ウォルターとペイジ、トビーとハッピーの関係がこじれる中、ハッカーが海軍の戦闘機2機と駆逐艦4隻を乗っ取る。トビーとハッピーは戦闘機のうちの一機を救う。ロスでハッカーを妨害しようとしたウォルターとペイジは死にかける。シルヴェスター、ケイブ、ティムはハッカーの本拠のブルガリアに飛び、シルヴェスターがギャンブルの才能を見せてギャングのボスに接近する。

シルヴェスターはギャングのボスの賭けの負けを中国人から取り戻す約束をし、ハッカーの住所を聞き出す。アメリカに残ったチームは駆逐艦の制御を取り戻す。原子力潜水艦がハッキングされて核ミサイルが発射されるがウォルターがハッキングして目標座標を深海に変える。ケイブとティムはハッカー達を捕まえる。ケイブの助言でウォルターは自分の未熟さを認め、ティムとペイジに謝罪する。

有人宇宙船に技術的問題を抱えた億万長者のエリアがチームに助けを求める。雷が直撃して、宇宙船がウォルターを乗せて打ち上げられてしまう。酸素が不足したウォルターはペイジの幻覚を見始め、ペイジはウォルターの思いを知る。チームはウォルターを宇宙船から射出し、必死の機転で救出する。

チームはラルフの自閉症の友達が迷子になったのを救い、取り違えられたタブレット端末からテロ事件を防ぐ。トビーは、ハッピーがウォルターの滞在資格のために偽装結婚していたことを知る。ハッピーは妊娠しており、ウォルターに離婚を求める。

チームは夜間に博物館で柱の腐食を調査するが、武装集団が核兵器のために隕石内のタンタルを狙う。移民局がウォルターとハッピーの結婚の事実を精査する。

チームはコウモリの疫病をくい止めるためにアリゾナの洞窟に入り、コウモリに襲われた動物学者を救う。戻った後、仮装パーティーを開いて移民局の審査をごまかす。

大統領選挙がハッキングされる。移民局が審査中のため関与を禁じられたウォルターは、中国領事館の陰謀を暴いて解決し、特別に合衆国市民権を認められる。ハッピーの想像妊娠が判明するが、トビーと婚約する。

メーガンの追悼のためにチームはトビーとハッピーを残してアイルランドに行く。湖に二酸化炭素爆発の危機が迫り、ウォルターはティムと協力して、折り合いの良くなかった村人を救わなければならない。

感謝祭の日、詐欺師でペイジと疎遠の母親ヴェロニカが不動産業者を装い、古い建物の処理についてスコーピオンの協力を要請する。建物の中に爆発寸前の原子炉が見つかり、チームは爆発を阻止する。シルヴェスターはコミックストアを守るために市会議員に立候補し、ケイブはライバル候補の選挙参謀アリーに恋をする。

チームは車が有毒なタールの沼に落ちた女性を救う。ヴェロニカとラルフはクッキーを偽って売り、シルヴェスターの選挙資金を寄付する。ティムは怪我のため海軍を辞めさせられ、スコーピオンに正式に雇用される。ヴェロニカはウォルターとペイジの仲を取り持とうとするが、ウォルターは断る。

チームは携帯電話の電波の届かない森の中の小屋でクリスマスを過ごす。ティムとウォルターは口論の後、クリスマスツリーを探しに出かけ、武器密輸業者に追われるATF捜査官を救うが、業者たちは小屋を包囲する。ティムはアンマンでの警備の仕事を引き受ける。

ティムが去り、ペイジは心穏やかではない。チームは砂漠のポンプ場の仕事を引き受けるが、ポンプが爆発して破片がケイブの大動脈を切断する。チームは即席に用意した装備でケイブを仮死状態にして出血を止め、救急ヘリの到着を待つ。ウォルターは父親のように愛しているとケイブに打ち明ける。

チームはワイナリーに雇われるが、トビーとハッピーを除くメンバーとヴェロニカは、外国の独裁者の妹に誘拐されて偽ドル札作りを強制される。ヴェロニカの詐欺の技を生かして脱出し、シミバレーに囚われていたことを知り、偽札を持って逃げた一味を追いかける。

チームは陸軍工兵隊に雇われて水道管の水漏れを調べ、大規模陥没による水質汚染を防ごうとする。ペイジの不在でウォルターの無神経ぶりは悪化する。ヴェロニカはペイジの助けで、原子炉の見つかった建物から現金を回収した後、陥没穴に落ちて死ぬ偽装をして借金取りから逃げる。

ウォルターが国防省の契約を勝手に断り、チームは代わりに海賊の宝さがしに雇われる。だが船が爆発してウォルターとペイジは太平洋の真ん中で漂流する。口論しながらブイにたどり着いた二人を鮫の群れが取り囲む。

CIAの依頼を受け、チェス競技者である情報提供者を救い出すため、ウォルターとシルヴェスターは東欧でチェス大会に出場する。ケイブはハッピーの父がかつて麻薬業者を幇助した罪を2年の刑期に短縮するかわりに、裁判で証言する司法取引を結ばざるをえない。

スコーピオンはグリーンランドの世界種子貯蔵庫のシステム復旧を依頼される。だが胞子が飛び散り、シルヴェスター、ハッピー、ケイブはそれぞれが抱える恐怖の幻覚を見て、死の危険にさらされる。

ハッピーのチャット仲間エイダの家に大木が倒れ掛かり、免疫不全症のエイダのための無菌室が危険にさらされてスコーピオンが救出する。アリーがシルヴェスターの潔癖症を揶揄する動画をネットに上げてシルヴェスターは選挙に負け、ケイブはアリーと別れる。ティムのアンマン勤務が8カ月延長される。

WHOの依頼を受けたチームは、疫病に免疫をもつ希少種の猿を探すために南米のジャングルに入る。トビーとハッピーは結婚前の心理カウンセリングを受ける。ウォルターはアリーと別れて傷ついたケイブに共感を示す。

エネルギー省の依頼でチームは風力発電の改善を図るが、ペイジとハッピーの乗るゴンドラが落下の危険にさらされる。トビーとハッピーは結婚式の介添え人選びに苦心する。

スコーピオンはヘチニア共和国に雇われて小惑星のサンプルを持ち帰った宇宙カプセルを回収するが、中には危険な病原体が含まれる。アリーはケイブを訪ね、シルヴェスターを議員にできる情報をもたらす。トビーとハッピーは結婚式場を探す。

ペイジとウォルターは、ハッピーとトビーのためにそれぞれ独自のバチェラーパーティーを企画する。チームはNASAのための火星を再現したバイオドームの故障から二人の科学者を救出しようとする。ドームに入ったウォルターは酸素不足のため、以前宇宙船内に閉じ込められてペイジと愛し合う幻覚を見たことを思い出す。皆が自分の幻覚を知っていることに気づいたウォルターは、ペイジに向き合えずに解雇するが、エリアの会社の仕事を見つけてやる。

乱気流の衝撃で波力発電機が作動して爆発し、飛行機は無人島の砂浜に不時着する。機長は腕を挟まれて挫滅症候群にかかり、チームは即席の人工透析装置を作る。墜落死の恐怖を経験したシルヴェスターは異常に大胆になり、ウォルターはペイジとの恋に舞い上がり、トビーはハッピーの過去を知って驚く。チームは島で三週間待つが助けは来ない。

ウォルターは磁気異常を作り出して救援を呼ぼうとするがトビーは筏を作ろうとし、チームは分裂する。シルヴェスターは正気を失いつつある。だがラルフと機長が砂穴に落ちた時、チームは団結して二人を救う。上空を通る飛行機にSOSの文字を砂浜に描いて存在を知らせ、チームは救われてロサンゼルスに戻る。ウォルターとペイジは二人だけの時間を持つ。