Martin Odum beépített ügynök visszatér az FBI-hoz, miután sikeresen beszivárgott egy belföldi terroristaszervezet, a Virginiai Polgári Hadsereg soraiba. Megpróbálja felvenni a kapcsolatot feleségével és fiával, rendbe hozni életét és hátrahagyni legutóbbi identitását, de amikor a terroristák újabb támadást jelentenek be, Martin kénytelen visszatérni közéjük, hogy megakadályozza a tragédiát. Egy rejtélyes idegen is felbukkan, aki azt állítja, hogy Martin egész élete csak egy álca, és minden, amit igaznak hitt, valójában hazugság.

Martin felveszi Dante Auerbach, egy nemzetközi fegyverkereskedő személyazonosságát, akit a "Háború Ura"-ként ismernek, hogy az eladott VX gáz nyomára akadjon, és megmentse az elrabolt vegyészt, Richard Hubbardot. Felveszi a kapcsolatot a gyönyörű fegyvercsempésszel, Ana Paulanosszal, aki az "Ezredes" nevű rejtélyes csecsen maffiózó jobb keze. Martin viszonyba kezd a nővel, és közben beférkőzik az Ezredes bizalmába. De vajon megbízik-e benne annyira a bűnöző, hogy eladja neki az összes VX gázt.

A DCO elfogja az Ezredest és Ana Paulanost, amikor eladnak Martinnak egy aktatáskányi hamis VX gázt. Az akcióra válaszolva az Ezredes emberei valódi ideggázt engednek szabadon egy zsúfolt buszon, és azzal fenyegetőznek, hogy újabb támadások következnek, ha nem engedik szabadon a két fogvatartottat. Utolsó mentsvárként Martin megszökteti az Ezredest, és Ana segítségével ráveszi, hogy vezesse el őt a VX-hez. Vajon Ana kész elárulni az Ezredest Martin kedvéért, hogy időben megtalálhassák az ideggázt, mielőtt még több civil hal meg?

Martint eltávra küldik, miután összetűzésbe kerül az Ezredessel. Kutatni kezd saját múltjában, hogy utánajárjon a rejtélyes idegen állításának, aki szerint "Martin Odum" maga is csak egy fedősztori. A nem hivatalos nyomozás egy Kyle Dobson nevű houstoni csempészig vezet, aki talán választ adhat a kérdéseire. Martin egy déli bűnöző, Len Barlow személyazonosságát ölti magára, hogy beférkőzzön a csempészek közé, és eljusson Dobsonhoz.

Martin őrizetbe veszi Kyle Dobsont, miután lövöldözésbe keveredik a csempészekkel. Ám amikor Dobson megsebesül, Martin kénytelen kórházba vinni a forrását. A férfi rejtélyes munkaadói, a Verax Corporation egy csapat profi bérgyilkost küldenek Dobson elfogására, így Martin kénytelen a fogollyal Los Angeles felé menekülni, és megkezdődik a hajsza.

A houstoni események után Martin visszatér a DCO-hoz, és egy teljesen új ügyet kap: valaki azzal fenyegetőzik, hogy megöli a szaúdi herceget Los Angeles-i látogatása alatt. A nyomok egy gyönyörű és karizmatikus nőjogi aktivistáig, Hani Jabrilig vezetnek. A nő igaz ügyért harcol, de vajon akár ölni is képes érte?

Martin továbbra is egy újságíró, Sebastian Egan álcáját viseli, hogy tisztázza Hani Jabrilt és megtalálja Abdullah herceg valódi merénylőit. A DCO kénytelen titkos nyomozást folytatni, és így végül Martin minden eddiginél veszélyesebb helyzetben találja magát.

Martin megszökik a szaúdi kihallgatásról, és megtudja, hogy Sonyát és Aident elrabolták. Miközben őket keresi, egyre több részletre derül fény a kapcsolatról a Verax, az Arcadia és a saját múltja között.

Martin kideríti, hogy a Verax feltehetően merényletet tervez egy rejtélyes, John Cameron nevű férfi vezetésével. Amikor Martint elrabolják a nyomozás közben megdöbbentő dolgokat tud meg saját személyazonosságáról. Az évadzáró során Martin és a DCO versenyt fut az idővel, hogy megtalálják Cameront, és leleplezzék tervét, amellyel az Egyesült Államok kormányába akar beszivárogni.