通信システムがダウンして空港に飛行機が着陸できなくなり、特別捜査官ケイブ・ガロが天才たちのチーム"スコーピオン"を率いるウォルター・オブライエンを雇う。

州知事の娘がウィルスに感染して24時間の命となる。

ケーブの反対を無視して、スコーピオンはラスベガスのカジノの赤字問題解決の仕事をするが、強盗容疑でウォルターが逮捕されるがケーブの助けで濡れ衣を晴らす。

古い原子炉がメルトダウンの危機を迎え、ウォルターは過去の仲間でチームを崩壊の瀬戸際に追い込んだマーク・コリンズの助けを得て解決しようとする。

スコーピオンは美術館の保安の仕事を任されるが、名画を贋作と見なして損傷し、心理評価を受ける。『NCIS:LA 〜極秘潜入捜査班』のへティの助けで、原画を探し出す。

ペイジの別れた夫でマイナーリーグの野球選手のドリューが電話をよこし、皆がラルフの事を心配する。高IQのハッカーを含む3人の囚人が脱走する。

音楽業界のブロガーが殺され、友人で音楽の天才が捜査を手伝う。ドリューはラルフと仲良くなろうとしてウォルターの意見を求める。ウォルターはスーパーカーのレースで気を紛らわせる。

ケイブの前妻のレベッカが議員暗殺の陰謀に巻き込まれる。ドリューはウォルターの助けでポートランド (メイン州)の野球チームのテストを受ける。

チームはボスニアで墜落したパイロットとデータを回収する。ウォルターの姉で難病にかかるミーガンが初めてガレージに来る。

金庫破りが残した爆弾でシルヴェスターが重傷を負い、仲間たちは復讐のために追いかける。

クリスマスイブの日、チームは崩れた洞窟の中で溺れかける少年を救う。奇跡を目にしたミーガンは新しい治験を試す勇気を与えられる。

ラルフが遊んだ裏ゲームサイトからCIAの隠れ家の情報が漏れて要員が殺される。スコーピオンはラルフの容疑を晴らそうとし、CIAにハッキングしたゲーム設計者を追う。

CIA要員が神経ガスの原料をイエメン人の恋人に渡す。ペイジはウォルターへの思いを抱えながら、スパイの色仕掛けへの対処を手助けする。

ハッカーがアイスランドに置かれたアメリカの核ミサイルを発射しようとし、スコーピオンは16年前に盗まれた制御装置を探す。ドリューはラルフのため、ポートランドに天才児のための学校を見つける。

バレンタイン・デーが近づき、スコーピオンは盗まれた新型のロケット・ランチャーを追って、積み込まれた豪華客船に乗りこんで買い手を突き止める。ハッピーとトビーはラルフの初恋を手助けし、シルヴェスターはミーガンにカードを贈る。ウォルターはペイジをディナーに招待しようとするがあきらめる。

ウォルターは地元テレビのインタビューを受けるが他のメンバーは無視される。シルヴェスターはミーガンと付き合っていることをウォルターに伝える。億万長者の娘がメキシコで誘拐され、スコーピオンが救出に向かう。

スコーピオンがラトビア、リトアニア、ベラルーシの首脳の秘密会談を手助けする中、首脳の毒殺未遂事件が起こる。ウォルターは身を危険にさらして蛇の毒を手に入れ血清を作る。

遭難した登山者を探すスコーピオンの乗るヘリが墜落し、サンタアナの強風で山火事が広がる。シルヴェスターは怪我をしたパイロットを救う。トビーはウォルターがペイジを愛していることを証明しようとする。

スコーピオンは連邦保安官の依頼でニカラグアの犯罪組織から逃げた証人の保護を担当して組織から追われる。トビーは精神安定剤を飲み過ぎてハッピーとのデートをすっぽかす。

娘を救ってもらった億万長者が礼としてフェラーリをウォルターに貸す。神経毒研究所がハッキングされ、閉じ込められた23人の科学者の命がサリンガスにより危険にさらされる。テロリストは1997年のバグダッド爆撃の復讐を求め、ケイブは長年隠していた秘密をウォルターに打ち明ける。ウォルターは怒り、ケイブをチームから外す。ラルフは自分の命を危険にさらして市民の命を救う。脅えたペイジはドリューとラルフとともにメイン州に引っ越そうとする。ウォルターは混乱し、夜フェラーリを猛スピードで運転して事故を起こす。

スコーピオンは崖の途中で止まった車からウォルターを救い出す。ペイジはメイン州行きを取りやめ、麻酔をかけられたウォルターにキスをして愛していると言う。