Arrêté alors qu'il était encore un jeune garçon pour avoir piraté la NASA, Walter O'Brien, surnommé « Scorpion », est doté du 4ème Q.I. le plus élevé au monde. Avec son équipe de prodiges, chargée de résoudre des crises liées à la sécurité intérieure, Walter est missionné par l'agent fédéral Cabe Gallo. Un bug informatique à l'aéroport de Los Angeles entraîne une coupure des communications et empêche une cinquantaine d'avions d'atterrir…

Un gouverneur demande l'aide du groupe Scorpion lorsque sa jeune fille contracte une maladie inconnue via un virus informatique, qui la condamne en 24h. Au départ, Walter n'est pas du tout motivé. Les ressemblances avec l'histoire de sa soeur sont bien trop fortes. Pour la première fois, il évoque son existence à ses amis . Pour l'agent Gallo, cette affaire est également sensible, car il a perdu sa fille il y a quelques années, des suites d'une maladie...

Une mission d'entraînement dans le corps des Marines s'avère catastrophique pour le groupe Scorpion mais l'agent Gallo maintient son soutien à Walter, Toby, Happy et Sylvester. Ces derniers enquêtent sur l'explosion criminelle d'un bâtiment qui hébergeait les câbles servant de base aux services Internet de tout le sud-ouest du pays…

O'Brien accepte un contrat privé et emmène son équipe dans un casino de Las Vegas afin de déterminer pourquoi une table rapporte moins d'argent que les autres. L'affaire résolue et alors qu'ils s'apprêtaient à partir, Walter comprend qu'un braquage est sur le point d'avoir lieu. Comme les voleurs ne sont pas sortis du bâtiment, O'Brien devient le suspect numéro 1…

Un homme, interpellé dans le périmètre interdit d'une centrale nucléaire, demande à parler à O'Brien. Il s'agit de Mark Collins, un ancien membre de Scorpion qui souhaite alerter l'équipe et avoir son expertise sur un problème de surchauffe du réacteur nucléaire…

Sollicités pour mettre à jour le logiciel de sécurité d'un musée à l'approche d'une exposition présentant un tableau de maître d'une valeur de 100 millions d'euros, O'Brien et son équipe prouvent qu'il s'agit d'un faux. Pour résoudre cette affaire, Scorpion va bénéficier de l'aide précieuse d'Hetty Lange, la directrice du NCIS Los Angeles…

Trois détenus s'échappent d'une prison fédérale et l'équipe Scorpion est chargée de déterminer comment les prisonniers ont pu déjouer le système de sécurité. Parmi eux, O'Brien identifie un hacker possédant comme eux un QI très élevé…

Une formule mathématique incomplète est découverte près du corps d'un blogueur dans l'industrie musicale. Il s'agit d'un algorithme, inventé par un prodige de la musique à partir de tous les tubes de ces 50 dernières années et permettant de créer un morceau mathématiquement parfait…

L'ex-femme de Cabe utilise le mot de passe d'urgence, « Gumbo », pour l'avertir qu'elle court un grave danger. Conseillère juridique dans une importante entreprise de lobbying, Rebecca est tombée sur un fichier suspect concernant des transferts de fonds. La mort d'un sénateur dans une explosion pourrait être liée à cette affaire…

Un avion équipé d'un dispositif anti-radar top secret s'est écrasé en Bosnie. Les agents de Scorpion sont envoyés en mission sur place pour récupérer le logiciel avant qu'il ne tombe aux mains des rebelles, et sont escortés par des militaires chargés de ramener le corps du pilote…

Des voleurs, surnommés « les fantômes » et recherchés depuis 10 ans, forcent un coffre-fort dans une entreprise de fabrication avant de tuer deux personnes et d'effacer toute trace de leur passage avec des petites bombes d'huile et d'acide. Sur les lieux, Sylvester est gravement blessé par l'une de ces bombes, encourageant encore plus l'équipe Scorpion à chasser les coupables…

Après un tremblement de terre et l'éboulement d'une falaise sur une plage, un jeune garcon de 10 ans se retrouve bloqué dans un gouffre. Walter, qui a assisté à l'éboulement, et son équipe de génies n'ont que très peu de temps pour extraire l'enfant avant que l'eau ne s'engouffre dans la cavité…

Sur le chemin de l'école, Ralph et sa mère son interpellés par le FBI : le jeune garçon est accusé d'avoir divulgué une localisation secrète de la CIA dans le désert du Mexique où trois agents ont été abattus. Initié au décryptage par Walter, Ralph a en effet atteint le niveau secret d'un jeu en ligne où étaient cachées des données top secrètes…

La CIA confie une mission à l'équipe Scorpion : identifier une taupe au sein de ses analystes suite à un message crypté indiquant que des données confidentielles auraient été envoyées au Yemen. Un analyste, tombé amoureux d'un agent humanitaire, a en effet fourni du matériel chimique permettant de créer des pesticides, ignorant que leur combinaison peut aussi engendrer un gaz neuroleptique…

Après une tentative de piratage sur un site nucléaire secret à l'étranger, l'équipe Scorpion est chargée d'identifier les auteurs et déjouer les prochaines actions. Ils doivent pour cela retrouver une mallette nucléaire dérobée à un garde du corps du président américain lors d'une visite secrète 16 ans plus tôt au Kosovo, mais l'ancien agent souffre de confusion et de perte de mémoire…

Un dangereux trafiquant d'arme, identifié mais dont le visage reste inconnu des forces de l'ordre, est l'auteur d'un braquage d'armes de haute technologie qu'il s'apprête à revendre. L'homme serait monté à bord d'une croisière de luxe. Cabe, Brian, Paige et Sylvester embarquent sur le paquebot sous couverture…

Walter essuie la foudre de ses coéquipiers après une interview télé dans laquelle il s'est mis un peu trop mis en valeur. L'équipe Scorpion doit néanmoins s'entendre alors qu'elle part au Mexique pour localiser une riche héritière américaine kidnappée par un cartel. Dans ce cadre, Sylvester doit trouver la force d'annoncer à O'Brien qu'il sort avec sa soeur…

L'équipe Scorpion est sollicitée dans le cadre d'une grave crise diplomatique entre la Biélorussie et ses pays frontaliers. Une réunion pour instaurer la paix est secrètement organisée aux États-Unis entre trois chefs d'État, lorsque le Président lituanien est empoisonné. Walter et ses acolytes ont très peu de temps pour trouver un antidote…

Réquisitionnée pour retrouver des randonneurs perdus dans la forêt de Los Angeles, l'équipe Scorpion embarque dans un hélicoptère pour survoler la zone. Les conditions météo obligent alors le pilote à procéder à un atterrissage d'urgence au coeur de la forêt, où l'équipe se retrouve sans radio et bientôt cernée par un gigantesque incendie…

Scorpion est appelé en renfort pour trouver le moyen de transport le plus sûr de transporter Maya Hernandez au procès dans lequel elle doit témoigner contre un dangereux chef de cartel. Lorsque le convoi échappe de peu à une embuscade, Cabe et l'équipe comprennent que les forces de l'ordre sont corrompues et qu'ils ne peuvent compter que sur eux-mêmes pour protéger le témoin…

Des scientifiques sont retenus en otage dans un laboratoire de recherches neurotoxiques, contrôlé depuis l'intérieur par un pirate informatique. Ce dernier exige que le Président révèle publiquement le fiasco d'un bombardement américain à Bagdad en 1996 ayant fait 2 000 victimes. Cabe révèle alors à Walter avoir une part de responsabilité dans cet événement, ce qui entraîne de fortes tensions entre eux…