公元2095年，国立魔法大学附属第一高中对比鲜明的兄妹入学了。完成主席入学的司波深雪作为成绩优秀的一科生『优等生』。抱有的缺陷的哥哥司波达也作为二科生，『劣等生』。

围绕着深雪的对立，虽然由于达也的机智没有造成什么大事，却让一科生和二科生之间歧视意识浮现出来。

第二天，被学生会长七草真由美要求深雪加入学生会，深雪提出了只有在入学考试中取得第一名的达也才适合。

达也在模拟决斗中快速击败了学生会副会长服部刑部，大家都感到惊讶。达也开始作为纪律委员会的一部分工作。同时，美雪开始对她的哥哥表现出更多的喜怒哀乐。

在部员劝诱演武的场合，剑道部的壬生纱耶香和剑术部的桐原武明发生冲突。虽然王牌之间的争斗发展到两部的乱斗，但是达也没有受伤就结束了骚动。

纱耶香在一家咖啡馆与达也会面。她感谢他平息了她和桐原武明之间的冲突。她请求达也加入剑道部，但达也怀疑她有别有用心...

为了改善二科生的待遇，以“废除校内歧视"为目标的志愿同盟占据了广播室。他们要求废除歧视，但是由于达也和社团活动联盟的会长十文字克人而占据失败。

真由美对此提议公开讨论。第二天，举行了约定的讨论会，对呼吁克服歧视意识的主张，学生们都鼓掌。然而，暗中操纵同盟的“Blanche”却发动了了奇袭……

达也和其他人追捕入侵者。他们被告知入侵者在图书馆中，沙耶香和他们在一起。他们将能够阻止他们并找出正在发生的事情吗？

纱耶香被催眠术篡改了过去的记忆，被用于Blanche的间谍活动。达也为了驱除所有损害自己和深雪日常生活的东西，打算摧毁Blanche。听说达也要前往敌人的巢穴，深雪，十文字等人和因纱耶香的事愤怒的桐原同行。在达也的指挥下，大家进入了基地。在那里武装了的Blanche的成员和那个领导人·司一等候着。

作为工程师正式加入了九校战成员的达也。九校战出发式结束后，正式开始准备之后，与深雪和光井穗香、北山雫等担当的选手们一起，开始了CAD的调整和训练。面向九校战校内变得慌张中，达也的同级生·柴田美月，在人气没有的放学后的校舍发现不自然的灵子放射光。在意的美月，脚朝向发生源的实验栋迈去。

载着学生去第九学校比赛的公共汽车遭到未知部队的攻击。达也怀疑这是内部人员的操作。在比赛开始前的宴会上，学生们会见了魔术协会主席。

九校比赛最终开始，所有人的目光都集中在第一高中。达也得知前一天晚上的入侵者是无头龙。比赛会继续进行吗？

在大会第三天，进入了战斗板半决赛的，在女子战役中，渡边摩利出事了，被带到了基地医院，达也用魔法帮助她康复。尽管如此，她仍必须从比赛中退出。达也怀疑事故根本不是意外！

得益于达也的工程技术，第一中学的选手在讲台上完成了比赛。 第三中学的学生知道第一中学的成功归功于达也的技能。 他们将如何击败第一中学？

达也会见了一条将辉和吉祥寺真红郎，已经知道他们的背景，这让他们感到惊讶。 九校比赛中发生了另一起事故。 第一高中认为这是另一种破坏活动。

一高对四高新人战单里斯科尔全高选手负了重伤。运营委员会判定四高违反了恶劣的规则，将剩下的比赛推迟到第二天。被指定为替代真由美的选手的达也，将莱奥和干比古加入队员，一晚尽可能的做好准备。第二天，在障碍物多的森林舞台上，一对二高中的比赛拉开了帷幕。观战达也战斗样子的吉祥寺，惊愕发现了达也陆续放出的魔法。

战胜了单簧管的达也们，与一条带领的三高激战。莱奥和干比古，使用达也为了对抗吉祥寺而设计的设备进行善战，与强校对手展开激烈的战斗。另一方面，达也用术式解体一边打落一条接连发射出的压缩空气弹一边前进。体术也驱使到(连)以后一点点的距离逼近。焦急的一条，连发射出了超过规定威力的压缩空气弹。

镜子·球棒本战第一比赛，是挂上(放上)一高的综合优胜的重要的比赛。然而，一高选手小早川却从高处坠落而退场。从美月警惕地观看比赛这件事情来看，达也推测出了事故的发生，但运营委员会判断这是事故。九校战没有中断，深雪的比赛时间迫近。负责工程师达也，为了接受选手用的CAD的检查，去了大会委员的帐篷……。

九校战第九天，主赛的第一场比赛是取得了一高整体胜利的重要比赛。 但是，一高选手小早川却从高处坠落而退场。 从美月警惕地观看比赛这件事情来看，达也推测出了事故的发生是人为，但运营委员会判断这是意外事故。 九校战没有中断，深雪的比赛时间迫近。负责工程师达也前往锦标赛委员会的帐篷检查选手的CAD。

由于深雪用赢得比赛，不等最后一天一高综合优胜得到确定。真由美一面提前祝贺胜利，另一方面达也向横滨市内走去。目的地是引起一连串事件的国际犯罪集团“无头龙”的基地。使用在日常生活中决不会暴露在外面的能力，消除了对深雪造成危害的干部们。然后迎来了九校战的最后一天，最后的项目——单里斯·代码决赛召开。

继他在九所学校比赛中的成就之后，他被邀请参加另一个重要的活动，即“魔法论文比赛”，他的团队在截止日期前只剩下几天的时间来制作适用的材料。在家里，大冢和宫崎遇到了他们的继母，他们在大冢的帮助下复制了一个难以捉摸的遗迹，可以永远改变魔法的历史，但新的敌人出现了，打算偷走它。

在第二学期，三年级学生从委员会和俱乐部活动中退休。 学生会将开始在深雪的领导下运行。同时，达也也加入了论文竞赛的代表成员。 起初，达也试图有所忽视，但他了解到铃音的论文的主题是“一个神奇的重力控制热核聚变反应器”时，参加了会议。 此外，他还对后妈小百合的圣物进行了分析。 然而，大亚联盟的目标是这个圣物......

达也的家中遭到黑客入侵，在为论文收集材料的同时，他也召集了盟友，开始他自己的调查——谁在窃取他和他家人的秘密。

在准备论文竞赛时，沙耶香在实验机附近发现了一个可疑女孩，在艾莉卡和其他人的合作下抓获了女孩平河千秋（Chiaki Hirakawa）。当花音询问情况时，得知千秋动机是对达也的怨恨，她认为达也是令她姐姐失去自信不能参加论文比赛的原凶。

达也已将遗物带到FLT，随即该实验室被大亚洲联盟入侵。内部人员试图在机器人研究部门里检查达也的个人物品。该遗物会安全吗？

论文竞赛正在进行中，然而，在他们开始演讲之前，会议中心受到了攻击。每个人都为该活动的安全性感到担忧。

恐怖分子袭击论文竞赛后，学生们必须为生存而战。

横滨会议中心遭到袭击后，战斗仍在继续，学生们奋力将论文数据安全地运送到避难所，而部队则在街头奋战。

深雪透露了她哥哥为了使用他非凡的能力而必须付出的代价。同时，达也也使用了破坏性武器，所有的战斗都达到了高潮。