Cabe wird von Sonia Balasevic, deren Familie im Krieg ermordet wurde, besucht. Seitdem Cabe ihr damals das Leben gerettet hat, ist sie auf der Suche nach den Verantwortlichen. Einer der Befehlshaber, Stanislav Zoric, wurde in Kuba gesichtet. Adriana Molina lässt das Team von einem Drogenschmuggler inoffiziell nach Kuba fliegen und vereinbart ein Treffen mit kubanischen Doppelagenten. Das hat jedoch verheerende Folgen.

Als in einem Hochsicherheitsgefängnis ein verdeckter Informant ermordet aufgefunden wird, versucht der Direktor, hinter die Machenschaften der Gang Eh-Ta-Me zu kommen. Bei der Leiche wurden Seiten mit einem verschlüsselten Code gefunden; offensichtlich hat Shima Funukoshi, der Chef der Bande, zu Mitgliedern der Gang außerhalb des Knasts Kontakt und gibt Morde in Auftrag. Seine nächsten Ziele sollen drei Richter sein. Wird es Team Scorpion gelingen, den Code zu entschlüsseln?

Katherine Cooper, die stellvertretende Direktorin von Homeland Security, erteilt Team Scorpion einen neuen Auftrag. Es handelt sich um einen geheimen U-Boot-Einsatz, bei dem Walter, Cabe und Happy keinen Kontakt zum Rest ihrer Truppe haben dürfen. Als sich Walter in ein fremdes System hackt, glaubt er, in eine Falle zu tappen und drängt, die Mission abzubrechen. Noch während der Fähnrich überlegt, ob er den Kapitän informieren soll, kommt es zu einer Explosion an Bord.

Als ein illegal erworbener Atomsprengkopf in Kasachstan zum Verkauf angeboten wird, soll Team Scorpion den genauen Standort der Rakete herausfinden. Walter, Cabe, Happy und Toby reisen undercover nach Kasachstan und beginnen mit der Ortung. Beim Versuch, den Urankern der Rakete mit Salpetersäure zu neutralisieren, werden sie erwischt, und es beginnt eine heiße Verfolgungsjagd durch Kasachstan.

Walter arbeitet seit Wochen unter Hochdruck an der Programmierung verschiedener Systeme, die Richard Elia für seinen neuen Hauptsitz benötigt. Am Abend vor der Eröffnung trifft Walter in einer Bar eine unbekannte Frau namens Stella auf einen Drink. Als Paige und Cabe am nächsten Morgen den ohnmächtigen Walter finden und sich wenig später auf dessen Computer ein zerstörerischer Virus ausbreitet, wird klar, dass Walter in eine Falle getappt ist.

Toby ist im Serverraum eingeschlossen. Walter und Happy schaffen es, Toby in letzter Minute das Leben zu retten. Daraufhin kann Walter die nötigen Handgriffe am Server vornehmen, um wieder die Kontrolle über die Systeme zu erlangen. Zunächst sieht es so aus, als würde wieder alles funktionieren, doch der zerstörerische Wurm installiert sich immer wieder neu. Indes sind Paige und Cabe weiterhin auf der Suche nach Stella. Die Spur führt sie zu einem Escort-Service.

Toby ist am Boden zerstört: Bei seinem Boxkampf ist er in der ersten Runde K.o. gegangen. Noch mehr kränkt ihn allerdings, dass Happy nicht am Ring dabei war, um ihn zu unterstützen. Indessen sind Paige und Ralph auf dem Weg ins Museum. Doch die U-Bahn, mit der sie fahren, hält nicht mehr an und wird immer schneller. Paige ruft Walter an und bittet ihn um Hilfe. Schnell wird klar, dass der Zug ferngesteuert wird. Handelt es sich um einen Terror-Anschlag?

Team Scorpion lässt sich auf einen Deal mit der CIA ein, bei dem es um viel Geld geht. Walter und seine Leute sollen ein verschwundenes Flugzeug der CIA aufspüren, dessen letztes Signal aus der Nähe der Area 51 kam. Das Team findet das Flugzeug recht schnell, und eigentlich wäre der Auftrag damit erledigt – allerdings bekommen sie dann ein Angebot unterbreitet, das kaum abzulehnen ist, aber auch gewisse Risiken birgt.

Der englische Botschafter Jonas Madaky wird verdächtigt, als Waffenhändler tätig zu sein. Um ihn endlich überführen zu können, benötigt der MI-6 die Hilfe von Team Scorpion. Bei einer Rede auf der UN-Versammlung plant Madaky, mit einem anderen Botschafter einen Waffendeal abzuschließen. Der britische Agent Gleason soll die Verhandlungen belauschen, und Scorpion muss ihn dazu ins UN-Gebäude schleusen. Leider läuft der Plan vollkommen aus dem Ruder.

Der kranken Megan geht es immer schlechter. Als auch das Krankenhaus-Personal plötzlich komische Symptome zeigt, wird die gesamte Klinik unter Quarantäne gestellt. Offenbar breitet sich dort ein seltener, gefährlicher Pilz aus. Die Seuchenschutz-Behörde ist vollkommen hilflos angesichts der Bedrohung. Also macht sich Scorpion auf die Suche nach einem Gegenmittel. Scheinbar hat Sylvester eine Super-Bakterie auf der Haut, die im Kampf gegen den Pilz nützlich sein könnte.

Verbrecher haben eine Schadsoftware in das System der US-Zentralbank eingeschleust und drohen, damit die gesamte Weltwirtschaft lahmzulegen. Scorpion findet heraus, dass das kriminelle Computerprogramm von einem seltenen Hightech-Rechner an einem College hochgeladen wurde. Walter könnte den Cyberangriff beenden – indem er seinen PC direkt an den Supercomputer anschließt. Doch dieser ist so empfindlich, dass ihn kleinste Veränderungen der Umgebung zur Explosion bringen können.

Weihnachten steht vor der Tür, und es regnet in Strömen. Der Dauerregen ist auch die Ursache für Team Scorpions nächsten Auftrag: Ein umgestürzter Baum hat ein Wasserkraftwerk stark beschädigt. Fallen die Generatoren aus, ist eine ganze Stadt ohne Strom. Als ob das nicht genug wäre, droht auch noch der Staudamm unter der Wasserlast zu brechen. Walter greift zu extremen Maßnahmen, um die Katastrophe abzuwenden.

Ein militärischer Kommunikationssatellit ist ausgefallen, was für Captain Cody Decker und seine Einheit tödlich enden könnte: Die Männer stehen in Darfur unter starkem Beschuss und sind auf eine Drohne angewiesen, die ihnen Rückendeckung gibt. Doch ohne den Satelliten kann die nicht geschickt werden. Team Scorpion muss den Erdtrabanten wieder in Gang kriegen – und begibt sich dafür selbst in höchste Lebensgefahr.

Team Scorpion macht sich auf den Weg nach Afrika, um die Machenschaften eines Diktators zu überprüfen: Es wird vermutet, dass er eine Solarwaffe mit unfassbarer Schlagkraft konstruiert hat. Besonders Sylvester hat ein Problem mit dem Auftrag, denn ausgerechnet sein Vater begleitet Scorpion auf der Mission. Ken Dodd sucht schon sein ganzes Leben nach dieser Solarwaffe und ist sich sicher, sie nun endlich gefunden zu haben.

Walter hat ein Date und versaut es total. Trotzdem sieht er Linda schneller wieder als gedacht: Die junge Frau steht plötzlich im Hauptquartier von Scorpion – mit einer Bombenweste am Körper und einer Botschaft von einem Unbekannten der androht, Linda in die Luft zu jagen, wenn Team Scorpion nicht den Geheimstart einer NASA-Rakete sabotiert. Dumm nur, dass die NASA Scorpion angeheuert hat, um technische Probleme bei genau diesem Projekt auszubügeln.

Paige verdonnert Toby und Walter zu einer Paartherapie, da sich die beiden dauernd in die Haare kriegen. Außerdem erlaubt sie Ralph, mit Sylvester an den Strand zu fahren. Während die anderen außer Haus sind, hütet der Rest des Teams das Hauptquartier. Doch dann erschüttert ein mächtiges Erdbeben Los Angeles. Infolgedessen herrscht Überdruck auf den Gasleitungen und ein Stadtteil droht in die Luft zu fliegen. Team Scorpion muss helfen, obwohl es in der ganzen Stadt verteilt ist.

In Brisbee, Arizona, stürzt eine mit Heroin beladene Drohne ab. Offenbar haben die Schmuggler einen Flugkorridor entdeckt, der außerhalb der Radarüberwachung liegt. Team Scorpion soll eine Technik entwickeln, mit der die Drogen-Drohnen vom Himmel geholt werden können. Doch die Schmuggler bekommen schnell Wind von der Sache. Außerdem wird die Beziehung zwischen Toby und Happy publik, und das passt Walter gar nicht.

Cabes alter Freund Mick taucht im Hauptquartier auf und behauptet, dass er etwas über den Schmuggel einer hochgiftigen Substanz in ein südamerikanisches Land weiß. Angeblich will eine Bande Autoschieber den Deal durchziehen. Team Scorpion ist zunächst skeptisch, doch Cabe vertraut Mick und setzt die Genies auf den Fall an. Bald zeigt sich allerdings, dass Mick nicht ganz ehrlich war. Das bringt Team Scorpion in höchste Gefahr.

Walter hatte einen Autounfall und wartet in der Notaufnahme auf einen Arzt. Dort trifft er die kleine Olivia, die kurz vor einer Herztransplantation steht. Dann kommt Dank Tobys medizinischem Know-How heraus, dass absichtlich mit einem Virus verseuchtes Spenderblut in Umlauf geraten ist – alle OPs werden abgesagt, auch Olivias lebensrettende Transplantation. Team Scorpion bleibt nicht viel Zeit, um den Täter zu finden und Olivia das für die OP notwendige Spenderblut zu besorgen.

Cabe stellt den Genies seinen neuen Trainee Tim Armstrong vor. Walter und Co. sind zunächst skeptisch, was den Mann angeht. Als Team Scorpion auf einer US-Militärbasis in Dschibouti ein Abhörsystem installieren soll, verhält sich Armstrong seltsam. Mit ein wenig Datenschnüffelei finden die Nerds die Wahrheit über ihn heraus. Schon bald müssen sie mit ihm zusammenarbeiten, denn Cabe ist in höchste Gefahr geraten, als er seinen Schützling bei einem Auftrag unterstützt hat.

John Pandova wendet sich mit einem ungewöhnlichen Anliegen an Team Scorpion: Bei Bauarbeiten in Vietnam sind Uniformreste einer verschwundenen US-Truppe gefunden worden. Die Genies sollen nun einen Bodenscanner so optimieren, dass binnen zwei Tagen aufgeklärt werden kann, ob dort noch sterbliche Überreste der Männer liegen. Falls ja, würden sie in die USA überführt. Vor Ort gestalten sich die Arbeiten schwierig, denn ein heftiger Tornado zieht auf.

Ralph versucht vor Gericht mit Hilfe seines schusseligen Anwalts Heywood Morris zu beweisen, dass sein Professor seinen Code geklaut hat. Zunächst sieht es schlecht aus, doch Ralph hat eine Idee, wie er den Richter von der Wahrheit überzeugen kann. Team Scorpion soll unterdessen auf Wunsch von Agent Cook in Fort Knox einbrechen, um eine wertvolles Zepter zu stehlen. Cook will damit beweisen, dass der neue Sicherheitsdienst nichts taugt. Doch in Wahrheit verfolgt er andere Ziele.

Team Scorpion wird nach Tschernobyl gerufen: Der Beton-Sarkophag des Reaktors ist brüchig und schützt das Corium im Inneren des Reaktors nicht mehr hinreichend. Sobald die Elemente auf das hochgradig radioaktive Material treffen, entstehen giftige Wolken, die sich in Regen entladen und so ganz Osteuropa verseuchen können. Die Genies sollen sich eine neue Dichtung einfallen lassen – doch vor Ort geht ein Rundflug über das Gelände schrecklich schief.

Mark Collins hat Toby entführt, um Walter zu erpressen: Er verlangt alle Erkenntnisse, die er über die Gehirn-zu-Gehirn-Schnittstelle gewonnen hat, um seinen eigenen genialen Verstand zu vervollständigen. Gibt Walter ihm nicht, was er will, stirbt Toby. Team Scorpion bleibt nicht viel Zeit, um den Freund zu retten, den Collins hat ein gutes Versteck ausgesucht und rund um Toby herum eine knifflige Falle aufgebaut, die ihn tötet, wenn sie versehentlich ausgelöst wird.