La population mondiale étant désormais immunisée contre la grippe rouge, le virus a muté et s'attaque maintenant aux plantes. Toutes les cultures sont peu à peu touchées, ce qui entraîne famines et affrontements partout dans le monde. Cooper, Fletcher et leur équipe sont à la recherche d'une graine de palmier primitif qui serait immunisé contre le virus. Mais au moment d'une transaction qui leur aurait permis de récupérer ces graines, ils se font attaquer...

Alors que la famine s'étend, le Nathan James se dirige vers le Maroc pour récupérer les graines quand il est pris dans un filet de pêche au niveau de colonnes d'Hercules. Pendant ce temps, Chandler découvre l'organisation de Giorgio et fait la connaissance de sa soeur Lucia. Remportant un combat contre un challenger, il se voit affublé du surnom d'Hercule...

Slattery est en fuite avec les graines, tandis que la ville est fouillée par les hommes de Giorgio qui désire les récupérer. Il réussi à envoyer des signaux au Nathan James. Chandler mène les recherches et le retrouve mais l'extraction est compliquée, puisque Lucia, à bord du navire grec, menace de détruire leur hélicoptère. Chandler revient pour la première fois sur le Nathan James...

Slattery récupère doucement tandis que l'équipage se pose des questions sur le retour de Tom Chandler. L'objectif principal est de ramener les graines aux Etats-Unis. Mais Vellek et ses navires grecs posent un problème. Le Nathan James reçoit un appel de détresse d'un chalutier rempli de personnes affamées. Parmi les réfugiés, Fletcher reconnaît Harry, travaillant comme lui pour le Royaume Uni. Celui-ci lui annonce que leur collaboration avec les Etats-Unis prend fin et que l’Angleterre fait désormais cavalier seul. Meylan et Chandler sont en désaccord sur la marche à suivre...

Vellek a tendu un piège au Nathan James et plusieurs navires le forcent à se diriger vers l'île d'Astéris où une embuscade semble avoir été prévue. Sentant le piège se refermer, Chandler décide de s'engouffrer dans une tempête afin d'échapper aux navires grecs. De son côté, Fletcher tente de s'emparer des graines afin de les remettre à Giorgio...

Afin de retrouver les graines volées par Fletcher, Chandler propose d'aller chez Giorgio pour trouver des indices qui leur permettraient de découvrir où est situé le labo de Vellek. De son côté, Vellek commence à chercher un remède contre la Rouille grâce aux graines apportées par Fletcher, mais l'amiral Demetrius ne voit pas cette alliance d'un bon oeil...

Après avoir découvert que le labo de Vellek est sur un navire, l'équipage du Nathan James essaie de le localiser. Une équipe se rend sur l'île de Kléos, afin de pirater un signal satellite pour pouvoir remonter jusqu'au labo. Pendant ce temps, Fletcher commence à avoir des doutes sur les intentions de Vellek...

Le Nathan James est toujours à la recherche de Vellek et des graines. Décidés à en finir une bonne fois pour toutes, américains et grecs se préparent à l'affrontement. Tandis que chacun élabore sa stratégie, Vellek est furieux de ce contretemps. Mais quand il se retrouve à court de Nostos, il n'a plus que son obsession en tête : arriver à Malte le plus vite possible...

Privé de flotte, Vellek cherche à rejoindre Malte pour obtenir des avions et disperser son produit aux quatre coins du monde. Slattery charge Green et Burk de les détruire avant qu'ils ne partent, mais sur place, la situation dégénère. Lucia cherche toujours à éliminer le Nathan James. Heureusement, Chandler et Sasha réussissent à l'aborder et à mettre son système d'armement hors d'usage. Les deux équipages s'affrontent alors d'homme à homme...