Załoga Nathana Jamesa prosi cywilów o spotkanie w wyznaczonych portach w całym kraju w celu przekazania szczepionki. Zagrożenie stanowi garstka nieprzyjaciół, którzy nadal wykonują rozkazy Ramseya.

USS Nathan James znajduje się w potrzasku. Chandler nakazuje doktor Scott opuścić okręt, którego załoga szykuje się do decydującej walki z okrętem podwodnym Ramseyów.

Sean Ramsey oskarża marynarkę o spowodowanie katastrofy. Chandler musi odzyskać zaufanie Amerykanów. Załoga odkrywa źródło sygnału wroga, znajdujące się pośrodku oceanu. Dochodzi do bitwy.

Rachel próbuje opracować nową wersję szczepionki. Zagadkowa śmierć na pokładzie zmusza Chandlera do wszczęcia dochodzenia. Dowódca obiera kurs na Nowy Orlean.

Doktor Scott jest coraz bliżej przełomu. Dlatego załoga rusza na ląd w poszukiwaniu niezbędnych zapasów i materiałów do jej laboratorium. Współpraca z Nielsem jest nieunikniona.

Rachel nadal próbuje dopracować formułę doktora Huntera, podczas gdy jej dotychczasowy wróg Niels dołącza do załogi Nathana Jamesa. Tymczasem Chandler usiłuje wydobyć z Michenera informacje.

Podczas gdy Slattery walczy z atomowym okrętem podwodnym, oddział pod dowództwem Chandlera przenika w szeregi wroga. Danny odkrywa, że Niels pracuje dla Ramseyów.

Rachel odkrywa, że jej mentor przed śmiercią pracował nad formułą, która może pomóc w masowej dystrybucji szczepionki. Chandler poznaje prawdziwe motywy Seana i Neda.

USNS Solace zostaje zaatakowany przez tajemniczych napastników. W pościg za Nathanem Jamesem rusza okręt podwodny dowodzony przez dwóch Brytyjczyków - Seana i Neda Ramseyów.

Załoga okrętu wpada na trop okrętu szpitala USNS Solace, na którego pokładzie znajdują się lekarze i laboratorium. Rachel liczy, że znajdzie tam niezbędny do produkcji szczepionki sprzęt.

Okręt wraca do Norfolk, gdzie wkrótce ma się rozpocząć masowa produkcja szczepionki. Ocaliwszy własną rodzinę, Chandler pozwala członkom załogi wyruszyć na poszukiwania bliskich. Czy wrócą na okręt?

Starcia w Baltimore trwają. Rebelianci z pomocą marynarki starają się położyć kres zbrodniczej działalności Amy Granderson. Załoga walczy o przejęcie kontroli nad okrętem.

Chandler łączy siły z rebeliantami, by wspólnie stanąć w szranki z Amy Granderson. Rachel pomaga chorym, tymczasem Slattery próbuje odzyskać okręt, pomagając rannemu Tophetowi.