Komandor Tom Chandler dowodzi załogą USS Nathan James w Arktyce. Wkrótce okazuje się, że ludzkość zdziesiątkował tajemniczy wirus. Zdobyte podczas misji próbki mogą pomóc w opracowaniu szczepionki.

Chandler i jego załoga kierują się do zatoki Guantanamo w poszukiwaniu pożywienia, leków i paliwa. Jeden z zespołów wpada w pułapkę zastawioną przez byłych więźniów.

Kilka dni po wydarzeniach w Guantanamo Chandler i jego załoga muszą naprawić napęd okrętu. Ryzyko utraty wyników badań, brak snu oraz wody stanowią nie lada wyzwanie dla dowódcy i jego podwładnych.

Rachel jest bliska wynalezienia szczepionki. Chandler dowodzi ekspedycją w głąb dżungli w Nikaragui w celu pobrania próbek wirusa od małp. Jego oddział natyka się na bezwzględnego barona narkotykowego.

Po powrocie oddziału Chandlera z Nikaragui na okręcie wybucha panika. Kapitan Danny Green zapada na tajemniczą chorobę, którą mógł wywołać wirus. Członkowie załogi tracą wiarę w Rachel i jej badania.

W pobliżu Jamajki USS Nathan James odbiera sygnał SOS. Chandler i Tex ruszają z pomocą, ale akcję ratunkową komplikuje niespodziewany atak. Załoga próbuje odnaleźć dowódcę, zanim zrobią to wrogowie.

Pod nieobecność Chandlera okrętem dowodzi Slattery, który stoi przed sporym dylematem – ratować świat czy pomagać przyjaciołom w potrzebie, narażając całą misję na niepowodzenie.

Rachel i Chandler szukają sześciu ochotników, którzy poddadzą się eksperymentalnej kuracji nowo powstałą szczepionką. Tymczasem w Ameryce żona i ojciec Chandlera zaciekle walczą o przetrwanie.

W ostatnim odcinku Chandler i jego załoga wracają do Stanów Zjednoczonych, gdzie trwa walka o przywrócenie porządku publicznego. Chandler rusza na pomoc umierającym członkom rodziny.