עונה שנייה לדרמת אקשן על חייו של מומחה המחשבים וולטר אובראיין והצוות המיוחד נגד איומים היי-טקיים מורכבים מסביב לעולם. בפתח העונה, לוויין רוסי בעלת עצמה גרעינית סוטה מהמסלול והצוות מתאחד כדי למנוע את האסון הקרב ובא.

הצוות נוסע לקובה כדי לסייע לפליטה, מרצח העם בבוסניה, לתפוס את פושע המלחמה שהרג את משפחתה. בזמן המשימה, וולטר מנסה להבין מתי ראוי לחשוב בהיגיון ומתי עדיף להסתמך על הרגש.

הצוות מחדיר את סילבסטר לכלא שמור ביותר, כדי להשיג מפתח לצופן של כנופייה שעומדת לחסל שלושה שופטים פדרליים.

וולטר, קייב והפי מצטרפים לצוות של צוללת גרעינית סודית ביותר, כדי לפרוץ למכשיר ציתות שהוטמן בקרקעית האוקיינוס השקט. פייג', טובי וסילבסטר מסייעים להם מהיבשה בדרכים לא קונבנציונליות.

הצוות נוסע לקזחסטן כדי למנוע את מכירתו של טיל גרעיני על ידי ארגון פשע למרבה במחיר. סילבסטר נקרע בין הרצון לתמוך באהובתו החולה לבין תפקידו בצוות, ומחליט לנסות לרקוד על שתי החתונות.

הצוות משתתף בתכנון בניין חכם למר אליה, אבל ביום ההשקה הגדול משהו משתבש ומערכות הבניין מתחילות לקרוס בזו אחר זו.

הצוות מנסה לעצור רכבת נוסעת, שעליה נמצאים פייג' וראלף. בינתיים, טובי מתמודד בקרב האיגרוף הראשון שלו, בתקווה להרשים את האפי.

הצוות נשלח לחפש מטוס סודי של הסי-איי-איי ליד בסיס חיל האוויר האמריקני באזור 51 הידוע לשמצה. מצבה של מייגן הולך ומחמיר ומתפתחת מחלוקת בין וולטר וסילבסטר לגבי אופן הטיפול בה.

הצוות נאלץ לפרוץ לבניין האו"ם בכדי לסייע בחיסולו של סוחר נשק מסוכן. סילבסטר עושה צעד מרחיק לכת כדי להגן על רצונותיה של מייגן.

בזמן שהוריהם של וולטר ומייגן מבקרים את בתם החולה בבית החולים, פורצת מגפה מסוכנת והצוות נכנס לפעולה.

הצוות מנסה לעצור תוכנה זדונית שמאיימת להפיל את כלכלת ארה"ב, ולשם כך נאלצים להסתנן לקולג' בזהויות בדויות.

לקראת חג המולד, הצוות מנסה להציל עיירה מאסון באמצעות תיקון סכר שעומד לעלות על גדותיו. בדרך, גם הציניקנים שבחבורה לומדים לאמץ את רוח החג.

וולטר, קייב, הפי וטובי נוסעים לקוטב הדרומי כדי לתקן לוויין צבאי ולסייע לכוח קומנדו שנתקע תחת אש בדארפור, אבל סופת שלג חזקה מאיימת לסכן את חייהם.

הצוות מתבקש לסייע לנאס"א לאחר שמתגלה תקלה ברקטה סודית, זמן קצר לפני השיגור. וולטר יוצא לדייט ומתקשה להתנהג בטבעיות.

אסון טבע פתאומי פוקד את לוס אנג'לס, וחברי הצוות המופתעים מנסים למנוע אסון כבד יותר. וולטר וטובי, שנתקעים יחד לאחר שרבו, נאלצים להתמודד עם הקצר בתקשורת ביניהם וללמוד לשתף פעולה.

הצוות נקרא לסייע ביירוט מזל"טים שמשמשים להברחת סמים ממקסיקו לארה"ב. וולטר לא מרוצה מהקשר בין טוביאס והפי, והחיכוכים בין השלושה הולכים וגוברים.

חבר ותיק אך מפוקפק של קייב מבקש מהצוות עזרה כדי למנוע ממבריחים להעביר נשק ביולוגי מסוכן למדינה דיקטטורית.

הצוות מתגייס לעזור לילדה קטנה שאמורה לעבור ניתוח דחוף להשתלת לב, אך בשל חשד לזיהום במנות הדם של בית החולים הניתוח נדחה.

הצוות נוסע לאפריקה כדי להתקין מכשיר האזנה משוכלל, אבל מגלה שהמשימה השגרתית לכאורה מסתירה מבצע מסוכן וסודי ביותר של צבא ארה"ב.

הצוות נוסע לווייטנאם כדי לחפש שרידים של חיילים אמריקנים. סופה שמתפתחת באזור מאיימת לסכל את המשימה ואף יותר מכך.

הצוות מנסה להשיג שרביט עתיק ששמור בבסיס צבאי. התביעה של ראלף מגיעה לבית המשפט וזו ההזדמנות של עורך דינו החלקלק להוכיח את יכולותיו.

הצוות נוסע לצ'רנוביל כדי לתקן כור גרעיני מתפורר לפני שאסון גדול יתרחש, אבל הם חייבים להתגבר על מכשול נוסף כאשר סילבסטר ופייג' ניצבים בפני סכנה.

חבר לשעבר בצוות עקרב חוזר, כאשר מתגלה כי הוא אינו יציב נפשית הוא חוטף אחד מחברי הצוות ומאיים להרוג אותו עד שיקבל את דרישותיו. וולטר נאלץ לבחור בחירה גורלית בין האנושיות והחמלה לבין ההיגיון הקר וטובת הכלל.