En el episodio final de la primera temporada, Wells le ofrece a Barry una elección que puede cambiar su vida, mientras que el Dr. Martin Stein y Ronnie Raymond (Firestorm) vuelven para ayudar al equipo del S.T.A.R. Labs.

Wells aún tiene ventaja sobre el equipo de S.T.A.R. Labs, así que Barry pide ayuda a un viejo conocido, el Capitán Cold, y a sus amigos, Arrow y Firestorm.

Barry tiene que tratar con la reciente amenaza del Flash-Reverso a un miembro del equipo. Por si eso fuera poco, el Dr. Wells suelta a Grodd en la ciudad para distraer a Barry y a los demás. Joe, Barry y Cisco bajan al alcantarillado para capturar a Grodd, pero el gorila secuestra a Joe. Iris y Barry tienen una charla seria.

Barry, Caitlin, Cisco y Joe preparan una trampa para Wells. Cisco se utiliza a si mismo como presa, algo que lo pone en grave peligro. Mientras tanto, Eddie toma una decisión respecto a Iris, cosa que deja a Joe un tanto descolocado.

Joe y Cisco se dirigen a Starling City para continuar con su investigación sobre el Dr. Wells. En la ciudad, el duo pide ayuda al capitán Lance y Cisco conoce al Canario Negro, quien le pide un favor. Mientras tanto, en Central City, Barry corre para detener a un metahumano llamado Hannibal Bates, capaz de transformarse en cualquier persona a la que toca – incluyendo a Eddie, Iris, Caitlin e incluso a Flash.

Barry se sorprende cuando Felicity Smoak llega desde Starling City con su novio, Ray Palmer, quien vuela hacia allí como Atom. Los dos acuden a S.T.A.R. Labs ya que Ray necesita ayuda con su traje y llegan en un momento idóneo, ya que una metahumana llamada Brie Larvan libera a cientos de avispas robot para atacar y asesinar a sus ex-compañeros de trabajo, incluyendo a la Dra. Tina McGee. Una cena entre Barry, Felicity, Ray, Iris y Eddie se convierte en un desastre.

Un imitador con el nombre de “The Trickster” comienza a poner bombas en Ciudad Central. Para poder detener al villano, Barry y Joe van a conocer al Trickster original, una mente criminal maestra llamado James Jesse, que lleva encerrado 20 años.

El Capitán Cold y Heat Wave vuelven a Ciudad Central, pero esta vez, Snart trae a su hermana, Lisa para sembrar el caos en la ciudad.

Mark Mardon, conocido como Weather Wizard, aparece en ciudad central para vengar la muerte de su hermano a manos de Joe. Cisco se da cuenta de que el Dr. Wells está escondiendo algo.

Después de que una explosión separe a Ronnie y el Dr. Stein, Barry y el equipo creen que ambos están seguros, hasta que el general Eiling busca a Firestorm.

Barry tendrá problemas en este capítulo para equilibrar su relación con Linda Park y sus responsabilidades como The Flash. Más adelante, Joe recurrirá a Cisco para que lo ayude a esclarecer el asesinato de Nora Allen.

Barry conocerá a una interesante reportera; Cisco, por su parte, estará considerando una sorpresiva oferta. Más adelante, el equipo reclutará a un metahumano capaz de teletransportarse.

En este capítulo conoceremos a Hartley Rathaway, el anterior protégé (protegido) del Dr. Wells, quien regresa a la vida de su maestro para vengarse de él. Al igual que Barry, Rathaway, fue víctima de los efectos del acelerador de partículas.

Con la intención de tenderle una trampa a Flash, Capitán Frío y Heat Wave secuestrarán a uno de sus seres queridos, al tiempo que conspiran para robarse una pintura de medio millón de dólares.

Por fin Flash puede enfrentarse al hombre que mató a su madre. Caitlin recibe sorprendentes noticias sobre su prometido.

El primer crossover de la serie comienza con Barry pidiéndole ayuda a Oliver Queen para detener a un metahumano que está usando sus habilidades para controlar las emociones humanas y así tener el camino libre para robar bancos.

El crossover continúa en Arrow S03E08 Los valientes y los audaces (parte 2).

Flash perderá sus poderes en la lucha con Farooq, un metahumano capaz de extraer la electricidad de los objetos y seres humanos.

Flash se enfrenta a Tony, un nuevo metahumano que puede convertirse en acero indestructible a voluntad. Más adelante las cosas se tornarán personales cuando Barry se dé cuenta que su rival solía burlarse de él cuando eran chicos.

Luego de que una bomba explotara en el centro de la ciudad, Joe, Barry y el resto del equipo del laboratorio STAR tendrán un encuentro con Plastique, una súper soldado capaz de detonar objetos con tan sólo tocarlos.

Flash combate con el Capitán Frío luego que intente robarse el diamante de la Dinastía Kahndaq. Cuando un “arma fría” –que al parecer puede acabar con The Flash– cae en las manos del Capitán Frío, los planes malvados de este personaje reciben un incentivo.

Mientras Barry y el equipo de S.T.A.R. Labs trabajan para capturar a Kyle Nimbus, The Mist, un peligroso metahumano con capacidad producir gas tóxico, vuelven a revivir la dolorosa noche en la que el acelerador de partículas explotó y mató al prometido de Caitlin, Ronnie Raymond. Henry recibirá una visita que había esperado por mucho tiempo: Joe.

Cuando un grupo de hombres armados ataca a los asistentes de un evento en honor a un importante científico, Barry utilizará su súper velocidad para salvarlos. El problema es que ni él mismo logra sus propias expectativas.

Al despertar de un coma, Barry enfoca su extraordinaria velocidad para combatir al metahumano que utiliza sus poderes de manipulación de la atmósfera para robar bancos.