シーズン６の、第１話。バリーとアイリスは、娘のノラの死を受け入れられずにいた。一方、チームは依然としてセントラル･シティのすべてを破壊しかねない危機に直面していた。命を失いかける体験をしたキラー･フロストには、ケイトリンとの関係を永遠に変えてしまうことになる、思いもよらなかった新しい力が生まれる。

自分に死が迫っていると気づいたバリーは、運命に抗おうと奮闘する。一方、凶悪なメタヒューマンに出会ったセシルは、地方検事としての自分のキャリアとアイデンティティとの間で葛藤する。

クライシスを数週間後に控え、バリーはチーム･フラッシュのメンバーに彼がいなくなった後の心構えをさせる一方、恐ろしいメタヒューマンを倒したいという欲求を抑えきれずにいた。ラルフは家族の秘密を明かす。

バリーはクライシスに向けてシスコに準備させようとするが、逆にシスコはバリーの命を救うための計画を練る。一方、ラムジー･ロッソは新たな能力で命拾いするが、その過程で人間性を犠牲にすることになる。

バリーの後任になったシスコ。だが衝撃的な殺人事件を目の当たりにした彼は、チームリーダーとしての自信を失ってしまう。一方、自分以外誰も信じられないキラー･フロストは単独で、危険なラムジー･ロッソを追う。

クライシスの最中、死の淵に立たされるバリー。ドクター･ラムジー･ロッソによって、幻覚を誘発する危険な伝染病に感染させられたフラッシュは、自分の信念を試される。一方アイリスは、記者として大掛かりな陰謀を暴く。

フラッシュが恐ろしいブラッドワークに感染する。永遠にラムジーの支配下に落ちてしまう前に自らをコントロールしようとするバリー。バリーを救うためにアイリスとシスコは奮闘する。一方チーム･フラッシュの他のメンバーは、拡大するブラッドワークの猛威からセントラル・シティを守るために戦う。

アース90のフラッシュから“エルスワールド”での戦いについて聞いたパライアは、アンチモニターを止めるためにブラックライトニングに協力を求める。ブラックライトニングの助けで、バリー、シスコ、キラーフロストは全員が助かる計画を思いつく。アイリスがライアン･チョイと本音で話し合う一方、オリバーとディグルはホームグラウンドに戻る。

シチズンに驚くべき記事が掲載されたことで、アイリスの命が危ぶまれる。しかし彼女は自分を攻撃しようとする敵から隠れるのを拒み、危険な組織の存在を暴こうとする。一方、バリーはクライシスの結果に立ち向かい、オリバーの望みに応えようとする。

ロマンチックなバレンタイン･ディナーの計画を立てていたバリーとアイリスだったが、宿敵アミュネットに妨害される。一方、キラーフロストは休日気分で、アレグラが昔の恋人に連絡を取るのに手を貸そうとする。

スー･ディアボンを捜し始めてから数か月後、ラルフは彼女の居場所の手がかりをつかみ、ついに行方不明だったクライアントと対面する。しかしスーは家族のもとへ帰ることを拒み、ラルフを向こう見ずな冒険へと連れ出す。アイリスが新たな難問に直面する一方、バリーは信頼できる情報筋からの危険をはらんだ依頼を引き受けるかどうかを考える。

クライシス以降あらゆることが変化し、困惑したバリーはある実験をする。だが実験は失敗に終わり、そのせいでゴリラのグロッドの行く手を塞ぐことになる。最悪の事態を覚悟したバリーだったが、意外にもグロッドは彼に助けを求める。しかし、新たなヴィラン、ソロバーが現れたことで事態が悪化してしまう。一方、アイリスはミラーバースから逃れるためにエヴァと協力する。

キッド･フラッシュことウォリーが、セントラル･シティに戻ってくる。彼は禅を身につけ、新たな技も習得していた。家族との再会を喜ぶ一方でウォリーは、バリーには、スピードフォースに異変があることを感じたために戻ったのだと打ち明ける。アース・プライムを越えて調査任務に出かけていたシスコも帰還する。

シスコはナッシュを助けに行く。一方、フラッシュは新たに現れたサンシャインという危険なメタヒューマンと戦う。

ブラックホールがラグ・ドールを操り、ジョーの命を狙う。シンはジョーに証人保護プログラムの適用を勧めるが、ジョーは拒否し、ジョセフ･カーバーの捜査をやめようとしない。シスコと共にカーバーの捜査をするラルフはスーに出くわす。アイリスはエヴァに疑念を持ち始める。

バリーはアイリスとの人生についてじっくり考える。エヴァは大胆な行動を取る。

ゴッドスピードが戻ってくる。バリーはハートリー･ラサウェイに協力を求める。しかし、フラッシュとパイド・パイパーが敵同士になったことがクライシスによる変化の１つであることがわかり、一気に緊張感が高まる。

シックス・シーズン、フィナーレ。バリーはミラーバースからアイリスを救うために、危険な作戦を立てる。一方ラルフは、取り返しのつかない過ちを犯そうとするスーを止めようとする。