챈들러는 소수의 부하와 함께 지하 저항군과 손잡고 에이미 그랜더슨에게 맞선다. 포로로 잡힌 레이철은 감염자들을 돌보려 노력하고, 슬래터리를 비롯한 승무원들은 배를 탈환하고자 애쓴다.

슬래터리를 비롯한 네이선 제임스함의 승무원들은 시간에 쫓기는 가운데 토펫 박사를 살리고 배를 탈환하고자 애쓴다.

네이선 제임스함은 치료제를 대량 생산하고 전파하는 임무를 띠고 노퍽으로 돌아온다. 자신의 가족을 배에 태운 챈들러 함장은 선원들을 보내 각자의 가족과 친구를 찾아보게 한다. 과연 누가 가족을 만날 수 있을까? 가족을 만나면 돌아올 수 있을까?

네이선 제임스함 선원들은 레이철 스콧 박사의 치료제를 기다리며 출항한 병원선 솔러스함을 발견한다. 챈들러 함장은 이 기회에 새 배를 확보하려 하고, 레이철은 백신을 생산할 더 좋은 연구실을 기대한다.

챈들러 함장과 선원들은 소수의 솔러스함 생존자와 힘을 합쳐 위험한 적에게 맞선다. 적은 핵잠수함으로 무장한 영국 해군 탈영 장교, 숀 램지와 네드 램지 형제. 슬래터리 부장은 병원선에서 나포한 용병을 신문해 잠수함의 정체와 목적을 알아내려 한다.

챈들러는 연구소를 파괴한 자들을 향해 복수심을 불태우며 면역자들을 쫓아 플로리다주 북부로 향한다. 한편 레이철은 은사인 헌터 박사가 면역자들에게 살해당하기 직전까지 완성하려 한 백신의 구조식을 알아낸다.

슬래터리 부장이 잠수함을 피하려 애쓰는 동안, 챈들러와 상륙대는 면역자 구역에 잠입한다. 대니는 네드의 잡부인 척 행동하다 닐스라는 이름을 듣는다. 최초감염자인 닐스가 램지 형제를 위해 일하고 있었던 것이다.

헌터 박사의 백신 제조법을 여전히 알아내려 하는 레이철은 숙적인 닐스 소런슨이 네이선 제임스에 탔다는 소식에 신경이 날카로워진다. 한편 챈들러 함장은 램지 일당에게 세뇌된 미치너를 포섭하고 정보를 입수하려 한다.

레이철 스콧 박사가 백신 분무화라는 고지를 눈앞에 둔 가운데, 챈들러와 대원들은 필요한 여러 물자를 찾고자 상륙한다. 한편 레이철은 살포형 치료제를 만들기 위해서 인류를 멸종시킬 뻔했던 과학자인 닐스의 협조가 반드시 필요하다.

레이철은 새 치료제를 만들고자 노력하고, 얼리샤는 육지의 면역자들에게서 입수한 휴대전화에서 메시지를 발견해 해독한다. 미치너에게서 새로운 정보를 얻어 뉴올리언스로 향하는 네이선 제임스함은 면역자 세력이 준비해 둔 뜻밖의 무서운 선물을 받는다.

면역자의 네트워크를 구축한 인물을 찾아냈지만, 네이선 제임스함은 면역자의 선단의 봉쇄망에 갇히고 만다. 챈들러는 슬래터리 부장을 보내 스콧 박사와 치료제를 육지로 대피시키고, 바야흐로 네이선 제임스함은 잠수함과 운명의 결전을 치르게 된다.

네이선 제임스함은 사전에 지정한 항구에서 치료제를 전달하겠다며 민간인들의 참여를 호소한다. 하지만 잔존 면역자들은 여전히 치료제를 없애고 램지의 꿈을 실현하려 한다. 네이선 제임스함은 적을 물리치고 치료제를 퍼뜨리는 데 끝내 성공할 수 있을까?