刑務所内で気候変動のデータからメタン噴出による数日内の地球上全生物の絶滅を予見したマーク・コリンズが連絡をよこす。コリンズは噴出位置を教えずにチームと同行することを要求し、チームはノルウェーで地震による氷の裂け目を探す。ウォルターとペイジは二人の新しい関係が仕事に与える影響に戸惑う。自分の死を告知する誤報に書かれた生涯の要約に、何の特筆もないことでシルヴェスターは落胆する。

チームはロシア軍幹部のための保養施設からヘリコプターと必要な化合物を盗み出し、雪を降らせてメタン噴出を遅らせる。コリンズはケイブを騙して逃げ、ケイブの逮捕を招く。

スコーピオンはケイブの保釈金を工面したため、アフリカでサイの密猟の取り締まりを引き受ける。密猟者に撃たれた妊娠中の希少種の鹿を見つけ、胎児のために人工子宮を作って母子を救う。ラルフは衛星電話のネットワークを解読して密猟組織を解明する。ラルフはシルヴェスターの下で議員インターンをしているパティに恋をする。

ペイジはハッピーを交えずウォルターと二人だけの時間を欲しがって、ハッピーはわだかまりを持つ。スコーピオンは古い核ミサイルの処理を請け負うが、ハッピーのミスで燃料が漏れてしまい、核爆発の危険が迫る。燃料漏れを止めることに失敗するが、故意に爆発を起こして弾頭を発射して無人地帯に落とす。核弾頭が起動してしまうが、ハッピーが解除する。シルヴェスターは科学クラブの予算を確保する方法を見つけ、自らケイブの弁護士になる。ハッピーは子供を欲しい気持ちに目覚める。

スライが弁護士試験を受ける間、他のメンバーはハイテクショーに行く。覆面の男たちがショーをハイジャックし、エリアの金を狙う。スライが試験を抜け出してチームを助け、ケイブが犯人を制圧する。スライは合格する。

チームはクイーン・マリー号で幽霊現象を調べるドキュメンタリーの仕事を引き受けるが、ウォルターはバカにして居残る。無人船を誘導するアンテナが原因であることがわかるが、アンテナの故障によりガスを搭載した無人船が製油所に衝突しそうになる。ウォルターは無人船に乗り込み、チームは船のソナーに大音響をあてて船を停止させる。ケイブは裁判のことを心配する。

スコーピオンの隣に化学者のフローレンス(フロー)が引っ越してきて、騒音に文句を言う。MI6のジェマの依頼で、チームはイギリスのレーザー衛星の制御をテロリストから取り返そうとする。衛星は核施設を狙い、ロスは核汚染の危機に陥る。制御は取り戻されるが、衛星は別の国のものであったことがわかり、ウォルターは衛星の軌道を外宇宙に向ける。

スライはケイブの裁判で弁護士を務めるがうまくいかない。チームはスライの誕生日を祝って、仮装してルネサンス祭りに出席する。ギャングが停電を起こして付近の警察の証拠品倉庫に侵入し、ボスの有罪の証拠を盗み出そうとする。チームは祭りに集まったヲタクたちとともにギャングを倒す。

感謝祭の日、チームは洋上のプラスティックごみを処理するために、フローの結合剤を使うが、毒性のクラゲを大量に引き寄せてしまう。船のエンジンはかからず、船体に穴があき、フローは海に落ちてクラゲに刺されて重体となる。ウォルターは危険を冒してフローを救う。トビーはケイブの心の傷を治療する。

スコーピオンはニューメキシコで山あいの岩をどかす作業を済ませ、引き返そうとしていた。そんな時、セスナ機が墜落する。メンバーたちは墜落現場に急行。するとそこにはフランクと負傷した娘のジェシーがいた。

ケイブの裁判当日、スコーピオンのメンバーたちは緊張を隠せない。ケイブはみんなとの別れを惜しみつつ裁判所へ入る。ケイブが有罪となれば、そのまま収監されてしまうため、メンバーたちとは会えなくなるのだ。

クリスマスの日を迎えた。プライベートなクリスマスを過ごしたいメンバーたちだが、ウォルターだけはスコーピオンの財政のためにイヴも仕事を受けると言う。しかし、メンバーたちはそれぞれ休暇を過ごすことに。

セーフコープ・サバイバルは世界滅亡に備えた地下バンカーを販売する会社だ。スコーピオンはその社が作ったバンカーのセンサーや認証システムの検査を依頼されるが、ある事情でトビーはメンバーから外される。

突然、停電が起こり、空全体が緑色の光に包まれた。何とオーロラが発生。南カリフォルニアを太陽風が襲ったのだ。太陽風を受けると街中の電気系統や通信機能が影響を受け、麻痺状態になってしまう。

今日はバレンタイン・デーだが、ペイジはインフルエンザにかかってせっかくのディナーに行けそうにない。ウォルターはそんなペイジを看病しつつ、チョコや花束など教科書どおりのバレンタイン・ギフトを贈る。

スコーピオンは、コロラド州の地下にある物理学研究所で粒子衝突型加速器の検査をすることになった。地下3キロ近い場所にあるラボは長時間滞在すると脳に支障をきたすため、制限時間は4時間しかない。

トビーとハッピーの不妊治療実施日。ウォルター、トビー、ガロは完璧に時間を計算してクリニックへ向かう。しかし、ウォルターが途中で銀行の窓口へ寄ると言いだす。仕方なく銀行に寄ると、大変なことが起きていた。

ニューオーリンズ界隈で蚊が媒介するウイルスが流行しており、高い死亡率が報告される。そこでスコーピオンはパンデミックを防ぐための手立てを打診され、遺伝子操作によって無精子症の蚊を作ろうとする。

スコーピオンのもとにケイブの上司・カーソンがやってきて、「連邦政府ソフトボールリーグ」に出場し、カーソン率いる「国土安全保障省チーム」と試合をしろと言う。しかし、メンバーたちは何も用意ができていない。

ペイジ、ケイブ、シルヴェスター、ラルフは、シルヴェスターの浄化フィルターをハワイの軍に売り込むため現地へ向かう。だが、ハワイからの帰りの飛行機で異常が生じる。車輪格納部に少年が隠れて乗っていたのだ。

シルヴェスターのペンパル・アレックスが住むアフリカの村が、過激派の攻撃を受けそうになった。過激派と交渉可能な長老は人工呼吸器で生きながらえているが、呼吸器の燃料を入手するには地雷原を通る必要があった。