然能力に目覚め、妻とも別れたルークは、生きる希望を失い自殺を図るが、それを目撃したマリナは力を使いルークを助ける。トミーを探すマリナは、ルークが彼を知っていることを知り、一筋の希望を抱く。一方、ゲームの世界で再び将軍と出会ったミコは、「不朽の砦」に閉じ込められている「時空の主」を救えと言われ……。

1年前の2014年6月13日の平和サミット会場へ戻ったベネットとヒロは、地下に仕掛けられているはずの爆弾を捜す。だがクレアが病院へ搬送されたと聞き、ベネットはヒロに後を任せてアンジェラと病院へ向かう。一方、2014年のベネットは、エリカが無断で会場の警備計画を変えたことに抗議して拘束されてしまう。

2014年6月13日に戻ったベネットは、テレビでスレシュに罪を着せるエリカを見て、“過去を変えるな”というヒロに忠告されたにも関わらず、エリカを射殺しようとする。だがそこに2014年のベネットが止めに入ったため、弾はエリカの脚に命中。そのせいで未来に変化が生じてしまう。

病院にいる母アンを訪れたトミー。そこにベネットが現れて、トミーの背負うべき運命と出生にまつわる秘密を明かすのであった。一方、エミリーが働くアイスクリーム店にはジョアンが現れ、エミリーとそこに居合わせたキャスパーを狙うのだが……。

マリナとルークはトミーがエリカの味方になって未来にいると聞き、トミーのいるオデッサへ向かう。一方、トミーはミコの話から、彼女が「ナインス・ワンダー」に出ている刀ガールと気づく。「ナインス・ワンダー」を見たミコは、「サンストーン荘園」が最後のミッションの場所だと考え、トミーにそこへ送ってもらい……。

地球の危機が迫る中、トミーはエミリーの心配をよそに未来に人々を転送していたが、エリカが選ばれた人間しか送る気がないことを知ってしまう。一方、マリナは避難所となったクレアの母校、ユニオン・ウェルズ高校で能力を見せてテレビの取材を受けることでトミーにメッセージを送ることを思いつく。

トミーがエバーナウの中だと気づいたレンは、ミコと共にトミーを救うためエバーナウの中へ。一方、エバーナウの中のトミーは、そこでもう一人の自分に会って記憶を取り戻し、自分が2つの場所に存在できることを知る。そして、マリナたちがゲートウェイに着く頃、太陽フレアの第1波が地球へ近づいていた……。