Chandler en zijn gehavende team bundelt zijn krachten met een ondergrondse rebellengroep, in de hoop Amy Granderson te verslaan. Rachel blijft proberen de zieken te helpen, ondanks dat ze nog steeds een gevangene is. Sidney en de crew probeert controle over het schip terug te krijgen.

De Nathan James keert terug naar Norfolk. Chandler stuurt zijn bemanning er op uit om hun eigen familie en vrienden terug te vinden.

De bemanning van de Nathan James komt er achter dat het ziekenschip USNS Solace naar zee werd gestuurd om te wachten op het geneesmiddel van Dr. Scott. Kapitein Chandler ziet de mogelijkheid om zijn vloot uit te breiden. Ondertussen zoekt Rachel naar een beter lab om het geneesmiddel te repliceren. Wanneer het ziekenschip niet reageert op radiocommunicatie besluit Chandler aan boord te gaan met een team. Daar komen ze oog in oog te staan met een onverwachte vijand.

Chandler en zijn bemanning nemen het op tegen onderzeeër, onder leiding van Britse officieren, met nucleaire wapens.

Chandler volgt zijn nieuwe vijand naar Florida. Ondertussen ontdekt Rachel een nieuwe formule, die haar mentor, Dr. Hunter, ontwikkelt heeft.

Slattery heeft moeite met het ontwijken van de onderzeeër. Ondertussen infiltreren Chandler en zijn mannen een gebouw waar de vijand zich bevindt.

Rachel schakelt de hulp in van Niels, haar vijand, om verder te werken aan de nieuwe formule. Chandler houdt zich ondertussen bezig met de gehersenspoelde Michener.

Terwijl Dr. Scott op het randje staat van een doorbraak, gaan Chandler en zijn bemanning aan land om de benodigdheden voor haar lab te verzamelen.

Rachel werkt aan een verbeterde versie van het geneesmiddel, terwijl Alisha een bericht op een gevonden telefoon ontrafelt.

Een bericht wordt verspreid die de marine in een kwaad daglicht zet. Chandler doet er alles aan om het bericht te onderscheppen en het vertrouwen van het Amerikaanse volk terug te winnen.

De Nathan James zit gevangen tussen de onderzeeër en blokkades die zijn opgezet door de groep die immuun is voor het virus.

Terwijl een kleine groep mensen die immuun zijn voor de ziekte zich blijven verzetten, roept Chandler overlevenden op om zich te verzamelen bij de havens zodat het geneesmiddel kan worden toegediend.