Chandler cerca di radunare i pochi uomini che ha a disposizione per riprendere il controllo della nave e sconfiggere Amy Granderson. Rachel nonostante sia prigioniera fa del suo meglio per aiutare i malati. Chandler trova in Thornwald un alleato inaspettato.

Chandler e Thornwald prendono d’assalto il quartier generale di Granderson, l'equipaggio della Nathan James è in una corsa contro il tempo per salvare la vita della dottoressa Tophet.

La Nathan James raggiunge Norfolk, Chandler da la possibilità ad alcuni membri dell’equipaggio di cercare i propri familiari. Niels si unisce ad un gruppo di sopravvissuti naturalmente immuni che si vedono come i veri "eredi della Terra".

La scoperta di una nave ospedale nel mare porta Chandler ad avvicinarla per cercare attrezzature per il laboratorio della dottoressa Scott, ma la nave è stata abbordata da mercenari armati alla ricerca della cura.

Dopo la battaglia sulla nave ospedale, la Nathan James deve affrontare un sottomarino a propulsione nucleare guidato ufficiali della marina inglese. Nel frattempo, Slattery interroga un mercenario per saperne di più sul gruppo contro cui hanno combattuto.

Molti laboratori scientifici per la ricerca della cura sono stati distrutti dagli Immuni che vengono localizzati al nord della Florida. Mentre Chandler continua la caccia al sommergibile, Rachel prova a completare il lavoro del suo mentore per la creazione di una versione in polvere della cura.

Chandler ed alcuni membri dell’equipaggio si infiltrano sotto copertura tra gli Immuni per riportare a bordo della nave Jeff Michener, il Presidente degli stati Uniti. Nel corso della missione scoprono che Niels sta cercando di diffondere il virus. Nel frattempo Slattery lotta per sfuggire al sottomarino.

Chandler prova a portare dalla sua parte Michener, convinto dagli Immuni che l’equipaggio della Nathan James lavora per diffondere il virus contro i cittadini americani. Rachel continua a lavorare sulla formula ma è turbata dalla presenza di Niels sulla nave.

Chandler e parte dell’equipaggio vanno alla ricerca di materiale utile al laboratorio di Rachel ma si imbattono in un gruppo di Immuni e mercenari; nel frattempo Rachel si rende conto che per realizzare una cura in polvere ha bisogno dell’aiuto di Niels.

Sean Ramsey trasmette un messaggio dove accusa la Marina di essere la causa di un attacco a dei civili; Chandler tenta di riconquistare la fiducia del popolo americano; dalla Nathan James viene individuata la sorgente del segnale degli Immuni, una misteriosa piattaforma petrolifera nel cuore dell'oceano.

La Nathan James è intrappolata tra il sottomarino ed un blocco dei civili Immuni; Chandler allontana Rachel e la cura della nave per metterli sotto la protezione di Slattery. Tra la Nathan James e il sottomarino di Ramsey inizia la battaglia finale.

La Natham James fa appello a tutti i civili affinché si radunino nei porti per ricevere la cura, nel frattempo alcune fazioni degli Immuni continuano a combattere la cura. A St. Louis, nel Missouri, la nave viene accolta da una folla enorme, l'equipaggio diffonde la cura via aerosol come previsto e Mitchner presta giuramento come Presidente. Il capo degli Immuni viene catturato e la Dottoressa Scott viene ferita nella hall di un albergo.