Barry disfruta de la nueva realidad tras haber salvado a su madre. Pero pronto comienza a olvidar los recuerdos de su línea temporal original.

Barry descubre que los efectos del Flashpoint son mucho mayores de lo que pensó. Cuando conoce a su nuevo compañero de trabajo, Julian, queda sorprendido por el desdén inmediato de Julian.

A Wells le preocupa la seguridad de Jesse, y habla con Barry y Catlin para que le digan que no utilice sus poderes de súper velocidad. Además, Magenta utiliza su poder de control mental para aterrorizar a la ciudad.

El Maestro de los Espejos quiere, con la ayuda de Top, ajustar cuentas con Snart. Jesse se une a la cacería, pero la decisión de desobedecer las órdenes de Barry traerá terribles consecuencias.

Caitlin visita a su madre con la intención de que ella la ayude a comprender sus superpoderes, los cuales son cada vez más intensos. Mientras, Barry trata de convencer a Julian de que le deje investigar a un metahumano que está atacando Central City.

Wally empieza a tener sueños en los que aparece Kid Flash, y Barry se da cuenta de que ha llegado el momento de contarles a Wally, Iris y Joe lo que le sucedió a Wally en Flashpoint.

Caitlin usa sus poderes para salvar a Barry pero tal y como su madre predijo, el esfuerzo desata a su Killer Frost interior. Killer Frost va a la carga buscando al Dr. Alchemy, secuestrando a Julian y peleando contra The Flash y Vibe. Mientras tanto, Joe y H.R. mantienen una conversación a corazón abierto.

Cuando unos extraterrestres llamados Dominadores atacan Central City, Barry se apresura a llegar a Star City para pedir a Green Arrow su ayuda para detenerlos. Dándose cuenta de que la batalla contra los Dominadores es mucho mayor de lo que pensaban, buscan a las Leyendas del Mañana, y Barry y Cisco crean una brecha para traer un arma secreta, Supergirl. Una vez todos los super amigos están juntos, trazan un plan para atacar pero un sorprendente secreto relacionado con Flashpoint se revela y de repente nadie está seguro de en quién puede confiar. Mientras tanto, Wally quiere unirse a la batalla contra los extraterrestres pero Iris le dice que no está listo todavía.

El crossover comienza en Supergirl S02E08 Medusa (I). Continúa en Arrow S05E08 ¡Invasión! (III) y DC's Legends of Tomorrow S02E07 ¡Invasión! (IV).

Con Alchemy y Savitar todavía como amenazas crecientes, Barry es incapaz de centrarse en las vacaciones de Navidad y, especialmente, en su relación con Iris. Decidido a detener a Savitar, Barry viaja a Tierra-3 para obtener consejo de Jay Garrick. Wally quiere ayudar a Barry en la lucha contra Savitar y revela que ha estado entrenando con H.R., algo que no le gusta nada a Barry. Mientras Cisco enfrenta su primera Navidad sin su hermano Dante, viejas heridas se vuelven a abrir.

Barry sigue atormentado por su visión del futuro en el que Iris es asesinada por Savitar. Cuando un criminal llamado Plunder aparece en Central City, Barry recuerda la presencia del villano en su visión del futuro y teme que si captura a Plunder, eso cimentará el destino de Iris. Confundido sobre sus dudas por detener a Plunder, Wally decide dar un paso adelante como Kid Flash. Caitlin ofrece a Julian un trabajo.

Barry y el equipo de Laboratorios S.T.A.R. Labs trabajan juntos para acabar con Clive Yorkin, un meta-humano criminal que está asesinando gente de forma metódica causando que se descompongan a ritmo acelerado. Joe se convierte en su próximo objetivo pero es Iris la que se ve en medio del fuego cruzado. Flash hace de mentor para Kid Flash y empieza a elevar el entrenamiento de velocista hasta otro nivel.

Cuando Jesse Quick informa al equipo de que su padre ha sido secuestrado, Barry, Caitlin, Cisco y Julian viajan a Tierra-2 en una misión de rescate para salvar a Henry de Gorilla City. Mientras se adentran en el bosque, Barry y el equipo son capturados inmediatamente y llevados ante Grodd. Grodd les cuenta que necesita su ayuda para detener a Solovar, el líder de Gorilla City, ya que Solovar quiere invadir Tierra-1. Mientras tanto, de vuelta en Tierra-1, Jesse y Kid Flash van a las calles a detener a un metahumano que puede controlar la gravedad, con H.R. y Joe guiándoles desde Laboratorios S.T.A.R.

Cuando Grodd y su ejército de gorilas llevan la batalla a Tierra-1, Flash y el equipo deben encontrar una forma de detenerlos antes de que destruyan Central City. Gitana regresa para unirse a la pelea. Mientras tanto, Jesse Quick decide que quiere quedarse con Wally en Tierra-1.

Mientras está entrenando con Barry , Wally empieza a tener visiones de Savitar, algo que esconde del equipo. Un peligroso secreto amenaza la felicidad de Barry e Iris.

Desesperado para detener a Savitar y salvar a sus amigos, Barry va a la Speed Force en busca de respuestas. H.R. le da a Jesse algunos consejos.

Barry se sorprenden cuando Mon-El y Hank Henshaw llegan a su Tierra llevando a una comatosa Supergirl que ha sido intoxicada por Music Meister. Incapaces de despertarla, acuden al Team Flash para que la salve. Sin embargo, Music Meister sorprenden a Flash y lo introduce en un coma similar, uno que el Team Flash no puede curar. Kara y Barry despiertan sin sus poderes en una realidad alternativa en la que la vida es como un musical y la única forma de escapar es seguir el guión, completo con canto y baile, hasta el final.

El crossover comienza en Supergirl S02E16 Cruce de estrellas (I).

Flash pelea contra Abra Kadabra, un villano de Tierra-19 que le hace una oferta tentadora – si lo deja marchar Abra Kadabra le revelará la verdadera identidad de Savitar. Desesperado para salvar a Iris, Barry considera aceptar el acuerdo pero Gypsy aparece para capturar al villano por sus propias razones y durante la pelea Abra Kadabra consigue escapar. Barry está furioso con la interferencia de Gypsy pero ella se niega a dar un paso atrás, forzando a que Cisco elija un bando. Mientras tanto, Julian todavía se mantiene algo frío con Caitlin pero cuando ella queda herida de gravedad en la batalla contra Gypsy, se apresura a su lado.

Barry viaja al futuro para descubrir la todavía desconocida identidad de Savitar con la esperanza de salvar a Iris. A su llegada a 2024, Barry se encuentra con futuras versiones de sus amigos del Team Flash, quienes, tras la muerte de Iris, se han convertido en gente muy diferente, profundamente impactados por su enfrentamiento con Savitar. Estará en manos de Barry hacer despertar de nuevo algo de esperanza en el equipo, demostrando ser el héroe que sus amigos del futuro han estado esperando. Mientras tanto, en 2017, la búsqueda de Killer Frost continúa.

Barry y el equipo conocen a Tracy Brand, una científica que podría ser la clave para detener a Savitar. Desafortunadamente, Killer Frost también va tras Tracy, así que el Team Flash deberá pelear contra su vieja amiga, lo que demuestra ser particularmente difícil para Cisco. La relación de Joe y Cecile da un gran giro.

Barry toma medidas drásticas para detener a Savitar. Mientras tanto, H.R. continúa presionando a Tracy Brand para diseñar la trampa para Savitar y Killer Frost regresa con una interesante propuesta.

A tan solo 24 horas de que Savitar asesine a Iris, Barry pelea para poder salvar la mujer a la que ama y decide hacer todo lo necesario para conseguirlo. Dándose cuenta de que tiene una opción para salvarla, Flash va en busca de la ayuda de Capitán Frío.

Con nada más que perder, Barry se enfrenta a Savitar en una épica conclusión a la tercera temporada.