블랙홀 생성으로 모든 게 사라질 뻔한 위기에서 벗어난 지 여섯 달이 지나고 에디와 로니를 구하지 못했다는 죄책감에 괴로워하던 배리는 남은 동료들의 안전을 생각해 모두 해산하고 혼자 외로이 스타 연구소를 지킨다. 한편 센트럴 시티에서는 플래시를 영웅으로 추앙해 ‘플래시의 날’을 지정하고 신뢰의 징표인 열쇠를 수여하려 하지만 시상식장에 나타난 메타휴먼 아톰 스매셔로 현장은 난장판이 되고 그의 얼굴이 핵발전소에서 발견된 살인사건 피해자와 똑같다는 사실을 눈치챈 조 형사는 시스코, 케이틀린과 함께 조사에 착수하는데...

'다른 지구에서 플래시였지만 이곳으로 와 스피드를 잃었다는 제이 게릭으로 인해 스타 연구소는 혼란에 빠진다. 믿었던 웰스 박사의 배신으로 상처가 깊었던 배리와 동료들은 그를 섣불리 믿지 못하고 여러 검사를 해보지만 뚜렷한 증거가 나오지 않아 연구소 특수 감옥에 그를 가둔다. 그러던 중 샌드 데몬이 나타나 배리를 공격하고 다른 지구의 사악한 존재인 줌이 배리를 죽이러 메타휴먼을 이곳으로 보내고 있다는 사실이 드러난다. 한편 샌드 데몬은 플래시를 죽이기 위해 메타휴먼 전담반이 되고 싶어 하던 패티 스피벗 경관을 납치해 플래시를 꾀어낼 미끼로 쓰려 하는데...

'스타 연구소 지하에 생긴 두 세계의 틈, 즉 웜홀에 넣어 본 물건이 모두 튕겨 나오자 제이는 틈의 불안정성을 보완하기 위해 스피드 캐논이란 장치를 만들기로 한다. 한편 지터스 카페의 재오픈 기념으로 커피를 마시며 여유를 즐기던 배리와 스타 연구소 친구들 앞에 캡틴 콜드의 여동생 리사가 나타나 오빠가 납치됐다며 도움을 청한다. 캡틴 콜드에게 목숨을 빚진 적 있는 배리는 그를 구하러 가지만 예상외로 그는 아버지 루이스와 다이아몬드를 털 계획을 세우고 있었고 구해 주려던 배리에게 콜드건을 쏘는데...

'파이어 스톰의 반쪽인 로니를 잃은 이후 몸 상태가 불안정해진 스타인 교수를 살리기 위해 배리와 스타 연구소 동료들은 파이어 스톰으로 적합한 후보를 찾아 나선다. 조사 끝에 두 명의 후보가 물망에 올랐지만 가장 적격이라고 생각했던 휴잇과의 합체는 실패로 돌아가고 자존심에 상처를 입은 휴잇은 폭주하게 된다. 하지만 다른 한 명의 후보 잭스는 영웅이 되는 일엔 관심 없다며 파이어 스톰이 돼 달라는 배리의 부탁을 단칼에 거절한다. 한편, 20년 만에 갑자기 나타나 시한부 삶을 살고 있다며 자신을 엄마로 받아달라는 프랜신이 의심스러운 아이리스는 그녀가 숨기고 있던 비밀을 알아내고 실망하는데...

'줌이 린다와 똑같이 생긴 도플갱어 닥터 라이트를 보내 플래시를 죽이려 하자 배리가 줌을 막는 걸 도와주러 지구-2에서 왔다고 주장하는 웰스 박사는 줌의 막강한 힘을 알고 아직은 때가 아니라며 반대하는 제이와 첨예하게 대립한다. 배리와의 대화 중 우연히 자신과 똑같은 존재가 있다는 걸 알게 된 라이트는 줌에게서 빠져나가기 위해 린다를 죽이고 자신이 린다인 척 살아가려 하지만 아이리스의 활약으로 실패하고 마스크를 떨어뜨린 채 사라진다. 한편 시스코가 메타휴먼이 된 걸 눈치 챈 웰스 박사는 모두에게 그 사실을 폭로하고 시스코의 능력으로 라이트를 찾아 줌을 유인하려 하는데...

'닥터 라이트를 잡는 데 성공한 배리 일행은 라이트를 설득해 줌을 유인하려고 하지만 라이트는 투명인간이 되어 도망치고 계획은 무산되고 도망친 라이트가 린다를 다시 죽일까 걱정된 배리는 아이리스에게 린다를 집으로 데려오게 한다. 배리 일행은 린다와 라이트가 똑같이 생겼다는 점에 착안해 린다에게 라이트의 슈트를 입히고 플래시를 죽이는 데 성공한 척해 줌을 유인한 후 그에게 웰스가 만든 속도를 늦추는 약을 주사하려는 계획을 세운다. 하지만 완벽해 보였던 계획에도 불구하고 줌은 나타나지 않고 모두가 방심한 사이 줌은 신문사에 있던 린다를 납치해 거꾸로 플래시를 유인하는데...

줌과 싸우다 척추가 부러져 크게 다친 배리는 동료들의 걱정 속에 다행히 몸이 점차 정상적으로 치유되지만 정신적 충격으로 인해 스피드는 물론이고 걷는 것조차 자유롭지 못하다. 그러던 중 그로드가 연구원 두 명을 살해하고 약물을 훔쳐 달아나는 사건이 발생한다. 한편 웰스는 줌이 납치해간 딸을 구하기 위해 배리의 도움으로 줌을 잡으려 했으나 뜻대로 되지 않자 자신의 지구로 돌아가려 하지만 케이틀린의 설득으로 이곳에 남아 그로드를 막는 걸 도와주기로 한다. 그러던 중 그로드가 케이틀린을 납치하고 지구-2의 웰스 박사는 이미 죽은 해리슨 웰스를 아버지로 생각하는 그로드를 속여 케이틀린을 구하려 하는데...

시스코와 데이트를 즐기던 켄드라 앞에 반달 새비지가 나타나 그녀를 셰이아라 여사제라 부르며 죽이려 하지만 플래시의 도움으로 가까스로 죽음을 면한다. 얼떨결에 켄드라에게 정체를 들킨 배리는 그녀를 스타 시티의 애로우 일행에게 데려가 보호해달라고 도움을 청한다. 새비지는 올리버의 집에까지 나타나 켄드라를 죽이려 하지만 실패 후 달아나고 켄드라의 정체가 심상치 않음을 느낀 올리버와 배리 일행은 그녀가 전생에 고대 이집트의 여사제였고 그녀를 찾아온 쿠후 왕자(현재 이름은 카터)와 함께 계속 환생해 소울 메이트인 서로를 찾지만 매번 영생을 꿈꾸는 새비지에게 사냥당해 죽었다는 사실을 알게 된다. 배리와 올리버 일행은 새비지가 자신들과 대적하기 위해 고대의 강력한 무기 호루스의 지팡이를 찾고 있다는 사실을 알고 그를 막기 위해 다시 센트럴 시티로 향하는데...

크리스마스가 다가오면서 모두가 들떠있는 시기에 아이언 하이츠 교도소에 웨더 위자드인 마크 마던이 나타난다. 혼자 힘으로는 플래시에게 이길 수 없다고 판단한 마던은 수감 중이던 캡틴 콜드와 트릭스터를 탈옥시켜 플래시에게 복수할 계획을 세운다. 트릭스터는 선물 상자에 폭탄을 넣은 후 산타 복장을 하고 무작위로 선택한 100명의 아이에게 폭탄 상자를 나눠준다. 그리고 그들의 목숨을 담보로 배리에게 순순히 죽을 것을 요구하는데…

'발상을 전환해 플래시를 빠르게 하는 방법이 아니라 줌의 스피드를 늦출 방법을 연구하던 스타 연구소 일동은 사람들의 운동 에너지를 흡수해 시간이 멈춘 것과 같은 효과를 내 그들의 소중한 물건을 훔치는 메타휴먼 터틀의 등장에 그를 잡아들여 줌에게 대적할 방법을 연구하기로 한다. 그러나 터틀의 공격에 플래시의 스피드도 힘을 잃고 오히려 필사적으로 패티를 구하려는 플래시의 모습을 본 터틀은 패티를 납치해 자신의 전리품으로 만들려 하는데…

'줌을 찾기 위해 시스코의 바이브 능력 이용하던 도중 죽었다고 믿었던 리버스 플래시가 나타나 머큐리 연구소의 맥기 박사를 해친다는 사실을 알게 된 배리 일행은 시스코가 본 환상이 몇 시간 후인 미래의 일이라는 걸 알고 리버스 플래시를 막기 위해 필사적으로 노력한다. 그리고 마침내 배리는 엄마의 원수인 리버스 플래시를 잡는 데 성공하지만 뒤엉킨 타임 라인으로 인해 시스코의 존재가 사라질 위험에 처하게 되는데…

'용암에 빠졌던 것처럼 온몸에 균일한 화상을 입은 남자의 시신이 발견되고 배리 일행은 이를 메타휴먼의 소행으로 보고 조사를 시작한다. 한편 월리는 엄마가 죽은 후 조 형사, 아이리스와 조금씩 알아가며 만나고 있지만 여전히 내기 자동차 경주를 계속한다. 남동생의 안전이 걱정된 아이리스는 월리를 말리러 경주 장소에 찾아가고 복수를 위해 나타난 타르 핏으로 인해 크게 다친다. 그리고 웰스 박사가 몰래 빼돌린 스피드 포스로 인해 평소보다 속도가 느려져 아이리스를 구해주지 못한 배리는 괴로워하는데....

'배리 일행은 하나의 웜홀만 남기고 나머지 모든 웜홀을 닫는 데 성공한다. 배리, 웰스, 시스코는 줌에게 납치된 제시를 구하러 지구-2로 가 줌의 은신처를 찾으려 하지만 시스코의 바이브를 일으키는 고글이 작동하지 않고 자신들의 도플갱어를 만나 난관에 봉착한다. 한편 배리가 지구-2로 떠난 사이 센트럴 시티에 메타휴먼이 나타나 소동을 일으키자 조 형사는 플래시의 빈자리를 제이에게 메워달라고 부탁하지만 제이는 일시적으로 스피드를 되찾게 해주는 벨로시티-6를 맞는 걸 거부하는데...

'줌에게 끌려간 배리는 제시와 함께 줌의 인질 신세가 되지만 빠져나올 방법을 모색하던 중 가면이 씌워져 있어 정체를 알 수 없는 다른 인질이 의미를 알 수 없는 신호를 보내오자 자신들을 도와주려는 것이란 걸 눈치 챈 배리는 제시와 함께 그의 신호를 해독하려 애쓴다. 한편 줌은 웰스를 찾으러 온 도시를 뒤지기 시작하고 웰스 박사와 시스코는 지구-2의 배리, 아이리스의 도움으로 납치된 배리를 찾기 위해 줌의 눈을 피해 킬러 프로스트의 은신처를 찾아가는데…

'아거스의 수족관에 갇혀 있던 킹샤크가 탈출에 성공해 지구-2에서 자신을 이곳으로 데려온 줌의 명령에 따라 플래시를 죽이겠다는 일념으로 센트럴 시티로 향한다. 디글과 라일라는 배리에게 달려와 위험을 알려주고 스타 연구소 동료들은 킹샤크의 위치를 찾기 위해 여러 방법을 모색하지만 쉽지 않다. 그러던 중 배리의 집이 킹샤크에게 습격당하고 겨우 위험을 모면한 배리는 플래시의 정체를 모르는 킹샤크가 어떻게 집을 찾았는지 의아해하지만 생체 전류를 이용해 먹잇감을 찾는 상어의 습성 덕이라는 걸 알아낸 연구소 일동은 그 정보를 역이용하기로 하는데...

'줌에게 대항하기 위해 더욱 빨라지려고 노력했지만 진척이 없자 지쳐가던 배리 일행 앞에 갑작스럽게 스피드스터가 나타나 시민들의 지갑을 털고 달아난다. 그 일로 영웅으로 존경받던 플래시가 악당으로 변했다는 오해를 받게 되고 배리 일행은 범인을 잡기 위해 동분서주한다. 그러던 중 범인이 제 발로 스타 연구소에 찾아와 빠른 스피드로 배리를 제압한 후 제시의 목숨을 담보로 스피드 약물인 벨로시티-9를 요구하는 사건이 벌어지고 두려움을 느낀 시스코는 자신도 모르는 사이 지구-2의 줌을 바이브해 그의 존재를 알게 되는데...

'도저히 빨라질 방법을 찾지 못하던 배리는 월리에게서 힌트를 얻어 일 년 전 과거로 돌아가 자신의 적이지만 스피드포스를 자유자재로 조작했던 리버스 플래시에게 해답을 구하고자 한다. 단 과거가 바뀌면 타임라인이 헝클어져 현재가 어떻게 위험해질지 몰라 배리는 미래에서 온 자신의 존재를 들키지 않고 과거의 배리인 척하며 웰스 박사를 가장해 배리 일행과 지내고 있는 리버스 플래시에게 접근한다. 그러나 웰스 박사는 배리의 정체를 눈치채고 엎친 데 덮친 격으로 전혀 예상치 못했던 타임레이스란 시간의 망령이 나타나 배리를 쫓아다니는데...

리버스 플래시로부터 받은 정보로 타키온 증폭기를 만들어 시험해 본 배리 일행은 스피드가 4배나 빨라졌음을 알고 기뻐하지만 웜홀을 모두 닫은 탓에 지구-2로 돌아갈 방법을 찾지 못해 고심한다. 갖은 연구 끝에 시스코의 바이브 능력이 웜홀을 여는 열쇠임을 알아냈지만 아무리 애써 봐도 웜홀은 열리지 않는다. 한편 웜홀 여는 것을 반대하는 웰스 박사는 배리의 마음을 돌리려고 조 형사를 찾아가지만 오히려 조 형사의 간곡한 부탁과 배리의 신념에 결국 설득당하고 리버브의 고글을 조정해 시스코에게 건네는데...

월리의 목숨을 구하려고 줌에게 순순히 스피드를 내주고 평범한 인간이 돼버린 배리는 평범한 생활에 적응하기 힘들어하고, 제시가 위험해졌단 생각에 예민해진 웰스 박사는 배리를 비난하며 가출한 제시를 찾아간다. 그러나 제시에게 매몰차게 거절당한 웰스 박사는 착잡한 마음으로 돌아오던 중 메타휴먼에게 납치당한다. 배리 일행은 스피드의 도움 없이 웰스 박사를 구해낼 계획을 세우고 아빠의 사고 소식에 놀라 달려온 제시는 줌에게 납치당한 케이틀린의 빈자리를 메꾼다. 한편 지구-2로 끌려가 줌의 은신처에 갇힌 케이틀린은 그곳에 갇혀 있던 자신의 도플갱어 킬러 프로스트를 만나 서로 협력해 줌에게서 벗어나기로 거래를 하는데...

배리와 시스코는 플래시 홀로그램을 만들어 범죄자들을 소탕하며 센트럴 시티에 더는 플래시가 없다는 사실을 들키지 않으려 애쓴다. 그러나 웰스 박사는 가속기를 폭파해 스피드를 되찾을 방법을 안다며 계속 배리를 압박하고 가속기 폭파의 위험성을 잘 아는 배리는 다른 사람들까지 다칠 것을 우려해 거절한다. 한편 케이틀린의 기지로 줌이 보낸 메타휴먼 럽쳐를 보기 좋게 막아내고 승리에 들떠 있던 배리와 경찰들 앞에 분노한 줌이 나타난다. 줌은 그곳에 같이 있던 경찰들을 죽이고 배리 일행과 시민들을 협박한다. 스피드 없이도 줌을 막을 방법이 있을 거라 믿던 배리는 결국 생각을 굽히고 웰스 박사의 지휘하에 가속기를 폭파해 스피드를 되찾기로 하는데...

'입자 가속기 폭발로 지구에서 사라진 배리는 스피드포스에 갇혀 스피드를 되찾기 위한 여정을 홀로 계속한다. 조 형사, 헨리, 아이리스, 엄마의 모습으로 차례로 배리 앞에 나타난 스피드포스는 배리에게 어떤 깨우침을 주려 하고 빠른 속도로 뛰어다니는 그림자를 잡기 전엔 돌아갈 수 없다고 한다. 한편 바이브를 통해 배리가 살아있는 걸 알게 된 시스코는 웰스 박사와 함께 배리를 데려올 방법을 찾기 시작하고 조 형사와 아이리스는 입자 가속기 폭발로 좀비가 되어 살아난 거더를 잡기 위한 계획을 세우지만 결국 거더에게 쫓겨 모두 브리치룸에 갇히는 신세가 되고 마는데...

'아버지의 죽음으로 슬픔에 빠진 배리 앞에 줌이 나타나 가장 빠른 사람을 가리는 경주를 제안한다. 어이가 없는 배리는 단호하게 거절하지만 줌은 배리의 소중한 이들을 죽이겠다며 경주를 고집한다. 스타 연구소 식구들은 줌이 머큐리 연구소의 마그네타를 훔쳐간 걸 알아내고 그네타를 가동해 지구-2를 파괴하려는 속셈임을 간파한다. 아버지를 잃은 이후 또 소중한 사람을 잃기 싫었던 배리는 모든 걸 알면서도 경주에 응하려 하지만 동료들은 배리를 가두고 함정을 파 줌을 유인해 지구-2로 보내 버리려 하지만 중요한 순간 계획에 차질이 생기는데...