L'équipe Scorpion est mise à rude épreuve quand un nouveau groupe de hackers prend le contrôle des navires et des avions de guerre de l'armée.

La pression monte d'un cran quand l'équipe Scorpion découvre qu'un sous-marin nucléaire a été piraté et pourrait déclencher à tout moment les hostilités.

Pendant que Walter tente de décoder la nature des relations entre Paige et Tim, l'équipe aide un magnat de la technologie à lancer sa première fusée dans l'espace.

L'équipe Scorpion est chargée de retrouver un camarade de classe de Ralph mystérieusement disparu. De son côté, Toby tente de résoudre le mystère lié au mari d'Happy.

Une simple mission au musée d'histoire naturelle se transforme en une véritable épopée pour l'équipe quand des voleurs tentent de s'emparer de précieux joyaux.

L'équipe Scorpion s'enfonce dans les méandres de la Terre dans l'espoir d'empêcher des chauves-souris porteuses d'un terrible virus d'infecter tout l'écosystème.

Alors que tous les regards sont tournés vers le scrutin, l'équipe Scorpion s'associe au FBI pour empêcher des hackers de falsifier les résultats.

Tandis que l'équipe Scorpion se rend en Irlande pour rendre hommage à Megan, Walter découvre qu'un nuage toxique menace la population locale.

La mère éloignée de Paige appelle l'équipe Scorpion lorsqu'elle découvre par accident un réacteur nucléaire oublié sur le point d'exploser.

Walter est appelé à l'aide quand une femme se retrouve prise au piège dans le goudron. Pendant ce temps, Ralph reçoit les conseils de la mère de Paige.

Un séjour de détox numérique à la montagne se transforme en un véritable cauchemar, tandis que Walter et Tim décident de jouer franc-jeu.

L'équipe Scorpion n'a d'autre choix que d'utiliser une méthode controversée pour éviter la catastrophe. Pendant ce temps, Paige tente de se concentrer sur son travail.

Quand l'équipe se retrouve malgré elle au centre d'activités illégales, Paige met en pratique les talents d'escroc de sa mère pour tenter de sauver la situation.

Une chasse au trésor se transforme en mission de survie pour Paige et Walter quand leur bateau explose au beau milieu du Pacifique.

Walter et Sylvester participent incognito à un tournoi international d'échecs pour tenter d'exfiltrer une espionne sur le point d'être démasquée.

Coincés dans une réserve mondiale de plantes construite au beau milieu du Groenland, Happy, Sylvester et Cabe sont victimes de terribles hallucinations.

Ada, une amie d'Happy vivant dans une chambre stérile, voit sa santé menacée lorsque les débris d'une tempête mettent en péril son environnement.

L'équipe Scorpion se rend en Amazonie à la recherche de singes en voie d'extinction qui pourraient permettre de stopper une épidémie mortelle.

L'équipe Scorpion est chargée de concevoir un nouveau type d'éolienne, mais quand Paige et Happy se retrouvent en difficulté, leurs amis se lancent à leur rescousse.

Un gouvernement étranger demande à l'équipe de récupérer une capsule spatiale contenant de dangereux brins d'ADN. Paige et Walter se rapprochent.

Une équipe de scientifiques se retrouve piégée dans un biodôme sur le point de s'effondrer. Toby et Happy évoquent l'avenir. Walter et Paige organisent chacun leur fête.

L'explosion d'une mine met l'équipe Scorpion à rude épreuve, tandis que les jeunes mariés Toby et Happy ont du pain sur la planche.

En route pour la lune de miel de Toby et Happy, l'avion de l'équipe s'écrase sur une île déserte, laissant aux naufragés peu de chances d'être secourus.

Toujours coincés sur leur île, les membres de l'équipe peinent à élaborer un plan de survie, tandis que la saison des pluies exacerbe les tensions au sein du groupe.