Alors que l'unité Scorpion est chargée d'empêcher un satellite de s'écraser sur Terre, Walter tente tant bien que mal de récupérer la totalité de ses facultés.

L'équipe tente de coincer un criminel de guerre serbe ayant assassiné la famille d'une vieille connaissance de Cabe. Les ennuis de Walter prennent un nouveau tournant.

Alors qu'il se retrouve derrière les barreaux pour tenter d'en savoir plus sur les manigances d'un groupe de criminels, Sylvester fait rapidement l'objet de menaces.

Walter, Cabe et Happy embarquent pour une nouvelle mission à bord d'un sous-marin sans moyen de communication avec l'extérieur, quand l'engin s'écrase au fond de l'océan.

L'unité Scorpion infiltre le tournage d'un film de superhéros dans l'espoir de retrouver un vieux missile soviétique vendu sur le marché noir.

L'équipe Scorpion voit le lancement de son nouveau projet compromis en découvrant qu'un terrible virus informatique s'est répandu dans son système.

Paige et Ralph se retrouvent piégés à bord d'un train lancé à pleine vitesse après que des cambrioleurs de haut vol ont saboté les lignes pour mener à bien leur casse.

L'unité Scorpion vient en aide à la CIA pour tenter de localiser deux agents survolant illégalement une zone militaire classée secret défense.

L'unité Scorpion et les services secrets infiltrent les Nations Unies pour empêcher un ambassadeur de vendre des armes à des miliciens en lutte contre des rebelles.

Alors que Walter rend visite à Megan dont la santé se détériore, l'hôpital, qui fait face à une épidémie dévastatrice, est placé en quarantaine.

L'équipe Scorpion se lance à la recherche d'un jeune hacker menaçant l'économie mondiale après avoir réussi à infiltrer le système informatique de la Réserve fédérale.

Le soir de Noël, l'équipe tente d'empêcher le pire de se produire alors que des pluies torrentielles menacent les fondations d'un barrage hydraulique.

Tandis que l'équipe Scorpion brave les températures glaciales de l’Antarctique pour venir en aide à une unité des forces spéciales, Happy se perd dans le brouillard.

L'équipe n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'une vieille connaissance de la NASA fait appel à ses services pour enquêter sur le lancement raté d'une fusée.

Lassée de leurs disputes, Paige envoie Walter et Toby suivre une thérapie de couple, tandis qu'un violent séisme ébranle Los Angeles.

L'unité Scorpion tente d'empêcher des trafiquants mexicains d'utiliser des drones armés pour faire passer leur cargaison d'héroïne de l'autre côté de la frontière.

Alors que Sylvester participe à l'émission télévisée du Juste Prix, un vieil ami de Cabe informe l'équipe d'une vaste opération de contrebande.

Quand Walter se retrouve à l'hôpital, l'équipe met au jour un trafic de sang contaminé menaçant la vie des patients.

Sous prétexte d'installer un système d'audiosurveillance sur une base africaine, Cabe enquête sur les agissements d'un homme d'affaires impliqué dans un trafic illégal.

Alors que l'équipe s'intéresse à une ceinture de munitions datant de 1971, une tornade dévastatrice vient compliquer leur mission.

Le Département de la Défense fait appel à l'unité pour tester la sécurité d'une base militaire, quand une surprise de taille vient se mettre en travers de leur chemin.

L'unité s'aventure à Tchernobyl pour empêcher une nouvelle catastrophe nucléaire, mais les ennuis se multiplient quand Paige et Sylvester se retrouvent pris au piège.

L'équipe fait face à un ancien membre de l'unité au comportement psychotique, qui menace de s'en prendre à Toby si Walter ne lui laisse pas accéder à ses recherches.