Poté, co se Avocet v čele s Grandersonovou zmocnil lodi, drží posádku jako rukojmí. Jednomu členu posádky se však povede utéct. Záchrana ostatních je teď v jeho rukou. Na můstku mezitím probíhají snahy o záchranu života Quincyho. Ten je postřelený, ale jako jeden z mála ví, kde je původní vzorek vakcíny. Na souši mezitím operuje několik pozemních týmů lodi USS Nathan James. Kapitán Chandler se snaží dostat rodinu do bezpečí a s pomocí ostatních převzít kontrolu na lodi. Jedinou cestou se zdá být spalovna. Když se k němu navíc přidají místní povstalci v čele s neohroženým Thorwaldem a vládcem podzemního města, má operace opět o trochu větší naději na úspěch. Doktorka Scottová se snaží zachránit nemocné, a doktor Hamada i nadále zkouší vyvinout vakcínu na vlastní pěst. Když se ale nedaří najít původní vzorek, zbývá jediná možnost. Využít buněk plodu někoho, kdo má v těl vakcínu. A na palubě USS Nathan James někdo těhotný je.

Blíží se finální úder na obou frontách. Jak ve středisku Avocetu, tak na lodi. Zatímco v útrobách Avocetu operuje kapitán Chandler s povstalci pod vedením Throwalda s cílem udolat Grandersonovou a osvobodit místní lidi na jedné straně, a Tex v přestrojení za místní ochranku na straně druhé s cílem zachránit doktorku a Karu, na lodi se všichni spoléhají na trio námořníků, kterým se podařilo zmizet strážným. Když se k nim navíc přidá i velící Slattery, kterému se podaří proniknout do komunikačního střediska, je jen otázka času, než námořnictvo opět převezeme velení nad lodí. Nakonec i Grandersonová musí uznat, že na námořnictvo Spojených států jí síly nestačí. Ale co původní vzorek? Podařilo se posádce vzorek dobře ukrýt před Avocetem a doktorem Hamadou?

Na loď USS Nathan James a celou posádku teď po zajištění oblasti Baltimoru čeká cesta do Norfolku, do domovského přístavu, kde má většina posádky své rodiny. Odtud by se mohla naplno rozjet ozdravná akce s rozvozem protilátky do celého světa. V zašifrovaném počítači z kanceláře Prezidenta navíc posádka najde tajné materiály o funkčních laboratořích po celém světě. A právě ty by mohly být styčnými body celé akce. Alisha Grandersonová mezitím bojuje s tím, jak se postavit ostatním členům posádky. Tex se svěří Rachel se svou minulostí a odhalí jí, proč se v Baltimoru odtrhl od ostatních. A Kara se jako několik dalších vydává za svou rodinou. Její shledání s matkou bude velice emotivní. Mimo to se ale rýsuje i skupina zdravý lidí, kteří mají sami sebe za vyvolené. Mezi nimi nechybí ani jeden z Rusů, se kterými už USS Nathan James měla co do činění.

Na posádku USS Nathan James čeká další důležitý úkol. Na volném moři se nachází plovoucí nemocnice Solace, která je podle všeho plně vybavená a má provozuschopné laboratoře. S pomocí této lodi by se tak vakcína měla dostat i do těch nejzazších koutů světa. Jenže hned po nalodění zjišťují výsadkové týmy krutou pravdu. Na loď má spadeno i skupina žoldáku, která většinu doktorů na lodi chladnokrevně popravila. Jejich cílem je získat pro sebe protilátku, a nezastaví se před ničím. Námořnictvo tak musí o nadvládu nad lodí tvrdě bojovat, a to i s tím, že radiové spojení s mateřskou lodí USS Nathan James je téměř nulové. Bojeschopnost mají navíc možnost ukázat dva noví členi námořnictva. Uvnitř lodě je ale mimo jiné nastražená bomba jako pojistka pro žoldáky, kteří by v případě neúspěchu mohli celou loď vyhodit do vzduchu. Společnými silami musí posádka USS Nathan James žoldáky přemoci, zachránit přeživší a pokud možno zjistit, o co žoldákům skutečně jde a odkud se vzali.

Na lodi USS Nathan James se snaží zjistit, co byli zač vojáci, kteří je přepadli při průzkumu lodi Solace, nemocniční lodi, která vyvíjela protilátku. S tím by jim měl pomoct jeden z nepřátelské posádky, který ale v sobě skrývá jedno velké tajemství. Posádka navíc musí čelit problému v podobě bitevní ponorky první třídy Achilles, která by je mohla jedinou střelou poslat ke dnu. Na řadu tak přicházejí taktické schopnosti kapitána Chandlera. Ukáže se, že ponorce nejde jen o zničení USS Nathan James. Jelikož jsou totiž na palubě ponorky všichni přirozeně imunní nákaze a za pomoci zrádce Nielse vyvíjejí vlastní protilátku, snaží se zničit všechny laboratoře po celém světě, kde se protilátka též syntetizuje, aby si tak mohli podmanit celý svět. A to kapitán Chandler nemůže nechat dopustit.

Mezi posádkou ponorky panují rozkoly. A to jak mezi mužstvem, tak i mezi velením. Ned a Sean, ač bratři, nesdílí stjené názory na budoucí postup při znovuobnovování společnosti. Zatímco Ned prahne po zničení lodi USS Nathan James, Sean má v plánu začít volbu nového prezidenta Spojených států. Tým USS Nathan James mezitím pátrá po oné ponorce, a zároveň skrze výsadkový tým proniká do řad imunních přeživších. V přestrojení infiltrují jejich řady a přes močály se dostanou až do shromažďovacího areálu všech imunních. Beze zbraní, bez vysílaček. Jedinou nadějí jim je ozbrojený Wolf s jejich vybavením. Doktorka Scottová zase vyrábí protilátku proti nákaze, tentokrát už s pomocí nákresů a poznámek doktora Huntera, kterého však vyvolení zabili. Jejím úkolem je tekutou vakcínu přeměnit na aerosol, aby se mohla práškovat celá města, či na tablety, aby se ty mohly shazovat i do nejzapadlejších koutů světa.

Jak se ukáže, prezidenta drží Sean a Ned proti jeho vůli. A právě toho by výsadkový tým mohl využít. Kapitán Chandler totiž s využitím efektu davové paniky pronikne až k samotnému Seanovi a prezidentu. Teď už zbývá jen jediné, dostat ho odtamtud pryč. Mezitím Tex s Dannym zjišťují, kdo je onen vědátor, o kterém všichni mluví. Je jím Niels, se kterým už měli co do činění. S tím se pojí i riziko toho, že je prozradí a celou operaci překazí. Když už se k tomu schyluje, je potřeba jednat. Ještě, že mají střeleckou podporu Wolfa. Na lodi USS Nathan James mezitím drží radiový klid, aby unikli ponorce. Ta se je snaží za každou cenu dostat. Když se najednou ozve výsadkový tým s požadavkem na vyzvednutí, je potřeba se rozhodnout mezi ponorkou a záchranou týmu.

Na palubě lodi USS Nathan James je přítomen prezident. I když je tu zpočátku držen proti své vůli a s ostatními nechce spolupracovat, neboť je stále přesvědčen, že patří ke skupině Seana Ramseyho, postupně ho jak Slattery, tak kapitán Chandler přesvědčí, že skupina imunních není tou, která chce spasit svět. K přesvědčení Michenera napomůže až tragická událost, kterou mají on a Chandler společnou. Michener by tak mohl být ve spolupráci s USS Nathan James prvním postapokalyptickým prezidentem a právě on jediný může přemoci propagandu imunních proti námořnictvu. Prezidente Michener má navíc spoustu vnitřních informací o struktuře, taktice, komunikaci a budoucích plánech imunních, a ty jsou teď pro USS Nathan James velice důležité. Spolupráce je více než žádoucí.

Niels je nyní na palubě USS Nathan James. S jeho pomocí by mohla Dr. Rachel Scottová přijít na to, jak lék převést do podoby aerosolu a poté i do pevného skupenství. Jenže musí z Nielse dostat přesnou sekvenci viru, který v sobě má. Ten, kdo přivedl svět do záhuby, je jediný, kdo mu může pomoci. A toho si je Dr. Scottová dobře vědoma. Navíc ale potřebuje sladkovodní slávky, aby mohla s výrobou protilátky pokračovat. Prezident se mezitím seznamuje s posádkou a pomalu se chopí své fuknce. Ostatní mají za úkol výsadek na břeh s cílem získat ony důležité slávky. Na souši ale narazí na tým přeživších dorostenců, které je nutno nejprve zneškodnit. S jejich pomocí se pak může námořnictvo postavit těm, kdo prahnou po jejich hlavách za tučnou odměnu.

Niels je mrtvý. Ale kdo za to může? Na to se teď na palubě USS Nathan James snaží s vypětím všech sil přijít. I když Niels přivedl svět do záhuby, zabít ho byl zločin. A za ten někdo musí nést odpovědnost. Rachel je proto vyšetřována a nakonec dána do domácího vězení své kajuty. Loď se mezitím blíží k New Orleans, kde má být stanoviště imunních. Jenže cestu jim komplikuje ponorka bratrů Masonových, která je do zátoky nehodlá pustit, a raději celou oblast vyhodí do povětří. To navíc hodlá použít jako propagandu proti americkému námořnictvu. Jenže netuší, že na lodi už se podařilo rozklíčovat komunikační síť imunních a odhalit plán Valkýrie. Boj kdo s koho začíná.

New Orleans je v troskách. Bratři Ramseyovi ho vyhodili do vzduchu, aby si vlivem následné propagandy získali lidi na svou stranu. A tomu se námořnictvo v čele s kapitánem Chandlerem snaží zabránit. Když objeví nedaleko břehů ropnou plošinu s centrem všeho vysílání, vypadá to, že by konec nadvlády imunních mohl nastat co nevidět. Navíc se námořnictvu podaří zadržet Valkýrii, mladou slečnu, která stojí za celou komunikační sítí imunních. Jenže. Poté, co se video s lodí USS Nathan James, která má údajně ničit New Orleans dostane na veřejnost, na ropnou plošinu zaútočí ozbrojení civilisté. Z mise, jejímž cílem bylo napíchnutí sítě prezidentovým motivačním projevem a která měla očistit jednou provždy celé americké námořnictvo, se rázem stává boj o přežití. A na jeho konci budou ztráty na životech bohužel na obou stranách. Námořnictvo přijde o 4 další cenné členy ze svých řad a dalších několik skončí s vážnými zraněními.

Boj mezi bitevníkem USS Nathan James a ponorkou s bratry Ramseyovými se chýlí ke konci. Teď, nebo nikdy. Tak zní rozkaz kapitána Chandlera. Ještě předtím je ale z paluby potřeba dostat všechno, co by boj mohl ohrozit, tzn. lék, prezidenta a doktorku. A tak se na souš vydává taktický tým s Texem, Dannym a Mikem v čele. Zatímco na moři se taktizuje, jak bez sonaru a bez prozrazení vlastní pozice nepřátelskou ponorku obejít a jednou provždy ji zničit, a to i s pomocí Val, na souši se postupuje k bezpečnému místu, kde by se mohl národní poklad schovat. Při sví cestě tým narazí i na pár nakažených lidí, a Rachel tak konečně bude mít možnost lék vyzkoušet v praxi. Mimo to ale zjistí šokující zprávu. Na námořnictvo na souši totiž čeká superúčinná zbraň, která jejich loď potopí ke dnu. Na Texovi, Dannym a Mikovi tedy je i s nasazením vlastních životů tuto zbraň najít a zneškodnit.

Námořnictvo Spojených států se blíží k cíli. Konečně nadešel Den D a je načase začít šířit vakcínu mezi lid. Jenže tahle myšlenka je trnem v oku McDowellovi, který teď stojí v čele imunních. Ten se rozhodne pro odboj. Poté, co USS Nathan James přistane v přístavu, vydá se McDowell i se svými poskoky mezi ostatní v námořnických uniformách a nakaženými lidmi, aby ostatní přesvědčil, že námořnictvo ušilo na lidi léčku a chce je jen nakazit. Pod vedením kapitána Chandlera je potřeba McDowella zastavit a vrátit se k původní misi. Bohužel zájem o vakcínu není tak vysoký, jak se čekalo. S takovou se vakcína nebude účinně šířit. A nepřidá tomu ani snaha velícího důstojníka Jetera. Nakonec se do celé věci musí vložit prezident Michener a Tex, který mezitím hledá na souši svou ženu a dceru. Finálním místem je pak St. Louis, kde musí loď z technických důvodů zakotvit děj se co děj. Jestli přijde dost lidí, toť otázka... Ať už to dopadne jakkoliv, nakonec se bude slavit a pít na padlé členy posádky.