Justo cuando el Equipo Scorpión avanza contra los piratas informáticos que controlan las armas navales estadounidenses, se enteran de que un submarino nuclear de EE.UU. también ha sido hackeado y tiene un misil listo para lanzar.

Cuando Walter es lanzado accidentalmente al espacio en un cohete, él alucina con Paige mientras su oxígeno va bajando, y el Equipo Scorpion trabaja sin descanso para encontrar una manera de llevarle de vuelta a casa antes de que se asfixie.

El equipo Scorpion debe encontrar a un chico de la clase de Ralph que desaparece en un viaje de campo después de tener una discusión por accidente con un criminal mortal. Además, Toby se acerca al descubrimiento de la identidad del marido de Happy.

Un sencillo trabajo del equipo Scorpion en el Museo de Historia Natural de Los Ángeles se convierte en mortal cuando descubren a unos ladrones robando una rara exhibición de gemas para obtener los materiales necesarios para enriquecer una bomba nuclear.

Antes de Halloween, el Equipo Scorpion debe infiltrarse en un profundo y vasto sistema de cuevas para evitar que una población de murciélagos destruya el ecosistema de América del Norte. Además, el equipo hace trajes para escenificar fotos de Halloween pasados.

El Día de las Elecciones, mientras la democracia pende de un hilo, el Equipo Scorpion es llamado cuando alguien intenta sumir las elecciónes presidenciales de Estados Unidos en el caos.

Cuando el Equipo Scorpion viaja a Irlanda para la ceremonia conmemorativa anual de Megan, Walter descubre que un desastre natural situado en un lago cercano ha creado una nube venenosa que podría matar a todos en el pueblo. A su vez, Cabe y Toby tratan de aliviar la tensión entre Tim y Walter.

La madre alejada de Paige reclama al equipo Scorpion cuando descubre accidentalmente un reactor nuclear olvidado a punto de explotar.

Walter debe nadar en los mortales pozos de alquitrán de La Brea cuando el equipo debe ayudar a una mujer atrapada en el alquitrán antes de que se quede sin oxígeno. Además, a escondidas de Paige, su madre, Verónica, "ayuda" a Ralph a mejorar sus ventas de galletas.

Es la víspera de Navidad y la escapada a la montaña sin aparatos electrónicos del equipo Scorpion se vuelve mortal cuando se cruzan con traficantes de armas, y Ralph es secuestrado cuando intentan escapar. Además, Tim toma una decisión importante sobre su posición con el equipo.

Durante una misión en el desierto, tiene lugar una explosión de metralla que hiere de gravedad a Cabe. El equipo Scorpion debe congelar su cuerpo para salvarle la vida.

Cuando el quipo Scorpion es engañado para producir dinero falso para una entidad extranjera con la intención de arruinar la economía de los Estados Unidos, Paige debe confiar en las habilidades de su madre Veronica como estafadora para salvarlos.

El quipo Scorpion debe salvar a un hombre que se tambalea en el borde de un enorme sumidero que amenaza con destruir el suministro de agua de Los Ángeles para siempre.

El trabajo del equipo Scorpion para encontrar tesoros hundidos se tuerce cuando el barco de Walter y Paige explota, dejándolos tirados en medio del Océano Pacífico y rodeados de tiburones.

Walter y Sylvester entran en un concurso internacional de ajedrez de forma encubierta en suelo extranjero con el fin de liberar a un espía estadounidense antes de que su identidad sea expuesta.

Cuando una simple misión para proteger un banco de semillas va mal, el Equipo Scorpion debe salvar a Happy, Sylvester y Cabe, que comienzan a sufrir alucinaciones basadas en el miedo y que amenazan con su vida.

Después de una gran tormenta, la amiga de Happy, Ada, que vive en una burbuja estéril para proteger su sistema inmune, queda tarapada bajo escombros peligrosos al borde de perforar la estructura. El equipo Scorpion trabaja para mover hasta un lugar seguro a Ada sin arriesgar su vida.

Para evitar que un virus peligroso se propague, el equipo Scorpion debe localizar una especie de mono en peligro de extinción en el Amazonas que tiene el anticuerpo para la cura. Además, Toby y Happy ven a un consejero antes de su matrimonio.

Durante una misión para reparar una turbina en un parque eólico, el equipo Scorpion debe correr a contra reloj para salvar a Paige y Happy antes de que el cable que sostiene la góndola donde se encuentran, ceda a la presión y caigan al vacío.

El equipo Scorpion debe desafiar las órdenes de un gobierno extranjero cuando recuperan un asteroide del espacio que contiene hebras de ADN que podrían tener consecuencias mortales una vez expuestas.

El equipo Scorpion se queda atrapado dentro de un biodomo defectuoso y peligroso diseñado para Marte mientras intenta extraer un par de científicos de dentro.

El equipo Scorpion ayuda a Toby y a Happy a llegar al altar a darse el "sí quiero" cuando un simple trabajo de extinción de un incendio en un túnel se vuelve catastrófico.

En el viaje de luna de miel de Toby y Happy, el avión del equipo Scorpion sufre un accidente y aterriza en una remota isla desierta, dejándolos a todos con poca esperanza de conseguir un rescate.

Tres semanas después del accidente de avión en una isla desierta, las tensiones aumentan para el equipo Scorpion cuando deben luchar para superar los obstáculos en sus relaciones y así intentar ser rescatados.