Das Team Scorpion wird von der US-Navy gerufen, als ein anonymer Hacker die Kontrolle über zwei Kampfjets und vier Kriegsschiffe übernimmt und damit droht, die größten amerikanischen Städte zu zerstören. Die Spur führt ins bulgarische Sofia zu einem kriminellen Spielhallenbetreiber namens Skunk.

Cabe, Sly und Tim sind nach Bulgarien gereist und bekommen von Skunk die Adresse der Hackerbande. Als Gegenleistung verlangt Skunk von Cabe, sich das Mathegenie Sly „auszuleihen“, um von einem Chinesen, der ihm das Unterweltleben schwer macht, jede Menge verlorenes Geld zurückzugewinnen. Happy, Toby, Paige und Walter versuchen derweil, den Hackern per Gegen-Hacks die gekaperten Zerstörer und das U-Boot wieder abzunehmen.

Richard Elia hat sich von seinen Ingenieuren Walters frei zur Verfügung gestellten Raketenantrieb in seine Rakete einbauen lassen. Als ein Fehler auftaucht, macht sich Walter sogleich an die Reparatur. Dummerweise nimmt er dabei den Funkknopf aus dem Ohr und hört die Warnung seines Teams bezüglich eines Unwetters nicht. Ein Blitzeinschlag führt schließlich dazu, dass die Rakete unkontrolliert startet – mit ihm an Bord.

Während eines Schulausflugs im Museum ist Ralphs Freund Daniel plötzlich wie vom Erdboden verschluckt. Daniel hat nonverbalen Autismus und kann sich nur über ein Tablet verständigen. Der Söldnerring „S6“ benutzt in ebendiesem Museum einen Mülleimer als Übergabeort eines – identisch aussehenden – Tablets zur Steuerung intelligenter Munition; durch eine Verspätung bei der Übergabe kommt es zur Verwechslung zwischen Daniels Tablet und dem des S6.

Auf Team Scorpion wartet vor Halloween ein neuer Auftrag: Walter und seine Leute sollen ein Höhlensystem infiltrieren, um eine Fledermauskolonie davon abzuhalten, das Ökosystem in den USA zu zerstören.

Das FBI hat einen neuen Auftrag für Team Scorpion: Es gilt den „Penter“-Server, auf dem während der Wahl sämtliche Stimmen eingehen und der aus unerklärlichen Gründen immer langsamer wird, zu reparieren. Walter darf allerdings wegen versuchten Erschleichens der Staatsbürgerschaft nicht mitarbeiten und wird von Agent Hart bewacht. Der Rest des Teams stellt fest, dass der Server wegen ausgehenden – nicht eingehenden – Daten überlastet ist. Was steckt dahinter?

Das Team wird von Walters Eltern Sean und Louise zum Pattern Day – dem irischen Patronatsfest – nach Irland eingeladen. Dort soll für Megan, Walters verstorbene Schwester, ein Grabstein eingeweiht werden. Kaum angekommen, entdeckt Walter, dass mit dem nahegelegenen See etwas nicht stimmt. Das Wasser blubbert und tote Fische schwimmen auf der Oberfläche. Er vermutet, dass eine baldige „Explosion“ des Sees bevorsteht.

Inkognito und mit einem gefakten Immobilienbegutachtungsauftrag will Veronica an ihre Tochter Paige herankommen. Während Paige versucht, Auftrag und Mutter abzuwimmeln, entdecken Walter und Happy in der vermeintlich zu begutachtenden, ehemaligen Produktionshalle eines Filmmaterial-Herstellers einen geheimen Atomreaktor. Der steht kurz davor, zu explodieren.

Walter versucht mit allen Mitteln, Paige zurückzugewinnen – würde das seinen Freunden gegenüber aber niemals zugeben. Viel Zeit zum Baggern bleibt nicht mehr, denn Team Scorpion muss eine Frau retten, die mit ihrem Auto in einer gefluteten Teergrube versunken ist und nun zu ersticken droht. Die Mission gestaltet sich kompliziert, denn die Teergrube hat einige Besonderheiten, die auch Team Scorpion das Leben kosten könnten.

Team Scorpion will auf einer Hütte gemütlich Weihnachten feiern, daher hat Paige Computer- und Internetverbot erteilt. Als Walter und Tim im Wald nach einem passenden Bäumchen suchen, ist es mit der Ruhe allerdings schnell vorbei: Sie beobachten, wie Gangster einen Mann sein Grab schaufeln lassen. Dem Mann gelingt die Flucht, und es stellt sich heraus, dass er ein ATF-Agent ist, dessen Undercover-Einsatz aufflog. Einsatz für Team Scorpion!

Paige ist ziemlich sauer auf Walter, da Tim im Grunde wegen ihm den Job in Nahost angenommen hat. Doch der nächste Auftrag zwingt sie, mit Walter zusammenzuarbeiten: Scorpion soll im Auftrag der Regierung eine Pumpstation mitten in der Wüste prüfen. Doch dann kommt es zu einem Zwischenfall, bei dem Cabe schwer verletzt wird. Ein Rettungsteam braucht zu lange – also muss Scorpion Cabes Leben retten.

Das Team soll einen einfachen Auftrag auf einem Weingut ausführen. Doch die Kundin Lucinda spielt nicht mit offenen Karten: Sie entführt Cabe, Walter, Sylvester, Paige und Veronica und zwingt sie, für den diktatorischen Staat Norteguay täuschend echtes Falschgeld herzustellen. Weigern sie sich, müssen sie sterben. Während der eine Teil des Teams fieberhaft versucht, sich zu befreien, müssen Toby und Happy einem weiteren Handlanger Lucindas entkommen.

Ein unterirdisches Wasserleitungssystem hat ein Leck, das die Techniker nicht finden können. Daher wird Team Scorpion hinzugezogen. Bei der Untersuchung des Rohrsystems entdeckt Happy unzählige Mikrolecks, durch die Wasser ins Erdreich sickert und es aufweicht. Das Ergebnis dessen folgt prompt: Die Erde gibt nach, ein riesiges Loch entsteht. Das Silo einer nahegelegenen Dünger-Fabrik droht hineinzufallen und das Grundwasser zu vergiften.

Walter hat ein lukratives Angebot zu Gunsten einer Schatzsuche auf dem Ozean ausgeschlagen. Team Scorpion sticht mit zwei Booten und der Schatzsucherin Joan in See. Doch auf dem Schiff von Walter und Paige gibt es Probleme: Kurz bevor es explodiert, springen die beiden von Bord. Nun treiben sie im Ozean – ohne Funk und ohne ein Notsignal abgesetzt zu haben. Jetzt kommt es auf den Einfallsreichtum von Team Scorpion an.

Team Scorpion soll die Spionin Natalya Abelev aus Sardovien herausholen. Das Problem ist nur, dass Natalya als amtierende Titelverteidigerin an der in Kürze anstehenden Schachweltmeisterschaft teilnimmt und vom Staat daher streng überwacht wird. Also müssen sich Sly und Walter für die WM qualifizieren, um an Natalya heranzukommen und sie über ihr Vorhaben zu informieren. Das ist allerdings nicht die einzige Hürde, die sich Team Scorpion in den Weg stellt.

Im weltgrößten Saatbunker in Grönland ist die Kühlung aufgrund eines Computerfehlers ausgefallen. Team Scorpion soll den Fehler beheben, um das Saatgut zu retten. An sich kein schwerer Auftrag – allerdings hat sich im Bunker in der Zwischenzeit halluzinogener Mutterkornpilz gebildet, dem Cabe, Happy und Sly ausgesetzt sind. Alle drei erleben ihren ganz persönlichen Horrortrip, und die Mission droht zu scheitern.

Happy hat im Chat die Mechanikerin Ada kennengelernt. Als sie nicht auf Happys letzte Nachricht antwortet, macht Happy sie ausfindig und stellt fest, dass Ada in höchster Gefahr schwebt: Ein Baum ist auf ihr Haus gestürzt und hat eine Stromleitung abgerissen, die Funken schlägt. Adas Rettung wird zusätzlich durch den Umstand erschwert, dass sie auf Grund einer Immuninsuffizienz in einem sterilen Plastikzelt leben muss.

Ein gefährliches Virus breitet sich im Amazonas aus. Zunächst waren davon nur Affen bedroht, doch der Krankheitserreger ist nach einer Mutation nun auch für Menschen tödlich. Das Team reist in den Regenwald, um ein Gegenmittel zu finden. Nach einigen Tests stellt sich heraus, dass der Schlüssel zur Heilung in einer Frucht liegt, die allerdings in schwindelerregender Höhe hängt – und in den Baumkronen lauern ungeahnte Gefahren, die die Ernte der Früchte beinahe unmöglich machen.

Das Team Scorpion hat einen Spezial-Auftrag: An einem Windrad soll eine neue Winde eingesetzt werden. Nach getaner Arbeit fahren Paige und Happy mit der Seilbahn in Richtung Tal. Doch plötzlich reißt das Stahlseil, und die beiden drohen, mit ihrer Gondel aus 50 Metern Höhe in die Tiefe zu stürzen. Das Seil reißt durch das Gewicht der Gondel immer weiter, sodass Happy und Paige gezwungen sind, auszusteigen und sich am Stahlseil festzuhalten. Aber ihre Kräfte schwinden schnell.

Die Mitglieder von Team Scorpion erhalten von der „Hetschnischen Republik“ einen besonders kniffligen Auftrag: Sie sollen eine außer Kontrolle geratene Weltraumkapsel sicher zur Erde geleiten. Diese enthält eine wertvolle Gesteinsprobe. Allerdings hat sich auch die DNA eines gefährlichen Krankheitserregers in dem Stein abgesetzt, was die Bergung des enthaltenen kostbaren Palladium-Erzes beinahe unmöglich macht. Das will der Auftraggeber aber auf keinen Fall akzeptieren.

Das Team Scorpion soll in einem Biodome, das die auf dem Mars herrschenden Lebensbedingungen simuliert, wieder für Strom sorgen. Walter, Toby und Happy machen sich auf den Weg in die Wüste, um die nötigen Reparaturen vorzunehmen. Doch das gestaltet sich äußerst schwierig, denn die Anlage ist derart veraltet und defekt, dass schließlich sogar der Reaktor explodiert. Vor Ort steigen plötzlich die Temperaturen lebensgefährlich – und die Sicherheitstür kann nicht geöffnet werden.

Am Tag von Happys (Jadyn Wong) und Tobys (Eddie Kaye Thomas) Hochzeit wird das Scorpion-Team nach Wyoming gerufen, wo ein Blitzschlag eine unterirdische Kohlenmine entzündet hat. Das Feuer muss gelöscht werden, bevor ein Telekommunikationskabel zerstört wird, und das Team will pünktlich zur Zeremonie zurück in Kalifornien sein. Als Komplikationen auftreten, muss Paige (Katherine McPhee) eine improvisierte Feier auf die Beine stellen. Außerdem bekommt Cabe (Robert Patrick) einen Anruf, der das Team nach Tahiti beordert.

eam Scorpion ist auf dem Weg nach Tahiti, um dort einen Auftrag zu erledigen. Doch das Flugzeug wird durch einen elektromagnetischen Impuls massiv beschädigt, und die Genies müssen noch in der Luft einen Weg finden, sicher zu landen. Schließlicht kann Pilot Scotty den Flieger auf einer einsamen Insel mitten im Pazifik runterbringen, doch die Probleme fangen nun erst richtig an: Scotty ist schwer verletzt.

Team Scorpion sitzt immer noch auf der einsamen Südsee-Insel fest und sucht fieberhaft nach einer Fluchtmöglichkeit – allerdings nicht zusammen, sondern jeder für sich. Zwischen Toby und Walter ist ein regelrechter Konkurrenzkampf entbrannt, Sly hat mit der Welt abgeschlossen und sich in den Bunker verkrümelt. Ausgerechnet Ralph schafft es, eine Lösung für eine Rettungsmission zu entwickeln. Dabei geht aber nicht alles glatt.