Sulla Terra è scoppiata un'epidemia globale che ha ucciso l'80% della popolazione. A bordo di una nave da guerra americana la dottoressa Scott è l'unica in grado di creare un vaccino, essendo riuscita a trovare il ceppo primordiale del virus. Il capitano Chandler decide allora di non tornare sulla terraferma ma di proseguire per mare alla ricerca di cibo e carburante.

Quincy è costretto a consegnare Rachel e il virus primordiale a Ruskov perché il russo gli ha rapito moglie e figlia, ma viene bloccato. Intanto, grazie al sacrificio di due uomini, Chandler scopre di poter uscire dal porto attraverso un vecchio canale che presenta, però, una barriera corallina. L’idea è di fingere di accettare il ricatto di Ruskov per spianarsi la via d’uscita.

La dottoressa Rachel, col fondamentale aiuto di Quincy, riesce a mettere a punto un prototipo di vaccino. Ma a bordo scoppia un incendio che rende inutilizzabili i motori; ne segue la mancanza di energia elettrica e l’impossibilità di usare i sistemi di desalinizzazione, inoltre i campioni di laboratorio devono stare a una temperatura costante di 5 gradi. Un’ingegnosa trovata del Tenente Chung risolve il problema, ma resta quello della mancanza di acqua. Quando ogni speranza sembra scemare, ecco all’orizzonte l’approdo della salvezza.

Una squadra guidata da Chandler si inoltra nella giungla a caccia di scimmie per la dottoressa Scott. Ma gli uomini della squadra cadono in un'imboscata e finiscono nelle mani di "El Toro", un ambiguo personaggio che con la forza tiene sotto scacco una comunità di persone ancora non infettate dal virus.

La dottoressa porta avanti gli esperimenti sulle scimmie, ma continua a fallire. Intanto sulla nave, alla luce di queste notizie, serpeggia il dubbio e lo scontento. A complicare le cose Danny si ammala mentre le cose continuano a precipitare finché il gruppo dei sedici che hanno concluso la leva chiede di andarsene.

La Nathan James va in soccorso di una ragazza non contagiata dal virus, rimasta da sola su un peschereccio. Durante l'operazione di recupero, i gommoni vengono attaccati dai russi, e Chandler e Tex finiscono dispersi in mare. La ragazza si rivela essere geneticamente immune e questo permetterà alla dottoressa di creare il vaccino. Chandler e Tex, però, finiscono nelle mani dei russi.

Il Capitano Chandler e Tex sono prigionieri sull'incrociatore lanciamissili russo. Per liberarli, l'Ammiraglio Ruskov chiede in cambio la Dottoressa Scott e i campioni con i risultati del suo lavoro. Rachel, nel frattempo, è riuscita a mettere a punto un vaccino efficace grazie a Bertrise e si offre di consegnarlo personalmente a Ruskov. Una volta a bordo riesce a passare un messaggio al Comandante Chandler avvertendolo della missione di salvataggio partita al comando di Danny. La Dottoressa si trova nel laboratorio a tu per tu con il cosiddetto paziente zero, lo scienziato Niels responsabile della morte di miliardi di persone per aver "armato" il virus unendolo al proprio DNA. Chandler e Tex riescono a fuggire unendosi alla squadra mentre punti vitali della nave vengono minati. Chandler riesce a portare via con sé la moglie e la figlia di Quincy, ostaggi nelle mani di Ruskov. Alla fine riescono a fuggire e solo sull'imbarcazione si rendono conto che Cossetti è stato ferito mortalmente. Sulla nave russa si susseguono le esplosioni e nel pandemonio che regna il Dottor Niels, portatore sano del micidiale virus, fuggito dal reparto isolato, si aggira indisturbato diffondendo sulla nave il morbo letale.

Alla dottoressa servono sei volontari per fare un nuovo tentativo nella ricerca del vaccino. Chandler pensa di proporsi come volontario, ma Jeter lo ha già anticipato. Purtroppo uno di loro non ce la farà, ma quando sembrerà che anche gli altri cinque faranno la sua fine, arriva una notizia decisiva. Intanto sulla terraferma la moglie del capitano Chandler si trova nascosta in una baita di montagna con figli e nonno, ma alla ricerca di alcuni elementi per la radio, verrà in contatto con un infetto senza rendersene conto. Quale sarà ora il suo destino?

La Nathan James e il suo equipaggio tornano a casa, per cercare un laboratorio sicuro sulla terraferma, in cui la dottoressa possa creare il vaccino su larga scala, e il Centro di malattie infettive di North Folk sembra il luogo ideale. Ma una ricognizione tramite satellite dà all'equipaggio una terribile notizia: ogni cosa di questo laboratorio è stata distrutta. Intanto la famiglia del capitano Chandler, ormai infetta, viaggia verso Olympia, dove si dice abbiano cure in grado di tenere in vita i malati. Un messaggio di uno dei pochi rappresentanti del governo sopravvissuti, la signora Granderson, li convince a sbarcare a Baltimora, dove è in atto uno scontro feroce tra i Signori della Guerra e le forze governative. Ma la realtà è molto diversa da come appare…