Season Two begins with a cure for the Red Virus and the goal to save the human race. Navy Captain Tom Chandler and his crew return to the States unsure of what they will find. As the crew seeks to find survivors and their families, they encounter a new, emerging enemy who’s vying for control and may hinder the mass production of the cure.

Екипажът на „Нейтън Джеймс” се натъква на нови препятствия към постигането на своята цел – спасяването на човечеството. Томас Чандлър (Ерик Дейн) и компания намират неочакван съюзник в лицето на Торуалд (Тайтъс Уеливър), мистериозен военачалник. Заедно, те се опитват да спрат Ейми Грандерсън (актрисата Алфри Уудард) да продължава да избива невинни хора.

От своя страна, екипажът на кораба също се изправя пред нов враг в лицето на група хора, обединени от своето заболяване и общата си цел да разпространят инфекцията.

Междувременно, младата лекарка Рейчъл Скот (Рона Митра) продължава мисията си да създаде ваксина и да я разпространи по целия свят.

Отношенията между героите стават по-дълбоки, а мисията им изглежда все по-непостижима. Нови врагове, тежки обрати и неочаквани препятствия застават на пътя на капитана и д-р Скот към овладяването на епидемията и запазването на човешкия вид. Неизвестността поема контрол над героите, а оцеляването става все по-трудно. И макар и на пръв поглед целта на всички да е една, всеки пази своите тайни...

Seizoen twee begint met een remedie voor het rode virus en het doel om de mensheid te redden. Marinekapitein Tom Chandler en zijn bemanning keren terug naar de Verenigde Staten, onzeker over wat ze zullen aantreffen. Terwijl de bemanning op zoek is naar overlevenden en hun families, ontmoeten ze een nieuwe, opkomende vijand die strijdt om controle en de massaproductie van de remedie kan belemmeren.

惊人的事实曝光后，Chandler舰长和他的团队在巴尔的摩知晓了这个国家的命运，以及他们自己的命运。尽管他们遭遇了严重挫折，但他们还是决定与一个地下抵抗组织联合起来击败所谓的总统Amy Granderson（她命令马里兰州警控制了“内森·詹姆斯号”和病毒的原始样本，还决定只用解药治疗“有用之人”，从而建立一个“完美的社会”）。解药的剂量已经很少，仍然被囚禁在Avocet的Rachel试图尽其所能为患病者做些善事。与此同时，Slattery和“内森·詹姆斯号”的船员必须争分夺秒营救Tophet并重新夺回战舰的控制权，他们能确保每一个人都获得解药吗？

En la segunda temporada de la serie producida por Michael Bay, la tripulación del Nathan James llega a casa sólo para descubrir que el virus que combatían no es el único enemigo.

Na segunda temporada, eles precisarão lidar com as consequências da chegada do navio à costa dos Estados Unidos, e com a reação da população local à vacina recém-descoberta.