時序邁入 2096 年 4 月，升上二年級的達也以及美月，轉入了新設立的魔法工學科，幹比古則從二科生轉為一科生。期望今年平順地度過學生生活的達也，卻遇上了一年級的新生香澄與泉美，以及新生總代表七寶琢磨…。

第一高中進入社團招生週，招生過程風平浪靜，風紀委員會的香澄卻和社團聯盟執行部的琢磨產生摩擦。另一方面，反魔法師的輿論逐漸高漲，幕後似乎有著七草家的影子…。

為了對抗在野黨神田議員的作秀行動，達也決定挑戰加重系魔法三大難題之一，在第一高中公開進行熱核融合魔法反應爐的實驗。真夜收到實驗成功的消息，也回想起當時橫濱事變結束之後，和達也進行的那段對話。

恆星爐實驗成功，參與實驗的學生備受讚賞，琢磨卻以為七草家藉此打響名號，和香澄吵到差點以魔法對打。為了解決這場紛爭，學生會決定讓七寶琢磨和七草雙胞胎進行魔法比試。

九校戰將近，第一高中也磨拳擦掌以連霸為目標，營運委員會卻宣布更換三項競賽項目，其中包括軍事色彩強烈的「越野障礙賽跑」。九島家前任當家「宗師」九島烈這麼指使的用意，是要進行「寄生人偶」的實戰測試。

達也收到九校戰相關的內部文件，得知九島家要在越野障礙賽跑進行「P 兵器」的實驗，因而前往奈良的前第九研進行調查。另一方面，掌握情報的四葉家，也聯絡 101 旅的佐伯旅長要求協助。

越野障礙賽跑比賽當天，達也預先來到賽場要除掉所有寄生人偶。藉由八雲先前的指點，達也順利逐一封印人偶內部的寄生物，在最後對上最強的四具個體「Prime Four」。

第一高中新年度的學生會，由深雪擔任會長正式開始運作，校內也開始準備今年的論文競賽。某天，文彌與亞夜子來到達也家轉交真夜的信，內容是委託達也協助逮捕周公瑾。

達也與深雪前往九島宅邸，認識了九島烈的孫子九島光宣，由光宣帶領前往奈良各地尋找線索。另一方面，幹比古發現美月被可疑的古式魔法師盯上，所以想要找達也問出事件的真相。

真由美得知自己的護衛名倉遇害，覺得事情並不單純，請達也協助查明真凶。達也和幹比古等人再度來到京都，分頭尋找傳統派的據點，不意外地遭受傳統派魔法師的攻擊。

達也等人繼續在京都搜索，在清水寺附近獲得可靠的情報，可惜光宣身體突然惡化無法繼續參與。另一方面，真由美也來到京都和達也前往警局，想從名倉的遺物找出蛛絲馬跡。

黑羽姊弟提供情報，達也終於得知周公瑾躲在國防軍的基地。為求謹慎，達也向藤林確認情報屬實，並且找將輝合作，光宣也自行協助圍捕，務必將周公瑾繩之以法。