Toby und Happy wollen gerade in die Flitterwochen aufbrechen, doch ein dringender Einsatz in Norwegen hat Vorrang. Team Scorpion wird von Gefängnisinsasse Mark Collins über eine nahende Naturkatastrophe durch austretendes Methangas informiert. Die Crew macht sich sofort auf den Weg, um die Lage unter Kontrolle zu bringen. Der Häftling soll ihnen dabei mit Rat und Tat zur Seite stehen, was sich jedoch als äußerst schwierig erweist. Aber Collins ist nicht ihr einziges Problem.

Noch immer überlegt Team Scorpion fieberhaft, wie sie in der Arktis die Löcher in der Eisdecke schließen und so eine weitere Ausbreitung eines giftigen Gases verhindern können. Walter entwickelt einen Plan, der jedoch drastische Mittel erfordert. Mit Hilfe eines russischen Helikopters und selbst hergestelltem Silberjodid soll es letztendlich gelingen, die Katastrophe rechtzeitig abzuwenden. Doch dafür müssen erst einmal die nötigen Zutaten beschafft werden.

Team Scorpion muss eine horrende Summe für Cabes Kaution aufwenden. Um wieder Geld in die Kasse zu spülen, organisiert Paige kurzerhand einen neuen Fall: Im Auftrag der „Wildlife Animal Guardians“ reist die Crew nach Bozatta, wo sie auf eine gefährliche Gruppe Wilderer trifft. Während Walter, Paige, Happy und Toby ein neugeborenes Rehkitz vor den Verbrechern in Sicherheit bringen, kümmern sich Adissa und Sly um das verletzte Muttertier. Doch dabei geraten sie in einen Hinterhalt.

Team Scorpion sucht händeringend nach einem geeigneten Anwalt für Cabe – jedoch ohne Erfolg. Allerdings hat Sylvester bereits eine rettende Idee. Paige will mehr Zeit mit Walter allein verbringen und bittet Happy daher höflich, ihnen ihre Privatsphäre zu gewähren. Als das Team für die Air Force eine Atomwaffe sicherstellen soll, geraten die beiden Frauen erneut aneinander. Happy unterläuft daraufhin ein schwerwiegender Fehler, der das gesamte Team in Gefahr bringt.

eam Scorpion ist Teil eines Technologie-Kongresses, bei dem die neuesten Technik-Highlights präsentiert werden. Doch plötzlich fallen Schüsse und vier maskierte Männer nehmen alle Anwesenden, darunter auch Walter und Paige, als Geiseln. Die Gangster planen einen Banküberfall mithilfe der neuen Software von Richard Elia. Doch die Sache hat einen entscheidenden Haken: Elia ist im Verzug bei der Entwicklung, und bisher existiert weder die Software noch die Bank.

Team Scorpion ist noch immer in Geldnot und daher froh über jeden neuen Auftrag. Diesmal bekommen sie es mit Dave Blakely zu tun, der die Existenz eines Geistes an Bord der Queen Mary I nachweisen will. Auf dem Schiff produziert er gerade eine Episode der TV-Serie „Geisterfänger“. Besonders Walter steht der Sache äußerst skeptisch gegenüber. Dennoch macht er mit den anderen Jagd auf die vermeintlichen Gespenster. Dabei stößt das Team jedoch auf ein viel größeres Problem.

Der britische Geheimdienst bittet Team Scorpion in einer dringenden Angelegenheit um Hilfe: Ein Hacker hat die Steuerung eines Satelliten übernommen, der mit Laserwaffen ausgestattet ist. Mithilfe eines entschlüsselten Codes kann das Team den Täter zwar schnell fassen, doch es gelingt ihm, den Laser per Fernsteuerung zu aktivieren und diese anschließend in der Kanalisation zu versenken. Es bleibt nur noch wenig Zeit, um die automatische Abschussvorrichtung auszuschalten.

Team Scorpion besucht ein Renaissance-Festival, um Sylvester einen unvergesslichen Geburtstag zu bereiten. Das Event findet in unmittelbarer Nähe eines Beweismittellagers der Polizei statt. Eine Motorradgang will ein Beweisstück aus diesem Lager stehlen und verletzt dabei einen Wachmann schwer. Als die Gangster nicht fündig werden, weiten sie ihre Suche aus und stürmen das Festivalgelände. Team Scorpion muss schnell handeln, um die Biker außer Gefecht zu setzen.

Team Scorpion hat vor Kurzem ein Mittel gegen das Müllproblem im Pazifik entwickelt. Hier treibt eine große Menge Plastik mit gefährlichen Chemikalien geradewegs auf die Westküste zu. Mithilfe eines neuen Bindemittels verschmelzen die Plastikteilchen zu einer Masse, die anschließend von Wachswürmern entgiftet werden soll. Doch der Plan geht nicht auf. Gemeinsam mit Nachbarin Florence machen sich Walter und sein Team auf, um das Problem ein für alle Mal aus der Welt zu schaffen.

Cabes Prozess steht bevor, und Team Scorpion legt sich mächtig ins Zeug, um das Urteil des Richters positiv zu beeinflussen. Weil die Verhandlung unter Ausschluss der Öffentlichkeit stattfindet, sucht Happy nach einem Weg, dem Geschehen vor Gericht dennoch folgen zu können. Dafür will sie neben der Überwachungskamera im Saal auch das Funkgerät des Gerichtsdieners hacken. Doch dann hören sie stattdessen den Polizeifunk ab und erfahren von einem Hund in Not.

Heiligabend steht vor der Tür, und das gesamte Team freut sich auf ein festliches Weihnachtsessen mit seinen Lieben – bis auf Walter: Um nach Cabes Prozess wieder Geld in die Team-Kasse zu spülen, will er unbedingt noch einen speziellen Auftrag erfüllen und bleibt dafür allein in der Werkstatt zurück. Als Walter unglücklich die Treppe hinunterstürzt und das Bewusstsein verliert, droht er zu verbluten. Dabei spielt sich vor seinem inneren Auge eine verrückte Geschichte ab.

Für den Fall eines Weltuntergangs hat die Firma SafeCorp einen Bunker gebaut. Der Zutritt erfolgt über eine spezielle Computersoftware, die von Team Scorpion getestet werden soll. Der Bunker selbst wird von einem Sicherheitssystem mit künstlicher Intelligenz gesteuert. Toby ist deprimiert, weil Florence die Truppe als Chemieexpertin begleiten soll, während er nicht mitkommen darf. Trotzdem schleicht er sich unerlaubt in den Luftschutzraum und gefährdet damit das gesamte Team.

Als ein gigantischer Sonnensturm für einen Black Out in der Metropolregion Los Angeles sorgt, bricht Chaos aus. Die gesammelte Expertise des Scorpion-Teams ist gefragt. So müssen sie etwa einem unerfahrenen Piloten, der mit seiner Freundin über dem Pazifik eine Runde drehte, bei der Rückkehr und Landung helfen. Derweil wartet auf Cabe im Privaten eine Herausforderung der besonderen Art.

Team Scorpion steht vor einer Naturkatastrophe ungeahnten Ausmaßes, die es zu verhindern gilt. Durch ein Erdbeben sind bei einem Kernkraftwerk einige kleine Risse entstanden, die sie reparieren müssen. Ein weiterer Erdstoß macht ihnen allerdings einen Strich durch die Rechnung – und damit nicht genug: Das zweite Erdbeben löst einen Tsunami aus. Doch wie soll das Team eine riesige Flutwelle aufhalten? Toby hilft unterdessen Amy, deren Identität gestohlen wurde.

Am Valentinstag sollten die Verliebten ihre Zweisamkeit genießen. Das gestaltet sich bei Walter und Paige jedoch schwierig, weil Paige mit einer Grippe im Bett liegt. Doch viel Zeit für die Liebe bleibt Team Scorpion sowieso nicht, weil sie ausrücken müssen, um einer Ärztin zu helfen. Diese ist mit dem Helikopter durch heftige Winde in ein Gebäude geflogen. Nun sitzen sie und ihr Pilot in der Maschine fest und können nicht zu ihrem in Lebensgefahr schwebenden Patienten gelangen.

Team Scorpion muss für seinen aktuellen Auftrag drei Kilometer ins Erdinnere reisen. Damit weitere Fördergelder freigegeben werden können, sollen Sylvester, Happy, Toby und Walter die aufgezeichneten Forschungsergebnisse des unterirdischen Labors überprüfen. Die Sache hat allerdings einen Haken: Die Bedingungen vor Ort haben extreme Auswirkungen auf die mentale Leistung der Crew. Das Team muss nach vier Stunden unter der Erde also erhebliche Einbußen ihrer Genialität hinnehmen.

Toby und Happy wünschen sich sehnlichst ein gemeinsames Baby und sind bereit, eine künstliche Befruchtung durchführen zu lassen. Dafür muss Toby lediglich seine Spermaprobe in die Befruchtungsklinik bringen. Das ist allerdings leichter gesagt als getan, denn auf dem Weg dorthin gerät er zufällig mit Walter in einen Banküberfall. Cabe will seine beiden Kollegen und die anderen Geiseln befreien, denn die Zeit drängt, wenn die Probe noch rechtzeitig in der Klinik ankommen soll.

Für die nächste Mission reist Team Scorpion nach New Orleans: In einem Sumpfareal vor Ort müssen sie Krankheiten übertragende Moskitos beseitigen. Doch dabei geht einiges schief, und so sehen sie sich bald mit einem Alligator konfrontiert, der das Gegenmittel für die Mückenplage verschluckt hat und anschließend auf Tauchstation geht. Bevor sie also die Moskitos vernichten können, müssen Toby & Co. erst einmal das Reptil einfangen.

Team Scorpion soll zum ersten Mal bei einem Firmen-Softballspiel antreten. Sie ersetzen das Team der CIA, das nicht antreten kann. Allerdings beeinflusst der Ausgang des Spiels die komplette Zukunft der Einheit: Denn wenn sie gewinnen, erhalten sie die doppelte Bezahlung für ihre Aufträge. Sollten sie aber verlieren, entzieht ihnen Homeland die Sicherheitsfreigabe und stürzt das Team so in den Ruin. Zu allem Übel werden Cabe und Walter in der Asservatenkammer eingeschlossen.

Walter hat ein schlechtes Gewissen, weil er Paige verschwiegen hat, dass er mit Flo zu einem Vortrag gegangen ist. Sylvester, Cabe, Paige und Ralph bemerken auf dem Rückflug von Hawaii nach L.A. einen weiblichen Marshall an Bord. Die Frau registriert Funksignale aus dem Frachtwerkschacht und kann eine Bombe als möglichen Auslöser dafür nicht ausschließen. Ralph hat derweil andere Sorgen: Patty scheint nicht an ihm interessiert zu sein.

Team Scorpion begibt sich auf die lange Reise nach Afrika, um Sylvesters Freund zu helfen. Der wohnt in einem kleinen Dorf, dessen Anführer schwer krank ist. Er ist auf ein Benzin betriebenes Beatmungsgerät angewiesen. Der Benzinvorrat ist allerding beinahe erschöpft und Nachschub kann nur über einen gefährlichen Weg durch ein Minenfeld beschafft werden. Das Team braucht also nicht nur ein Minensuchgerät, sondern auch einen Panzer, um wieder lebend im Dorf anzukommen.