Toby en Happy willen net op huwelijksreis gaan, als ze terug worden geroepen in verband met een noodgeval in Noorwegen. Een gedetineerde waarschuwt het team voor een naderende natuurramp door uitlekkend metaangas

Het team probeert een zwanger hert te redden dat is neergeschoten door een stel stropers. Happy en Toby bespreken de toekomst van hun familie.

Team Scorpion zoekt wanhopig naar een geschikte advocaat voor Cabe, maar zonder succes. Sylvester heeft echter al een besparingsidee. Paige wil meer tijd alleen doorbrengen met Walter, dus vraagt ​​ze beleefd aan Happy om hen hun privacy te gunnen. Als het team een ​​kernwapen voor de luchtmacht moet veiligstellen, komen de twee vrouwen opnieuw met elkaar in botsing. Happy maakt dan een ernstige fout die het hele team in gevaar brengt.

Team Scorpion maakt deel uit van een technologiecongres waar de nieuwste technologische hoogtepunten worden gepresenteerd. Maar plotseling wordt er geschoten en gijzelen vier gemaskerde mannen alle aanwezigen, inclusief Walter en Paige. De gangsters plannen een bankoverval met behulp van de nieuwe software van Richard Elia. Maar er is een cruciaal addertje onder het gras: Elia loopt achter in de ontwikkeling en tot nu toe bestaat noch de software, noch de bank.

Team Scorpion zit nog steeds in geldnood en is dan ook blij met elke nieuwe bestelling. Dit keer hebben ze te maken met Dave Blakely, die het bestaan ​​van een geest aan boord van de Queen Mary I wil bewijzen. Op het schip produceert hij momenteel een aflevering van de tv-serie “Ghost Catchers”. Vooral Walter staat uiterst sceptisch tegenover de zaak. Niettemin jagen hij en de anderen op de vermeende geesten. Het team stuit echter op een veel groter probleem.

Een apparaat dat een nucleaire meltdown kan voorkomen, is in de riolering belandt en het is aan team Scorpion om het te vinden. Daarnaast hebben ze ook nog te maken met een nieuwe huurder in het kantoor naast hen.

Het team gaat naar een renaissance fair, maar de feestvreugde is van korte duur wanneer een groep een bewijskluis van de politie probeert te beroven. Walter wordt ondertussen moe van Paige, die hem op alle fouten van het festival wijst.

Tijdens Thanksgiving sluit de nieuwe buurman van Team Scorpion, Florence, zich aan bij hen op een missie om een drijvend afvaleiland te vernietigen, maar door haar gebrekkige bijdrage belanden zij, Walter en Happy achter op het snel ontbindende eiland.

Terwijl het proces van Cabe boven Team Scorpion hangt, gaat een eenvoudige reddingsactie een heel andere kant op dan gedacht. De vader en dochter die ze uit het nabij neergestorte vliegtuig redden, blijken drugskoeriers te zijn. Ook helpt Paige Walter bij het navigeren van zijn gevoelens over de mogelijke toekomst waarbij Cabe de gevangenis in moet.

Terwijl Team Scorpion met spanning wacht op het vonnis van Cabe's proces dat hem naar de gevangenis zou kunnen sturen, richten ze zolang hun nerveuze energie maar op het redden van een hond die vastzit in een waterbassin.

Walter besluit kerstavond alleen door te brengen. Hij gaat liever werken dan tijd doorbrengen met zijn vrienden. Op een gegeven moment valt hij van de trap, waardoor hij buiten bewustzijn raakt. Terwijl hij bewusteloos is, heeft hij een droom waarin Team Scorpion nooit heeft bestaan.

Team Scorpion wordt opgesloten in een kunstmatig intelligente doemsdag-bunker die het gemunt heeft op hun levens. Tot overmaat van ramp moet Toby samenwerken met zijn aartsvijand, Quincy Berkstead, en diens vrouw, Amy, Toby's ex-verloofde.

Door een magnetische storm is de stroom uitvallen in Los Angeles en Team Scorpion moet een piloot en zijn vriendin helpen die verdwaald zijn boven de Stille Oceaan zonder navigatie- of radiocontact.

Team Scorpion repareert een kerncentrale in Mexico, als een aardbeving in de omgeving een tsunami veroorzaakt. Het team moet voorkomen dat de tsunami de kerncentrale treft. Ook helpt Toby zijn ex-verloofde om haar gestolen identiteit terug te vinden.

Wanneer een helikopter op een wolkenkrabber stort, moet Team Scorpion een dokter en een piloot redden. Intussen wachten Happy en Toby op nieuws over hun vruchtbaarheidstest en realiseert Sylvester zich dat hij misschien gevoelens heeft voor Florence.

Tijdens een klus om het ontstaan van een zwart gat te voorkomen, worden de mentale vermogens van Team Scorpion aangetast. De genieën van het team veranderen in dommeriken, waardoor Paige de wetenschap voor hen moet vereenvoudigen.

Team Scorpion loopt per ongeluk in op een bankoverval en wordt daardoor gegijzeld door de overvallers. Sylvester krijgt steeds meer gevoelens voor Florence.

Team Scorpion gaat naar het moeras om een alligator op te sporen zodat ze een dodelijke virus tegen kunnen gaan. Paige leert Walter het concept van een leugentje om bestwil en Toby moet Cabe's leven redden.

Het team wordt uitgedaagd voor een softbalwedstrijd, waar alle toekomstige contracten op het spel staan. Om te winnen moeten ze hun hoge IQ's gebruiken. Walters geheime avondje uit met Florence zorgt voor spanning bij Toby en Happy.

Walter voelt zich schuldig omdat hij Paige niet heeft verteld dat hij met Flo naar een lezing is geweest. Op de vlucht terug van Hawaï naar L.A. zien Sylvester, Cabe, Paige en Ralph een vrouwelijke Marshall aan boord. De vrouw registreert radiosignalen van de goederenschacht en kan een bom als mogelijke trigger niet uitsluiten. Ondertussen heeft Ralph andere zorgen: Patty lijkt niet in hem geïnteresseerd.

Team Scorpion begint aan de lange reis naar Afrika om Sylvester's vriend te helpen. Hij woont in een klein dorp waarvan de leider ernstig ziek is. Hij vertrouwt op een beademingsapparaat op benzine. De benzinevoorraad is echter vrijwel uitgeput en de voorraden kunnen alleen via een gevaarlijke route door een mijnenveld worden verkregen. Het team heeft dus niet alleen een mijndetector nodig, maar ook een tank om levend terug te keren naar het dorp.