Barry profite de sa nouvelle vie dans la réalité alternative, créée trois mois auparavant. Cependant, le Négatif de Flash tente de l’avertir des répercussions que cela engendre. Barry subit des pertes de mémoire violentes concernant sa vie d’avant. L’affrontement entre Barry, Kid Flash et le Rival tourne à la catastrophe et Barry est contraint de choisir s’il doit continuer à vivre simplement en tant que Barry Allen ou reprendre ses fonctions de Flash dans son ancien espace-temps.

Barry se rend compte des effets secondaires du nouveau changement du flux temporal. Il rencontre son nouveau collègue, Julian Albert, qui le méprise instantanément. Dans cette nouvelle réalité, il retrouve un ennemi de Flashpoint, le Rival, et se trouve face au docteur Alchemy pour la première fois.

Le premier rendez-vous de Barry et Iris est interrompu par une nouvelle méta. Frankie, une jeune fille en famille d’accueil, est devenue Magenta, grâce à docteur Alchemy. Magenta veut à tout prix se venger du mal que son père adoptif lui a fait subir et terrorise toute la ville. Jesse et Harry sont de retour pour tester les pouvoirs supersoniques de Jesse, attisant la jalousie de Wally. Harry désapprouve l’utilisation des pouvoirs de Jesse car il craint pour sa sécurité.

Mirror Master, un nouveau méta-humain, est à la recherche de Snart. La formation supersonique de Jesse est interrompue par cette mission. Mirror Master et son ancienne partenaire, Top, se confrontent à Barry et Jesse. Mais l’inexpérience de Jesse a de sérieuses répercussions sur le reste de l’équipe Flash.

Un monstre terrorise Central City. Barry essaie de convaincre Julian de faire équipe avec lui pour mener l’enquête. Caitlin, inquiète au sujet de ses nouveaux pouvoirs méta-humains, demande de l'aide à sa mère. Cisco ne parvient toujours pas à accorder sa confiance à Wells.

Une ombre géante sème la terreur à Central City, mais ce n’est qu’une distraction pour éloigner Flash de Wally, la nouvelle cible d’Alchemy. Cisco décide de faire part des nouveaux pouvoirs de Caitlin au reste du groupe.

Caitlin ne parvient plus à contrôler ses pouvoirs et devient peu à peu Killer Frost. Wally est enfermé dans un cocon. Toute l’équipe du Star Lab tente de trouver une solution.

Des aliens menacent Central City. Barry fait appel à Arrow, Supergirl et aux Legends pour les affronter. Malheureusement, leur confiance en Barry est ébranlée lorsqu’ils apprennent que celui-ci a modifié le présent.

En se renseignant sur Savitar, Barry apprend par Iris que Julian s’est rendu en Inde plusieurs années auparavant pour chercher la pierre philosophale. Afin de vaincre son ennemi, Barry traverse les univers et se rend à Earth-3 pour demander de l’aide à Jay Garrick. Dans sa lutte contre Savitar, Barry se retrouve pour la première fois dans le futur et ce qu’il y voit l’horrifie. Pour changer l’avenir, il doit absolument se débarrasser de la pierre philosophale. H.R. entraîne secrètement Wally, contre l’avis de Joe. Barry a besoin de l’aide de Wally pour vaincre Savitar.

Gypsy, une collectrice de la Terre 19 avec les mêmes pouvoirs que Cisco, arrive à Central City. Elle est venue chercher H.R. pour le ramener afin qu’il soit jugé pour son crime. Dans leur monde, le voyage interdimensionnel est illégal et H.R. risque la condamnation à mort, à moins que quelqu’un se porte volontaire pour se battre contre Gypsy.

Clive Yorkin, un méta-humain dont le pouvoir est d’accélérer la décomposition des tissus juste en les touchant, s’en prend aux responsables de son arrestation dans Flashpoint. Flash et son équipe cherchent un moyen de l’arrêter sans qu’il ne les touche. Entre-temps, Barry entraîne Wally.

Flash accompagné de Cisco, Caitlin et Julian part à la recherche de Harrison Wells, retenu prisonnier par les singes de Gorilla City, sur la Terre deux. Ils découvrent rapidement qu’il s’agit en fait d’un piège. Grodd les a attirés à cet endroit pour tuer Solovar, le leader des gorilles. Pendant ce temps, Kid Flash et Jesse sont chargés de protéger Central City.

Alors que Grodd et son armée de gorilles arrivent à Central City, Flash et son équipe cherchent le meilleur moyen pour les arrêter sans faire de victimes. Pour ce faire, Cisco tente de convaincre Gyspy de venir les aider. Jesse annonce à son père qu’elle ne retournera pas sur la Terre deux avec lui.

Alors que Wally s’entraîne avec Barry pour réussir à sauver Iris, il commence à avoir des visions de Savitar, qu’il cache d’abord au reste de l'équipe. Quand les membres apprennent que Wally a des hallucinations, ils tentent de contacter Savitar par l’intermédiaire de Julian pour savoir s’il a des chances de s’échapper et découvrir où il est exactement emprisonné. Pendant ce temps, de lourds secrets menacent la cohésion de l’équipe.

Flash décide de s’aventurer dans la vitesse pure pour retrouver Wally et prendre sa place. Mais la vitesse pure fait appel à d’anciens amis pour l’en empêcher. De son côté, Jesse cherche à se venger de ce qui est arrivé à Wally et affronte Savitar.

Flash et Supergirl sont piégés par le Music Meister et se retrouvent coincés dans une autre réalité qui ressemble à une comédie musicale. Privés de leurs pouvoirs, ils sont forcés de chanter dans un night-club et la seule façon de s’échapper est de suivre l’intrigue jusqu’à la fin.

Abra Kadabra, un criminel venu du futur, arrive à Central City et commet plusieurs vols en utilisant la technologie du futur qu’il fait passer pour de la magie. Gypsy, qui le poursuit depuis longtemps, vient aider l'équipe à l’arrêter. Mais Kadabra a des informations sur Savitar qu’il promet de révéler à condition d’être libéré.

Alors que Killer Frost est toujours en fuite, Barry décide de se rendre en 2024 en espérant découvrir l’identité de Savitar. A la place, il trouve le Star Labs en ruine, l'équipe Flash démantelée et la ville, dominée par des criminels. Cisco tente alors de convaincre Barry de sauver la cité.

L'équipe Flash rencontre un scientifique qui pourrait être la clé pour stopper Savitar, mais il est forcé de se battre avec Killer Frost.

Après avoir découvert l’identité de Savitar, Cisco s'arrange pour que Barry ne puisse plus fabriquer de nouveaux souvenirs. Mais son stratagème se retourne contre eux puisque Barry perd complètement la mémoire et Savitar par la même occasion, ce qui force Killer Frost à prêter main forte à l'équipe Flash. H.R. encourage Tracy, qui avance dans la construction de son "bazooka" à vitesse pure.

Pour faire fonctionner le bazooka de Tracy à temps avant le jour fatidique où Iris doit mourir, l'équipe Flash doit trouver une source d’énergie suffisamment puissante. Elle a besoin de la source d’alimentation provenant du vaisseau des Dominateurs, lequel est gardé sous haute sécurité à l’ARGUS. Barry retourne dans le passé pour demander de l’aide à Captain Cold pour cambrioler l’ARGUS.

Après ce qu’il s’est passé à Infantino Street, Savitar cherche à devenir encore plus puissant et force Cisco à l’aider. Barry et Savitar s’affrontent pour la dernière fois.