Suite à la perte de son père, mort en héros pour anéantir une attaque de Kill-T-Gang contre la Terre, Daichi se détache de sa vie quotidienne et vit ses journées à sa façon. Il décide de se rendre à nouveau sur l’île de Tanegashima où il a rencontré Teppei, un garçon aux pouvoirs mystérieux, dont il a été séparé durant son enfance. Or, il apprend que la Terre est à nouveau menacée… et qu’il lui est possible d’agir afin que le sacrifice de son père ne soit pas vain.

Daichi engage le combat contre Kill-T-Gang. La vérité derrière le Globe lui est révélée : cette organisation a pour but de protéger la Terre des envahisseurs extraterrestres, mais détient aussi Teppei et la fille qu’il a réveillée à Tanegashima, Hana.

Akari rejoint l’équipage du Globe sous la condition qu’elle, Daichi, Teppei et Hana aillent vivre avec Tsutomu. Pendant qu’ils apprennent à s’adapter à ce nouveau mode de vie, Kill-T-Gang lance une nouvelle offensive, alors qu’Earth Engine n’est pas encore réparé depuis la dernière bataille…

La véritable identité de Teppei sème le trouble au sein de l’équipe du Globe, mais pas dans l’esprit de Daichi, qui n’est pas perturbé par cette découverte. Or, ce n’est pas le problème le plus urgent auquel le Globe doit faire face : Amara et Moco arrivent sur terre, avec pour cible la base de Tanegashima.

Le donneur génétique de Teppei, Eiji Arashi, serait pris pour cible alors qu’il est toujours en hibernation dans le cadre du plan Kivotos. Tsutomu conçoit une mission secrète pour assurer sa protection avant qu’il ne soit capturé : pour cela, il envoie Teppei et Akari sur la base satellite Tenkaidô.

Suite aux événements sur le Tenkaidô, Akari se pose des questions sur le plan Kivotos. Teppei et Hana s’ouvrent respectivement à Akari et Daichi, et partagent leurs histoires, leurs connaissances de l’Engrenage Planétaire et des Kill-T-Gang, ainsi que leurs doutes. Du côté de Macbeth Entreprises, les motivations du directeur Kube deviennent plus claires, mais il n’est pas au courant de ce qui se trame réellement…

L’équipage de Tanegashima découvre qu’Amara et Moco sont liés aux activités de Macbeth Enterprises. Les deux Kill-T-Gang repartent à l’assaut en quête d’orgone, plongeant Teppei dans le doute : malgré sa peur de changer, sa transformation en Kill-T-Gang est nécessaire pour protéger la Terre.

En accord avec les prédictions de Pitz, les Chevaliers de l’Été se dirigent à Odaiba pour leur première mission, où doit se produire une importante décharge de libido. Daichi et les autres ont pour but de retrouver les autres enfants artificiels avant que les Kill-T-Gang ne le fassent…

C’est cette fois-ci à Shibuya que les Chevaliers de l’Été se retrouvent pour tenter d’empêcher le réveil d’un nouveau Kill-T-Gang. Alors qu’ils craignent un éventuel combat dans un quartier si peuplé, l’Engrenage Planétaire prend les devants en montant un plan autour d’Akari.

L’Engrenage Planétaire jette son dévolu sur un nouvel enfant artificiel : Lin, férue de motos et toujours en quête de plus de vitesse. Le premier membre des Chevaliers de l’Été qu’elle rencontre est Daichi, avec qui elle discute des divergences entre humains et Kill-T-Gang…

Seuls deux enfants artificiels n’ont pas encore été éveillés. Parmi eux, une fille nommée Setsuna est sous la tutelle de la scientifique Mao, qui l’utilise dans le cadre de son projet. Alors que les deux groupes vont à sa recherche, Rita part de son côté enquêter sur le passé de Macbeth Enterprises.

Les prédictions de Pitz dirigent les Chevaliers de l’Été vers une nouvelle destination. Ils sont amenés à visiter l’endroit le plus louche de la ville, une arène souterraine où sont menés des combats illégaux dans lesquels participe le dernier enfant artificiel, Baku.

L’Engrenage Planétaire doit faire preuve de prudence pour éveiller Bugbear. Ils mettent à exécution leur nouveau plan, alors qu’est révélée la vérité autour de l’incident Magus et de l’immortalité des membres du clan Asanoda…

Après avoir successivement empêché l’activation des Machines Goodfellow, aucun flux d’orgone n’est à prévoir dans l’immédiat et les Chevaliers de l’Été ont droit à un peu de vacances. Serait-ce l’occasion pour Daichi et Hana, aidés par le contexte, d’avancer dans leur relation ?

Les Chevaliers de l’Été sont privés des prédictions de Hana pour anticiper les mouvements de l’Engrenage Planétaire, et ne peuvent qu’attendre un appel de sa part. Dans son escapade avec Pitz, elle croise à nouveau le chemin de Setsuna et Rappa… mais leur groupe se retrouve rapidement poursuivi.

Salty Dog revient mettre des bâtons dans les roues des Intercepteurs : une inspectrice est envoyée à Tanegashima dans le but d’enlever Hana. Si ce plan est mis à mal par Nishikubo qui avait anticipé ce coup bas, c’est tout de même l’occasion pour Salty Dog de déployer l’un de leurs nouveaux Impacters, Kerberos.

Nishikubo prévoit le retour de Hana à Tanegashima, sous la protection de Daichi et Teppei. Or, la trajectoire de leur capsule de rentrée atmosphérique est déviée, et les trois Chevaliers de l’Été finissent par atterrir en plein désert australien, non pas sans un accueil explosif…

Les trois Chevaliers de l’Été coincés en Australie se dirigent vers la base du Globe de Carpentarie, et, avec l’aide à distance de la magicienne Akari, parviennent à subtiliser un avion pour retourner à Tanegashima. Salty Dog n’a pas baissé les bras et les prend à nouveau pour cible pour gagner le contrôle de Blume.

Une fois Hana sortie de Blume, les Intercepteurs se réunissent sur le Tenkaidô pour exposer le contenu de l’opération Été à leurs commandants. L’Engrenage Planétaire y envoie Ai en tant que chanteuse en pleine tournée marketing, tandis que Salty Dog fait de nouveau appel à Hirosue…

Hirosue kidnappe de nouveau Hana et tient le Tenkaidô en otage à l’aide des bombes qu’il a posées. Alors que la sécurité est mobilisée pour les désamorcer, un second problème de taille surgit : Ai lance une véritable pluie de débris spatiaux en direction de la base !

Les Intercepteurs sont désormais prêts à démarrer l’opération Été, avec les risques qu’elle comporte : aucun humain n’a encore jamais fait l’expérience d’un voyage hyperespace. L’enjeu est d’autant plus grand que l’Engrenage Planétaire s’est mis à amasser de grandes quantités d’orgone et s’apprête à lancer son offensive générale…

Daichi se retrouve mystérieusement à vivre sa vie paisible de lycéen. Troublé par un rêve dont il ne parvient pas à se souvenir, il traverse des scènes du quotidien qu’il a déjà connues, à quelques détails près…

Akari et Daichi arrivent à s’extirper du piège onirique lancé par l’Engrenage Planétaire, mais le voyage en hyperespace se voit quelque peu perturbé. Divers obstacles se mettent en travers de leur chemin pour empêcher la destruction du cocon d’Obéron, où sont préservés les blocs d’ego.

Les deux camps que sont les Chevaliers de l'Été et l'Engrenage Planétaire se retrouvent face à un ennemi désormais commun, PAC. Or, la destruction du plasmagnum renforcé le rend invincible, et il s'empare du contrôle de Blume pour exécuter son plan de contrôle de la galaxie.