Walter i jego towarzysze muszą nawiązać współpracę z dawnym wrogiem - Markiem Collinsem. Tylko w ten sposób mogą zapobiec zagładzie ludzkości. W międzyczasie O'Brien i Paige niezdarnie próbują odbudować łączące ich relacje.

Zespół O'Briena wciąż kontynuuje trudną współpracę z Markiem Collinsem. Geniuszom zależy na ocaleniu ludzkości. Tymczasem podjęta w ostatniej chwili przez Cabe'a decyzja może doprowadzić do zakończenia jego błyskotliwej kariery.

Kłusownicy chcą zabić ciężarną przedstawicielkę zagrożonego gatunku jelenia. Zespół Waltera odbudowuje macicę zwierzęcia, by uratować matkę i dziecko. Tymczasem Happy i Tobby rozmawiają o przyszłości swojej rodziny.

Zespół Waltera uczestniczy przy rozbrajaniu starego pocisku nuklearnego. Kiedy dochodzi do wypadku, drużyna Skorpiona zostaje poddana działaniu toksycznych oparów. Mimo to geniusze muszą dokończyć swoją misję, by zapobiec detonacji. Tymczasem Paige rozmawia z Happy na temat wtrącania się w jej relację z Walterem.

Członkowie drużyny Skorpiona zostają wzięci jako zakładnicy przez grupę hakerów usiłujących przeprowadzić wirtualny atak podczas konferencji technologicznej. Geniusze muszą przechytrzyć złoczyńców, używając do tego prezentowanych podczas wykładów technologii.

W Halloween zespół O'Briena angażuje się w rozwikłanie sprawy paranormalnej aktywności na liniowcu Queen Mary. Ostatecznie uwagę informatyków przyciąga ryzyko realnej katastrofy, gdy odkrywają pędzący w ich kierunku statek widmo. Walter, by poprawić swoje relacje z Paige, postanawia poświęcić więcej uwagi zainteresowaniom partnerki.

Trwają poszukiwania urządzenia, dzięki któremu można powstrzymać katastrofę nuklearną. Tymczasem Walter uczy się rozmawiać z Paige, tak by nie zasypywać ukochanej radami. Geniusze poznają nową sąsiadkę, Florence. Kobieta postanawia ukarać ich za hałasowanie. Wpuszcza do wspólnego systemu wentylacji cuchnącą substancję.

Walter i jego przyjaciele udają się na festiwal nawiązujący tematycznie do epoki renesansu. Zabawa dobiega końca, gdy gang rabusiów usiłuje obrabować policyjny magazyn dowodów rzeczowych. Zachowanie O'Briena irytuje jego wybrankę serca.

W Święto Dziękczynienia geniusze jednoczą siły z nową sąsiadką, Florence, by wspólnie zniszczyć dryfującą po morzu górę śmieci. Niestety, przez nieudolność nowej kompanki, kilku członków zespołu zostaje uwięzionych na błyskawicznie rozpływającej się wyspie. Tymczasem Toby współpracuje z Cabe'em z nadzieją, że w końcu wyjaśni okoliczności śmieci ojca.

Informatycy ze Skorpiona przeżywają proces Cabe'a. Zestresowani zaistniałą sytuacją popełniają błąd, gdy postanawiają ruszyć z pomocą ofiarom katastrofy lotniczej. Tymczasem Paige próbuje pomóc ukochanemu uporać się z negatywnymi emocjami.

Geniusze z przerażeniem oczekują na wyrok w procesie Cabe'a. Mężczyźnie grozi więzienie. Tymczasem muszą wyciągnąć z potrzasku psa, który utknął w cysternie.

Wigilia. Walter woli pracować, niż świętować z przyjaciółmi. Wkrótce spada ze schodów i uderza się w głowę. Pogrążony w śpiączce wkracza w świat snów, w którym zespół Skorpion nigdy nie istniał. Tam spotyka także swojego anioła stróża.

Burza słoneczna niszczy infrastrukturę elektryczną w Los Angeles. Tymczasem geniusze ze Skorpiona próbują pomóc nastoletniemu pilotowi i jego dziewczynie, którzy lecą nad Atlantykiem bez działających urządzeń nawigacyjnych i łączności radiowej. W powstałym chaosie Walter musi się także zająć grupą podopiecznych Ralpha, a Cabe usiłuje wyznać Allie miłość.

Nadciągająca fala tsunami może zniszczyć elektrownię atomową. Geniusze muszą zapobiec tej katastrofie. W międzyczasie Toby dyskretnie pomaga byłej narzeczonej w odzyskaniu jej skradzionej tożsamości.

Walentynki. Członkowie Skorpiona muszą pomóc lekarce i pilotowi uwięzionym w helikopterze, który rozbił się na dachu wieżowca. Tymczasem Toby i Happy czekają na wynik testów na płodność.

Genialni komputerowcy wskutek działania czarnej dziury tracą zdolność logicznego myślenia. Tylko Paige zachowuje przytomność umysłu. Florence i Sylvester pracują nad tajemniczym projektem.

Geniusze udają się do banku. Pech sprawia, że w budynku pojawiają się także bezwzględni złodzieje. Wkrótce Walter i jego przyjaciele zostają wzięci na zakładników. Tymczasem uczucie Sylvestra do Florence staje się coraz mocniejsze.

Komputerowcy udają się na bagna, by wytropić aligatora i powstrzymać zarazę roznoszoną przez komary. Wkrótce Cabe zostaje postrzelony przez Waltera strzałą z grotem nasączonym środkiem uspokajającym. Toby ratuje go z opresji. Tymczasem Sylvester i Ralph pomagają Patty rozwiązać problem z prześladującymi ją w szkole dziewczynami.

Ekipa uczestniczy w meczu, na który wzywa ich sekretarz bezpieczeństwa krajowego. Od wyniku gry zależy współpraca komputerowców z przedstawicielami rządu. Wypad Waltera i Florence niepokoi Toby'ego.

W komorze podwozia samolotu, którym podróżują geniusze Skorpiona odnaleziono wyziębionego chłopca. Tymczasem z pozoru niewinne kłamstewko Waltera wobec jego ukochanej zaczyna mu ciążyć na sumieniu.

Geniusze ruszają na pomoc rolnikom. By wykonać misję, przemierzają pola minowe w północno-wschodniej Afryce. Relacja Paige i Waltera komplikuje się, a Toby i Happy podejmują ważną dla siebie decyzję.