Alors que l'USS Nathan James est pris d'assaut par des hommes armés d'Avocet, et ses marins faits prisonniers, Chandler, avec l'aide de son équipe à terre, réussit à retrouver et sauver ses enfants. Pendant que l'un tente activement de mettre la main sur la souche originelle du vaccin, l'autre met tout en œuvre pour arrêter ce carnage. C'est ainsi que Chandler fait la rencontre des Seigneurs de Guerre qui luttent pour la même cause. Ils s'unissent alors pour vaincre Amy Granderson. Au même moment, le Docteur Scott, toujours prisonnière d'Avocet, tente de venir en aide aux survivants...

À la centrale électrique, Chandler, son équipe et les Seigneurs de Guerre sont prêts à couper le courant et prendre d'assaut Avocet afin de mettre hors d'état de nuire Granderson et mettre fin au carnage. Le docteur Scott et Tex en profitent alors pour délivrer Kara et la sauve in extremis.

Au même moment, à bord de l'USS Nathan James, la rébellion se met en place et l'équipage reprend le navire en main...

À Baltimore, le docteur Scott recrée des milliers de doses de vaccins. Suite à un message crypté du Secrétaire de la Marine, Chandler et elle décident d'aller jusqu'à Norfolk afin de trouver des ressources nécessaires qui permettront à des laboratoires du monde entier, restés protégés et en état, de produire des vaccins. Sur place, certains membres d'équipage tentent de retrouver leur famille.

À Port St. Lucie, le porteur sain du virus rencontre un groupe de survivants qui pensent être des élus... 

Le Nathan James part à la recherche d'un navire-hôpital qui croise à proximité et à bord duquel se trouvent médecins, matériel et des pirates.

Le Nathan James traque le sous-marin des pirates qui ont pris d'assaut le Solace. Une furieuse bataille navale s'engage quand il le retrouve.

Chandler poursuit une nouvelle menace dans le nord de la Floride.

Pendant ce temps, Rachel tombe sur une formule secrète que son mentor, le docteur Hunter, a perfectionnée.

En tentant toujours de reconstituer la formule perdue du docteur Hunter, Rachel est aux prises avec le fait que Niels, son ennemi juré, est maintenant à bord du Nathan James, tandis que Chandler travaille pour gagner la confiance de Michener et le convaincre que les vrais ennemis sont les Ramsey.

Une fois remis de ses blessures, Niels demande à parler au docteur Scott. Elle refuse tout d'abord, puis accepte car elle a besoin de son aide et de ses connaissances. Elle recherche une solution pour vaporiser le vaccin et a besoin de la séquence de stabilisation du virus.

Au même moment, Chandler et son équipe se rendent sur la terre ferme et croisent une bande d'adolescents armés. Ils apprennent alors que les immunisés ont mis une prime sur leur tête.

À bord de l'USS Nathan Jame, une enquête est ouverte sur la mort suspecte de Niels et une autre afin de savoir à quoi servent les téléphones retrouvés sur les immunisés, puisque les réseaux de communication sont hors-service.

Pendant ce temps, le navire continue de faire route vers la Nouvelle-Orléans. Le docteur Scott poursuit ses tests pour élaborer un remède contagieux.

Suite à l'attaque subie par les navires sur les côtes de la Nouvelle-Orléans, l'équipe Cobra se rend sur place afin d'aider au mieux la population et les blessés.

Pendant ce temps, l'équipage du Nathan James tente de comprendre comment Sean émet ses messages de propagande contre la Navy et d'où. Bien décidé à ne pas laisser les Américains se faire manipuler, le Président enregistre un message divulguant toute la vérité...

Après l'assaut vécu sur la plateforme pétrolière, Chandler est plus décidé que jamais à en finir avec les frères Ramsey. Afin de retrouver et couler le sous-marin, il ordonne qu'un sonar de fortune soit reconstitué et Valerie réussit à se reconnecter au réseau Valkyrie. Suite à cela, avec son équipe, il élabore un plan.

Au même moment, le Président, le docteur Scott, les enfants-soldats et le vaccin sont débarqués pour leur sécurité...

L'USS Nathan James transmet en boucle à la population américaine un message du Président divulguant toute la vérité sur la situation et les invitant à se réunir dans certaines villes où le navire accostera prochainement afin de recevoir le vaccin. Le docteur Scott fait de chaque membre à bord un vecteur de transmission du remède.

Au même moment, la Navy est toujours à la recherche de Kevin McDowell, un des premiers lieutenants de Ramsey, en fuite...