온라인 게임 '엘더테일' 세계에 시로에 일행을 비롯한 '모험자'들이 갇히게 된 지 1년이 지났다. 길드 '로그 호라이즌'의 멤버들이 지내는 마을 아키바는 자치 조직 '원탁회의'가 발족됨에 따라 안정을 되찾았다. 그곳에 귀족 영애 레이네시아가 부임하게 되는 등 게임 세계의 주민인 '대지인'과 모험자 간의 교류도 활성화되고 있었다. 그러던 어느 날, 레이네시아에게 그녀의 어머니인 사라리야가 돌연 찾아오게 되는데.

원탁회의의 일원인 대형 길드 어니스티의 리더 아인스가 웨스트랑데 신성 황국의 사이구 가문으로부터 아키바 공작 직위를 임명받는다. 예전부터 권위 있는 사이구 가문의 뒷배가 있어서 아키바 대지인의 대부분은 호의적으로 받아들인다. 한편, 사이구 가문의 당주, 토우리가 레이네시아에게 혼담을 넣는 일도 있어서, 시로에 무리는 웨스트랑데와 남쪽 무언가의 책략이지 않을까 경계한다.

사이구 가문으로부터 아키바 공작직을 임명받은 아인스는 시로에 무리 앞에서 원탁회의 탈퇴와 대지인이 낀 새로운 통치 조직 '아키바 통치부' 설립을 선언한다. 최대형 길드인 어니스티의 탈퇴로 대지인과의 관계를 중시하는 다른 대형 길드도 원탁회의에서 탈퇴하기 시작한다. 명확히 원탁회의에 반기를 든 건 아인스였지만, 그는 어느 날 밤, 아키바 폐역 정거장에서 시로에와 나오츠구를 은밀히 부른다.

시로에의 제안으로 신생 원탁회의와 아키바 통치부의 설립을 두고 선거를 하게 된 아키바 주민. 대지인도 원탁회의에 참여할 수 있다는 최대 특징으로 시로에는 레이네시아를 추대한다. 한편, 사이구 가문과의 혼약을 파기하고 앞으로의 계획을 허락받고자 마이하마로 떠난 레이네시아 공주. 그녀는 코웬가로부터 독립은 선언하고 아키바를 위해 돌아오지만, 투표를 앞두고 여론 조사에서 아인스에게 밀리고 만다.

아키바의 미래를 결정짓는 투표 날 토우리는 물론, 아인스와 레이네시아 모두 융합을 강조하며 아키바의 더 나은 미래를 위해 연설을 하게 된다. 한편, 시로에의 노력으로 트랜스포트 게이트가 재기동 되면서 밖의 사람들까지 몰려와 투표를 하게 된다. 이에 원로원을 의식하던 토우리는 더는 힘을 보태지 않기로 하고, 아인스 역시 몇 수를 내다보는 시로에의 계획에 투표 당일 기권을 하고 만다.

오오우 지방 깊은 산속에서 행방불명이 된 크러스티는 중원 서버로 날아가 버리게 된다. 그리고 낙랑랑기병의 길드 마스터인 쥬호완으로부터 구해져 랑군산 백도묘로 옮겨서 천계를 관리하는 정령들의 도움을 받고 있었다. 하지만 자신도 모르는 사이에 저주에 걸려버린 크러스티는 원인을 알기 위해 산에서 내려가게 되고, 그곳에서 엘리어스와 싸우게 된다.

숲에 쓰러져 있던 퐁코츠 자매를 발견한 미노리 일행은 배고픔에 굶주린 딱한 자매를 아키바로 데려온다. 하지만 민폐 캐릭터인 고래종으로 유명한 그녀들을 받아들일지 고민하던 시로에는 미노리를 봐서 그들을 친구로 맞이하게 되고, 퐁코츠 자매는 엘레이누스라고 하는 사악한 몬스터가 이곳 아키바를 향해 오고 있다고 경고한다. 이에 원탁회의는 전재일 가능성이 높은 엘레이누스를 경계하게 된다.

혹시 있을지 모르는 전재 엘레이누스의 공격에 대비하기 위해 경계를 강화하는 아키바. 한편, 미노리는 레이드에서 이기기 위해 필요한 지식과 물자를 시로에에게 설명받는다. 그러면서 함께 필요한 물품을 사기 위해 시장에 나가게 되고, 미노리는 좀 더 성장하여 시로에에게 도움이 되고자 열심히 노력한다. 하지만 다음 날, 아키바는 갑작스러운 공격을 받게 되고 어른들은 레벨이 낮춰진 채 어딘가로 사라지게 된다.

실망의 전재 엘레이누스의 공격으로 인해 아키바는 혼란에 빠지게 되고, 상급 레벨의 모험자들은 모두 35레벨로 강제 격하된다. 그리고 연소조의 인솔 당번으로서 시범 시스템으로 미리 레벨을 낮췄던 아카츠키는 미노리 일행과 합류하게 되고 한편, 시로에는 레이드에 필요한 정보를 모아둔 책자를 미노리 일행에게 전해줄 것을 퐁코츠 자매에게 부탁한다. 그렇게 해서 아키바의 운명이 젊은 모험자들에게 달리게 된다.

이젠 누구의 도움 없이 스스로 나아가지 않으면 안 된다는 것을 알게 된 미노리 일행. 미노리는 전재와 싸워 이기기 위해 그동안 시로에의 가르침을 되새기며 편성을 짜고 레이드의 지휘를 맡는다. 마침내 전재 엘레이누스와 대적하게 된 미노리 일행, 하지만 엘레이누스로부터 숭경의 대상이 깨부숴지는 공격을 당하게 되면서 미노리 일행은 실의에 빠져버리게 된다.

엘레이누스의 숭경의 대상을 흔드는 공격에 모두 실망에 빠져있을 때, 아카츠키는 그것은 숭경의 대상이 아닌 동료고 친구라고 말한다. 그리고 퐁코츠 자매로부터 길드 마스터들의 초심자 시절을 보게 된 미노리 일행은 용기를 내어 자신들도 할 수 있다고 믿게 된다. 그렇게 해서 레이드에서 이긴 낮은 레벨의 모험자들은 한 단계 더 성장하게 되고 시로에는 새로운 모험을 떠날 준비를 한다.