故事舞台设立在太阳系被称为奇居子的谜之生命体破坏殆尽后的1000年后，在维持人类繁殖和生产、于宇宙中飞行的播种船希德尼娅上生活的主人公谷风长道成为了巨大人型兵器“卫人”的操纵士训练生，作品讲述的便是主人公与同伴们一起同奇居子战斗的故事。

Alors que le Sidonia poursuit sa route à travers l'espace et continue son combat contre les Gauna, Norio Kunato réveille par hasard "l'âme" d'Ochiai, un scientifique autrefois banni par le Comité à cause de ses expériences. Dans le même temps, Nagate Tanikaze se découvre une nouvelle rivale qui lui rappelle étrangement Shizuka Hoshijiro : Tsugumi Shiraui.

対話不能の外宇宙生命体・奇居子(ガウナ)により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道(たにかぜながて)は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人(もりと)の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑(ほしじろしずか)を失ってしまう。そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾(べにすずめ)をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。

대화할 수 없는 외계 생명체 '가우나'에 의해 태양계가 파괴된 지 1000년 후의 세계. 인류의 번식과 생산을 유지하며 우주를 떠돌아다니는 파종선 시드니아의 최하층부에서 자란 소년 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음을 계기로 도시로 나와 인간형 거대 갑옷인 모리토의 조종사 훈련생으로 성장한다. 가상 훈련에서 쌓은 뛰어난 능력으로 시도니아를 덮친 수많은 위기를 구해내며 훈련생에서 정식 조종사가 된 나가테는 가우나와의 격전 중에 전우 호시시로 시즈카를 잃게 된다. 그리고 호시시로의 모리토 기체를 모방한 최강의 적인 ｢베니스즈메｣을 비롯한 가우나의 맹공격에 고전하면서도 소행성 충돌의 위기를 넘긴 시도니아는 가우나의 둥지를 없애기 위해 렘 항성계로 진로를 정하는데....

Kontynuacja Sidonia no Kishi przedstawiająca dalsze losy tytułowego statku kosmicznego, Sidonii oraz Tanikaze Nagate, jednego z pilotów mechów walczących z przerażającymi Gaunami.

Пришельцы Гауна — страшная угроза, нависшая над человечеством. Спасаясь от преследования ужасных врагов, люди отправились в космос на корабле «Сидония» в поисках нового дома. Рыцари-пилоты защищают корабль, но Нагатэ Таникадзэ, один из лучших пилотов, понимает, что пришельцы постепенно одерживают верх. Товарищи гибнут, а новое оружие быстро получает отпор. Если ничего не предпринять, враг победит. В отчаянной ситуации требуются отчаянные действия. Военные и учёные создают химеру на основе забытых знаний. Имя ей — Цумуги Сирауи. Существо с телом Гауна и личностью человека теперь помогает в битвах, но не все одобряют это решение. Так или иначе, на пути к новому дому землян стоит ещё много препятствий.

Велетенський корабель «Сідонія» блукає у космосі в пошуках нового дому для людства. Від монстрів під назвою ґауна корабель охороняють пілоти Хранителів, які зазнають великих втрат та повільно програють війну. Танікадзе Наґате, колишній курсант, тепер в числі найкращих пілотів «Сідонії».

Після того, як ледве вдалося уникнути зіткнення з астероїдом, керованим ґаунами, «Сідонія» бере курс на дев’яту планету системи Лем з метою знищити скупчення ґаун.