テレビで目にした「円形の虹」に、幼い日の記憶を蘇らせた高校２年生・真夏ダイチ。夏休み初日、種子島へ旅立った彼は、そこで不思議な少女・エーリアルと出会い、さらに地下深くで巨大ロボット、アースエンジンと対面を果たす。一方その頃、機械生命体・キルトガングのアマラとモコは、人類侵略の第一歩を踏み出そうとしていた。地球に迫る危機を感知したダイチは、ライブラスターの引き金を引き、アースエンジンを発進させる。

アースエンジン・インパクターへの合体変形を成功させたダイチ。彼は「魔法少女」を名乗る謎の少女とともに、キルトガング・モールキンを撃退する。地上に戻ってきたダイチは、かつて父が所属していたグローブが、異星人の侵攻から地球を守るための組織だということを知る。さらに彼はそこで、幼少の頃に出会ったデザイナーズ・チルドレンの嵐テッペイ、夢塔ハナと再会を果たすのだった。

グローブの司令官・西久保のひとり娘、夜祭アカリが新たにチームに加わり、存分に夏の種子島を満喫するダイチたち。そんな４人の前に、新たな敵・アマロックが現れる。西久保の制止を振り切り、まだ修理が終わっていないアースエンジンを発進させるダイチ。ピンチに陥った彼を救ったのは、新たなキルトガング・アルビオンだった。その掌の上に輝く円い虹を目にしたダイチは、アルビオンを動かしているのがテッペイであることを知る。

キルトガング・アルビオンの正体はテッペイだった……。隔離されたテッペイの身を案じ、彼のもとを訪れるダイチ。不安を隠せないテッペイに、ダイチは「テッペイはテッペイだろ」と伝えるのだった。一方、アルビオンの出現は遊星歯車装置の２人にも衝撃を与えていた。グローブの基地を急襲したアマラたちは、テッペイの身柄を奪おうと試みる。その前に立ちはだかったのはダイチ、そして彼の手のなかで光り輝くライブラスターだった。

キルトガングに対し、徹底抗戦を唱える“迎撃派”と選ばれた人類による脱出を目指す“方舟派”。テッペイがキルトガンクとして覚醒したことをきっかけに、両派の対立は深まりを見せる。そんななか“迎撃派”の西久保司令はテッペイに、天海道でコールドスリープ中である嵐エイジの身柄を確保するよう命令を下すのだった。アカリとともに天海道へ向かうテッペイは“方舟派”工作員の妨害をくぐり抜け“遺伝子上の父”と対面を果たす。

天海道でのどさくさにまぎれ行方をくらませた、テッペイの“父”エイジ。状況が刻一刻と変化するなか、キルトガングの襲来に備え、選ばれた人類だけを地球外へと脱出させる「キヴォトス計画」を推し進める“方舟派”は、計画の要となるハナの身柄を奪おうと企てる。種子島基地に監察官として派遣されていた広末レイトがハナを連れ去ろうとしたとき、現場に駆けつけたのはダイチ。得意のブーメランを使って、彼はハナを助け出すのだった。

ハナの予知通り、第１防衛圏内に出現したアマロックたち。挟み撃ちに逢い、苦戦を強いられるダイチの前に現れたのは、テッペイと彼のキルトガング・アルビオンだった。すべての迷いを振り切り、自ら自分のエゴブロックを破壊するテッペイ。彼の協力により、一同はアマラとモコの撃退に成功する。さらに今回の戦果を受けて、西久保は独立遊撃部隊「ミッドサマーズナイツ」の結成を宣言、そのキャプテンにダイチを指名するのだった。

テッペイのほかに存在する５人のデザイナーズチャイルド。そのひとり、ジンの覚醒を阻止するため、ダイチたちはお台場へと向かう。彼はそこのカジノでディーラーとして働いていた。「結局、この手には、いつもなにも掴めない」。友人から孤立し、これまでの人生を後悔するジン。その前に現れたのは、ほかでもないアマラとモコだった。モコから口づけを受けたジンは、遊星歯車装置としての自分の真の力に目覚め、不敵な笑みを浮かべる。

５人目の遊星歯車装置は、現役アイドルのアイ。マシングッドフェロー・蛇花火に乗り込む彼女に、ダイチたちは苦戦を強いられる。一方、アカリを拉致したアマラは、彼女のハッキング技術を使い、低軌道にあるすべてのインパクターの動作を止めるよう脅す。追い込まれたアカリがとった“最後の手段”とは、各国の核兵器により人類を滅亡させること。“食糧”が失われることを恐れたアマラは、アカリを解放せざるをえなかったのだった。

なによりも速さを愛する少女リン。６人目の遊星歯車装置である彼女は、マシングッドフェロー・人魚姫に乗り込み、ダイチと対峙するのだった。激しい戦いが繰り広げるものの、リンを取り逃してしまうダイチ。キルトガングの姿を取り戻した彼女は、圧倒的な速さで地球に迫る。その前に立ちはだかったのは、なんとテッペイが乗り込んだ２台目のアースエンジン、ネビュラエンジン。彼はリンの攻撃を見事にかわし、迎撃に成功するのだった。

６人いるデザイナーズチャイルドのひとり、セツナ。彼女はアインゴッド社の研究員、毬村マ オのもとにいた。毬村は彼女を利用して、自分が永久に若くいられる方法を探していた。一 方、セツナの所在を突き止めたアマラとモコ、そしてダイチたちもまた、彼女の身柄を確保すべく動く。研究所で鉢合わせ、銃撃戦となる２組。しかし先手を打ったのは謎の資金提供者“ロビン”から指示を受けた毬村の助手・伴コウイチだった。

バクが想いを寄せる麻野田組組長のひとり娘・クミコを人質に取り、彼を仲間に引き入れようとするアマラ。そのとき現場に現れた組員・ハルヒコの銃弾が、クミコに命中。しかし彼女の傷は、みるみるうちに消えてしまう。すべては、バクがクミコに生き続けてほしいと願った結果――１年前のマグス号事件をきっかけに、彼のシンギュラリティが生み出した幻だった……。クミコが消えるのを見送ったバクは、アマラたちとの合流を決意する。

アカリの発案により、リゾートホテルで休暇を楽しむダイチたち。その夜、ダイチは彼の部屋で涙を流すハナの姿を目撃する。一方その頃、アマロックたちは人工衛星レガシーを墜落させようと目論んでいた。グローブ基地を目がけ落下するレガシーを前に、なすすべのない一同。しかし浜辺に駈け出したハナの合図とともに、水中から強力なビーム砲が放たれる。何が起こったのか尋ねようとするダイチに対し、ハナは無言で走り去ってしまう。

行方をくらましたハナは偶然、遊星歯車装置の“女王”セツナと遭遇。だが不思議な共感を覚える２人のもとに、アマラとモコが現れる。さらにテレパシーキスにより記憶を取り戻したセツナは、アマラたちにハナの身柄の確保を命じるのだった。駆けつけるダイチたちとの間で交わされる、激しい戦闘……。テレパシーキスでダイチの本心を知ったハナは、動作不能となっていたライブラスター・ブロッサムを使い、アマラたちを撃退する。

遊星歯車装置は覚醒したセイレーンの力で、新たなオルゴンエネルギーのカプセルを作り始める。そしてキルトガング、アイアタルが地球を襲う。だが、ミッドサマーズナナイツも作戦を新たなステージに進めていくのだった。

種子島にはソルティドックから新たな監察官が派遣されてきた。そんな時、地球にはキルトガング、モールキンとジンバルトが襲い来る。そこで迎撃にでたのは、方舟派の無人インパクターケルベロスだった。

ダイチ、テッペイ、ハナの３人は、大気圏突入カプセル「フリューゲル」で天海道から種子島へ帰還することとなった。しかしハナを狙う方舟派の陰謀でダイチたちはオーストラリア大陸に不時着してしまう。そんそ彼らをソルティドックの兵器が襲う。

Globe カーペンタリア基地から大型輸送機を奪取し、ミッドサマーズナイツは一路、種子島へ。だが、そんなとき彼らの前に現れるソルティドックの新兵器。そのとき姿を現したのはブルーメだった。

宇宙船ブルーメが衛星軌道まで上がり天海道とランデブーした。ダイチたちはいよいよ最終決戦に向けて準備をする。だが何故か天海道の一日知事として人気アイドルのアイがやってくる。そしてソルティドックも動き始めた。

再びハナを連れ去ったのは、かつてソルティドックの監察官を務めていた広末レイトだった。彼は天海道に仕掛けた爆弾の起爆装置を装着し、目的を果たそうとする。一方その時、接近するデブリを破壊するためテッペイはネビュラエンジンで出撃する。予想以上の無数のデブリ群に対応するため、アースエンジンにも出撃命令が。果敢にデブリ撃破していく２機。しかし、操縦不能に陥ったネビュラエンジンの射線上に巨大デブリが。ダイチはキャプテンとして選択を迫られることになる。

「これよりオペレーションサマーを開始する！」。ダイチの宣言とともに、天王星の衛星軌道に向けて、エンタングルリングを開始するハナと彼女が乗り込んだ宇宙船ブルーメ。しかしその前に、方舟派の最終兵器である超巨大インパクター、ガルムエンジンが立ちはだかる。ダイチとテッペイの連携により追撃を振り切ったブルーメは、眩い光に包み込まれた……。超空間航行が始まった次の瞬間、ダイチは自宅のベッドの上で目を覚ます。

気がつけば夏休みの前日。ダイチは叔父のトシアキとともに、学校の面談を受ける。自分のあり方が「何か間違ってる」と感じるダイチ。さらに彼の前にアマラやモコら、遊星歯車装置の面々が友人として現れる。ダイチを別荘へと執拗に誘うアマラたち。誘惑を振り切って縁日に向かった彼は、そこで本当になすべきことを見出すのだった。射的の引き金を引き絞り、ついに弾を撃ち出した瞬間、ダイチは、再び現実へと戻ってくるのだった。

エンタンクルリンクによりダイチたちの宇宙船ブルーメは地球圏を離れ、人類未踏の世界へ。けれど彼らの飛んだ道は目的地とは違った。そしてそこにダイチたちを迎撃するため、キルトガングが出現する。アースエンジンは絶対絶命のピンチに陥るのだった。

ブルーメはパックにインストールされ、巨大な破壊兵器ロビングッドフェローへと変貌した。その力はミッドサマーズナイツを圧倒し、故郷地球を襲う。しかし運命を選んだ少年は戦いをあきらめなかった―。